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\n <\/picture><\/div>La importancia del monitoreo gen\u00f3mico se puso en el tapete en el pa\u00eds luego de la identificaci\u00f3n, en el mes de enero, de la variante de preocupaci\u00f3n P1 en la ciudad de Manaos. La nueva cepa se disemin\u00f3 r\u00e1pidamente por la ciudad, probablemente a partir de noviembre de 2020, aun cuando se estima que el 67 % de la poblaci\u00f3n ya hab\u00eda estado expuesta al Sars-CoV-2 durante la primera ola de la pandemia, en abril y mayo de 2020. Los cient\u00edficos calculan que la P1 es entre 1,7 y 2,4 veces m\u00e1s transmisible que las registradas hasta entonces en la zona y puede escabullirse de la inmunidad adquirida por una infecci\u00f3n previa.<\/p>\n
En unas siete semanas, la fracci\u00f3n de las muestras del nuevo coronavirus clasificada como P1 en el municipio pas\u00f3 de cero al 87 %, seg\u00fan informaron Sabino y sus colegas en un art\u00edculo publicado en la revista Science<\/em> el 14 de abril de este a\u00f1o. El estudio tambi\u00e9n confirm\u00f3, tal como lo sospechaban los investigadores, que el segundo brote en Manaos est\u00e1 asociado al surgimiento y a la veloz propagaci\u00f3n de la nueva variante de preocupaci\u00f3n (VOC, por sus siglas en ingl\u00e9s). Esta es la denominaci\u00f3n que le han dado la Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud (OMS) y las autoridades sanitarias nacionales a las cepas que suponen un mayor riesgo potencial para la salud p\u00fablica, ya sea porque son m\u00e1s transmisibles, m\u00e1s virulentas o porque alteran la sintomatolog\u00eda de la enfermedad. En el pa\u00eds, dos redes nacionales interconectan a instituciones e investigadores en el esfuerzo por decodificar el genoma del Sars-CoV-2, identificando los linajes presentes en los distintos estados y sus mutaciones gen\u00e9ticas. La Red Gen\u00f3mica Fiocruz cuenta con el apoyo del Ministerio de Salud nacional y es coordinada por cient\u00edficos de la Fundaci\u00f3n Oswaldo Cruz (Fiocruz). En tanto, la Red Nacional de \u00d3micas del Covid-19 (Red Corona-\u00f3mica BR) recibe subvenciones del Ministerio de Ciencia, Tecnolog\u00eda e Innovaci\u00f3n (MCTI) y agrupa a investigadores de instituciones tales como la USP, la Universidad de Campinas (Unicamp) y el Laboratorio Nacional de Computaci\u00f3n Cient\u00edfica (LNCC) de R\u00edo de Janeiro, entre otras.<\/p>\n En el mes de marzo, fue creada en el estado de S\u00e3o Paulo la Red de Alerta de Pandemia de Variantes Emergentes del Sars-CoV-2, coordinada por el Instituto Butantan, con la participaci\u00f3n de equipos de la USP, la Universidade Estadual Paulista (Unesp), la Facultad de Medicina de S\u00e3o Jos\u00e9 do Rio Preto (Famerp) y la empresa privada Mendelics, especializada en an\u00e1lisis gen\u00e9ticos. En una muestra extra\u00edda en marzo en la ciudad de Sorocaba, los investigadores de la red detectaron por primera vez en el pa\u00eds la presencia de la variante sudafricana B.1.351. \u201cLa confirmamos dos veces: por las mutaciones y por el \u00e1rbol filogen\u00e9tico\u201d, dijo el biom\u00e9dico y bioinform\u00e1tico Rafael dos Santos Bezerra, del Hemocentro de Ribeir\u00e3o Preto, uno de los autores del art\u00edculo, a\u00fan sin revisi\u00f3n por pares, en el que se describe la detecci\u00f3n del linaje por medio del monitoreo gen\u00f3mico.<\/p>\n Los participantes en estas redes proyectan para los meses pr\u00f3ximos una escalada en el n\u00famero de secuenciaciones y en la capacidad del pa\u00eds para efectuar el monitoreo gen\u00f3mico. \u201cLos laboratorios de la Red Corona-\u00f3mica BR recibieron lotes ingentes de insumos a finales del mes de marzo. Esperamos un gran incremento de las secuenciaciones para las pr\u00f3ximas semanas\u201d, informa el vir\u00f3logo Fernando Spilki, coordinador de la red y docente de la Universidad Feevale, en Nova Hamburgo (Rio Grande do Sul). Seg\u00fan \u00e9l, ese material es suficiente como para producir alrededor de mil genomas, casi una quinta parte de lo producido durante el primer a\u00f1o de la pandemia.<\/p>\n En este caso, el material est\u00e1 constituido por los kits con los reactivos necesarios para preparar las muestras y echar a \u201candar\u201d las m\u00e1quinas de secuenciaci\u00f3n. Estos insumos se importan, en su mayor\u00eda, de Estados Unidos y de Europa, al igual que los secuenciadores, cuyo n\u00famero de unidades aument\u00f3 en el pa\u00eds a partir de la eclosi\u00f3n de la epidemia de zika en 2015. Son pocas las empresas que fabrican esos aparatos y sus respectivos kits. Una de las mayores es la estadounidense Illumina, cuyos equipos son conocidos por la fiabilidad de sus resultados. Otra es la brit\u00e1nica Oxford Nanopore Technologies, que comercializa el secuenciador port\u00e1til MinION.