{"id":294185,"date":"2019-07-22T14:33:21","date_gmt":"2019-07-22T17:33:21","guid":{"rendered":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/?p=294185"},"modified":"2019-07-22T14:52:11","modified_gmt":"2019-07-22T17:52:11","slug":"un-software-detecta-errores-en-articulos-sobre-la-genetica-del-cancer","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/un-software-detecta-errores-en-articulos-sobre-la-genetica-del-cancer\/","title":{"rendered":"Un software<\/em> detecta errores en art\u00edculos sobre la gen\u00e9tica del c\u00e1ncer"},"content":{"rendered":"

Ya se encuentra disponible una versi\u00f3n de prueba para realizar test por internet de un software<\/em> ideado para detectar errores o fraudes en secuencias de ADN descritas en art\u00edculos cient\u00edficos. El programa, denominado Seek & Blastn y desarrollado por la onc\u00f3loga australiana Jennifer Byrne junto al inform\u00e1tico franc\u00e9s Cyril Labb\u00e9, compara secuencias de nucle\u00f3tidos de genes humanos publicadas en papers<\/em> con las que se encuentran archivadas en el banco de datos p\u00fablico Blastn (Nucleotide Basic Local Alignment Search Tool), de Estados Unidos. \u201cEl software <\/em>busca incompatibilidades entre la descripci\u00f3n de una secuencia en el art\u00edculo y lo que la misma es, en realidad\u201d, explic\u00f3 Jennifer Byrne en una entrevista para la revista Nature<\/em>. Seg\u00fan Cyril Labb\u00e9, la versi\u00f3n online<\/em> todav\u00eda debe ser perfeccionada ya que presenta dificultades, por ejemplo, para reconocer secuencias de nucle\u00f3tidos descritas en archivos PDF.<\/p>\n

\u201cNo obstante, el software<\/em> ya brinda una ayuda significativa para reducir los an\u00e1lisis manuales efectuados por expertos\u201d, expres\u00f3 Labb\u00e9, en el marco de un congreso internacional sobre revisi\u00f3n por pares que se llev\u00f3 a cabo en el mes de septiembre en la ciudad de Chicago, en Estados Unidos. El Seek & Blastn puede consultarse en la direcci\u00f3n electr\u00f3nica scigendetection.imag.fr\/TPD52\/<\/a>.<\/p>\n

El d\u00fao de investigadores ya detect\u00f3 errores en m\u00e1s de 60 trabajos sobre gen\u00e9tica del c\u00e1ncer. Algunos de ellos son m\u00ednimos y accidentales, pero en muchos casos las incongruencias son suficientes como para invalidar resultados y conclusiones. \u201cLo m\u00e1s grave es que el uso de datos err\u00f3neos puede tener implicaciones en la investigaci\u00f3n cl\u00ednica y en la b\u00fasqueda de tratamientos contra el c\u00e1ncer\u201d, dijo. \u201cLos cient\u00edficos deben comprender mejor la naturaleza de esos errores para ahorrarse tiempo y dinero en el intento de reproducir resultados incorrectos\u201d.<\/p>\n

El inter\u00e9s de la investigadora por el tema surgi\u00f3 en 2015, cuando se top\u00f3 con ese problema en cinco art\u00edculos sobre gen\u00e9tica del c\u00e1ncer. Los papers<\/em> describ\u00edan un mismo tipo de experimento, en el cual se desactivaba un gen, el TPD52L2, utilizando como blanco una secuencia corta de nucle\u00f3tidos, y relataban los efectos de dicha maniobra sobre el desarrollo de c\u00e9lulas tumorales. Byrne, quien se desempe\u00f1a como jefa de la unidad de c\u00e1ncer pedi\u00e1trico en el Kids Research Institute y es docente de oncolog\u00eda molecular en la Universidad de S\u00eddney, conoc\u00eda muy bien a ese gen, que hab\u00eda sido identificado en 1988 por un grupo de cient\u00edficos comandado por ella. Dicho gen, est\u00e1 relacionado con la aparici\u00f3n de ciertos tipos de c\u00e1ncer de mama y de leucemia, pero todav\u00eda se conoce poco sobre su actividad.<\/p>\n

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Universidad de S\u00eddney<\/span><\/a> La onc\u00f3loga australiana Jennifer Byrne concibi\u00f3 un programa que detecta fallas en forma autom\u00e1ticaUniversidad de S\u00eddney<\/span><\/p><\/div>\n

