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Genómica

Una nueva conquista de la ONSA

El equipo de bioinformática de São Paulo concluye el disputado genoma de la Agrobacterium

Dos grupos independientes – uno de ellos con la participación de investigadores del equipo de bioinformática de la red ONSA, creada por la FAPESP – anunciaron la conclusión del secuenciamiento del genoma de una de las bacterias más empleadas en ingeniería genética, la Agrobacterium tumefaciens, que presenta mecanismos naturales de transferencia de genes hacia plantas, en las cuales causa la enfermedad llamada agalla de la corona. Se cree que el conocimiento sobre el genoma facilite la investigación de vegetales transgénicos.

Uno de los equipos, integrado por Du Pont y la Universidad de Washington, ambas de Estados Unidos, con la participación de investigadores del Laboratorio de Bioinformática (LBI) de la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp), liberó el día 14 de agosto las informaciones sobre ese genoma en la página de Internet: www.agrobacterium.org, uno de los resultados de la financiación de 900 mil dólares de la National Science Foundation y de 91.148,68 reales de la FAPESP, bajo la forma de becas de posdoctorado en el exterior. El LBI montó el banco de datos del genoma y, en la etapa de anotación (interpretación), empleó programas desarrollados por el propio laboratorio.

Ese mismo día, Monsanto, que contó con la colaboración de los investigadores de la Universidad de Richmond, anunció el depósito de las secuencias en el GenBank, un banco internacional de genomas. Ambos equipos compiten ahora para publicar antes que el otro el artículo científico con los descubrimientos, lo que marcaría el hito de pionerismo sobre el trabajo. El genoma de la Agrobacterium tiene 5,6 millones de pares de bases, con dos cromosomas y dos secuencias menores, los plásmidos.

“Uno de los cromosomas es lineal y no circular, algo bastante raro entre las bacterias”, comenta João Carlos Setúbal, uno de los coordinadores del LBI, que permanece hasta diciembre como profesor visitante en la Universidad de Washington. Análisis preliminares indican semejanzas genéticas acentuadas entre la Agrobacterium y dos bacterias no patogénicas: la Sinorhizobium meliloti y la Mesorhizobium loti, que viven dentro de las plantas. “La colaboración con la Universidad de Washington, vía Setúbal, fue perfecta”, dice João Paulo Kitajima, también coordinador del LBI.

La Agrbacterium, una plaga mundial, ataca vides, tomatales, rosales, durazneros y caquíes, entre otras plantas. Después de transferirle sus genes al genoma de la planta, las células vegetales crecen desordenadamente y se forman las agallas (tumores), normalmente en la corona (unión del tronco con la raíz) o en la propia raíz. Los nutrientes van a esas regiones y las plantas se debilitan hasta morir.

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