O governo federal promoveu uma série de alterações na estrutura do Ministério de Ciência e Tecnologia (MCT) e do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). No âmbito do MCT, foram criadas quatro secretarias. Três possuem fins bem específicos, como a de Coordenação das Unidades de Pesquisa, de Política Tecnológica e Empresarial e de Política de Informática. A quarta, de Políticas e Programas de CeT, terá atuação mais ampla e contará com três departamentos: de Programas Temáticos, de Política Científica e Programas Especiais e de Assuntos Nucleares e de Bens Sensíveis.
O CNPq teve seu estatuto modificado e nove centros de pesquisa foram transferidos para o MCT. São eles: Museu Paranaense Emílio Goeldi, Observatório Nacional, Museu de Astronomia e Ciências Afins, Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas, Instituto de Matemática Pura e Aplicada, Centro de Tecnologia Mineral, Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia, Laboratório Nacional de Astrofísica e Laboratório Nacional de Computação Científica. Também foi extinta a Fundação Centro Tecnológico para Informática.
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