La onc\u00f3loga inmediatamente se percat\u00f3 de que la secuencia de nucle\u00f3tidos descrita en los cinco papers<\/em> no se ajustaba a la realidad. \u201cEra altamente improbable, por no decir imposible, que ellos hubiesen arribado a los resultados que se consignaban\u201d, declar\u00f3 la investigadora en el peri\u00f3dico Sydney Morning Herald<\/em>. Ella les inform\u00f3 de su hallazgo y desconfianza a los editores de los peri\u00f3dicos que hab\u00edan publicado los art\u00edculos, y cuatro de los cinco papers<\/em> terminaron siendo retractados. Sus autores admitieron que no hab\u00edan realizado el experimento, pero le hab\u00edan comprado los datos a una empresa de biotecnolog\u00eda, aunque esa colaboraci\u00f3n no hab\u00eda sido declarada.<\/p>\n

La sospecha de Byrne acerca de que ese episodio no fuera un caso aislado la condujo a iniciar una b\u00fasqueda de otros papers<\/em> en la base de datos PubMed, y se top\u00f3 con problemas similares en otros 48 art\u00edculos. Todos ellos describ\u00edan la desactivaci\u00f3n de genes, pero hab\u00eda tantas coincidencias en t\u00edtulos, datos e im\u00e1genes que la onc\u00f3loga barrunt\u00f3 que sus autores tambi\u00e9n hab\u00edan obtenido los datos de segunda mano. Entonces firm\u00f3 un acuerdo con Cyril Labb\u00e9, de la Universidad de Grenoble, en Francia, quien hab\u00eda ideado un software<\/em> para identificar papers<\/em> fraudulentos, que no ten\u00edan sentido, generados por computadora y publicados en las cr\u00f3nicas de conferencias, que normalmente son poco le\u00eddas. Mediante ese trabajo conjunto, detectaron errores en las secuencias de nucle\u00f3tidos de 30 art\u00edculos, todos ellos escritos por investigadores chinos. Sin identificar a los autores, ambos describieron el problema en un art\u00edculo que fue publicado en 2016 en la revista Scientometrics<\/em>.<\/p>\n

Por el momento, el software<\/em> Seek & Blastn s\u00f3lo compara nucle\u00f3tidos de genes humanos, pero los dos investigadores se proponen extender ese an\u00e1lisis a secuencias de animales de laboratorio. Ellos ofrecieron una versi\u00f3n preliminar de prueba en internet para que otros cient\u00edficos eval\u00faen el programa y ayuden a perfeccionarlo. La intenci\u00f3n es, m\u00e1s adelante, ofrec\u00e9rselo a los editores de peri\u00f3dicos, para que puedan utilizarlo en el an\u00e1lisis de manuscritos remitidos para su publicaci\u00f3n.<\/p>\n

Ya se encuentran disponibles diversas herramientas capaces de chequear en forma autom\u00e1tica la solidez y veracidad de grandes vol\u00famenes de datos de investigaci\u00f3n. Las m\u00e1s conocidas y difundidas son las que rastrean textos en busca de evidencias de plagio. Pero hay otros ejemplos. Cient\u00edficos de la Universidad de Tilburg, en Holanda, crearon un software <\/em>capaz de detectar errores estad\u00edsticos y generaron controversia al analizar 50 mil art\u00edculos del campo de la psicolog\u00eda y divulgar los resultados en forma p\u00fablica<\/a>.<\/p>\n

La Oficina de Integridad Cient\u00edfica (ORI, en ingl\u00e9s), que monitorea las investigaciones en el \u00e1mbito del Departamento de Salud de Estados Unidos, recomienda un conjunto de software<\/em> que detectan manipulaci\u00f3n o copia de im\u00e1genes. Para David Allison, experto en estad\u00edstica de la Universidad de Indiana en Bloomington, tales herramientas son valiosas cuando se las usa para promover buenas pr\u00e1cticas o alentar a los investigadores en la prevenci\u00f3n de errores. \u201cTambi\u00e9n pueden ser de ayuda para medir \u00edndices de error en peri\u00f3dicos o en campos del conocimiento\u201d, declar\u00f3 Alisson a la revista Nature<\/em>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Esta herramienta est\u00e1 disponible para la realizaci\u00f3n de test y verifica si las secuencias de nucle\u00f3tidos descritas en papers<\/em> son aut\u00e9nticas","protected":false},"author":475,"featured_media":294186,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[178],"tags":[288,306,312,333],"coauthors":[785],"class_list":["post-294185","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-buenas-practicas","tag-computacion","tag-genetica-es","tag-innovacion","tag-tecnologia-de-la-informacion"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/294185","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/475"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=294185"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/294185\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":294201,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/294185\/revisions\/294201"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/294186"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=294185"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=294185"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=294185"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=294185"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}