<\/p>\n \u201cTodos los grupos est\u00e1n teniendo dificultades con la provisi\u00f3n de los reactivos para poder brindar una respuesta a escala apropiada\u201d, confirma el bi\u00f3logo Gabriel Wallau, del Instituto Aggeu Magalh\u00e3es, de la Fiocruz, en Recife (Pernambuco). \u201cComo Estados Unidos est\u00e1 secuenciando masivamente y todo el mundo intenta hacer lo mismo, debemos plantearle buenos argumentos a la empresa para conseguir los reactivos\u201d.<\/p>\n Luego de asumir la presidencia de Estados Unidos, a comienzos de a\u00f1o, Joe Biden determin\u00f3 que el monitoreo gen\u00f3mico era prioritario. En los primeros meses de 2021, la cantidad de secuenciaciones se duplic\u00f3 con creces. As\u00ed y todo, para el mes de mayo el porcentaje de secuenciaciones llegaba tan solo al 1,5 % de los casos positivos de covid-19 en ese pa\u00eds, una cifra inferior al 5 % estipulado en un art\u00edculo publicado como preprint<\/em> en la plataforma medRxiv como lo ideal para poder detectar las variantes emergentes antes de que estas superen el 1 % de los casos en un lugar determinado.<\/p>\n \u201cDisponemos del know-how<\/em>, como cualquier otro pa\u00eds, y adem\u00e1s contamos con equipos de buena calidad, pero hay dos problemas principales que se relacionan entre s\u00ed: faltan recursos para la secuenciaci\u00f3n y, cuando existen, hay un desfase en el suministro de los reactivos, que no siempre llegan a tiempo, lamenta Wallau. El laboratorio de Pernambuco en el que trabaja estaba acordando la compra de reactivos a comienzos del mes de mayo. \u201cCreo que en poco tiempo m\u00e1s podremos tener una mejor perspectiva de la evoluci\u00f3n del nuevo coronavirus en el pa\u00eds\u201d.<\/p>\n El municipio de S\u00e3o Paulo pronto dispondr\u00e1 de un programa de seguimiento de las variantes de preocupaci\u00f3n dentro de un proyecto desarrollado en el marco del Cadde, el proyecto binacional coordinado por Sabino. La idea de la iniciativa, articulada por la FAPESP en sinton\u00eda con el gobierno municipal, consiste en analizar semanalmente alrededor de 380 muestras positivas del pat\u00f3geno, seleccionadas al azar en forma proporcional a la poblaci\u00f3n de cada barrio de la ciudad. En parte de las muestras se realizar\u00e1 la secuenciaci\u00f3n completa del genoma del virus; en el resto, se aplicar\u00e1 un tipo de examen PCR que logra identificar la presencia de los linajes conocidos m\u00e1s preocupantes. En el programa piloto, que se llev\u00f3 a cabo durante la primera semana de marzo, el 71,2 % de las 73 muestras testeadas de habitantes del municipio correspond\u00eda a variantes de preocupaci\u00f3n. De ellas, el 64,4\u00a0 % eran P1, la variante de Manaos, y un 6,8 % eran B.1.1.7, la variante detectada inicialmente en el Reino Unido.<\/p>\n En Brasil, varios de los laboratorios que realizan la secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica del nuevo coronavirus tambi\u00e9n efect\u00faan el diagn\u00f3stico de la enfermedad mediante el test PCR, o disponen de un convenio con instituciones p\u00fablicas o privadas que lo hacen, como los Laboratorios Centrales de Salud P\u00fablica (Lacen). Estos acuerdos facilitan el acceso a las muestras que ser\u00e1n secuenciadas.<\/p>\n La secuenciaci\u00f3n completa del genoma es el est\u00e1ndar oro para el descubrimiento de mutaciones y nuevas variantes de inter\u00e9s y preocupaci\u00f3n del Sars-CoV-2, pero hay una nueva herramienta que est\u00e1 en el radar de los cient\u00edficos brasile\u00f1os: el genotipado basado en la prueba de PCR en tiempo real, la que se usa para la detecci\u00f3n del virus. \u201cUno de los protocolos que actualmente se emplean fue creado por el equipo del inmun\u00f3logo Felipe Naveca, de la filial Amazonas de la Fiocruz\u201d, informa Spilki. Mediante este protocolo, el test molecular puede determinar si una muestra positiva para el nuevo coronavirus pertenece a uno de los linajes de preocupaci\u00f3n conocidos. \u201cDe este modo, podemos evaluar no solo centenas, sino miles de secuencias del virus, pr\u00e1cticamente todo lo que est\u00e1 circulando. Y obtenemos resultados sobre la dispersi\u00f3n de las variantes en forma m\u00e1s r\u00e1pida\u201d.<\/p>\n<\/div> En el laboratorio de Biolog\u00eda Integrativa del Instituto de Ciencias Biol\u00f3gicas de la Universidad Federal de Minas Gerais (ICB-UFMG) han desarrollado una tecnolog\u00eda similar. Las ventajas de este nuevo m\u00e9todo son su bajo costo y la rapidez de los resultados para la detecci\u00f3n de variantes, seg\u00fan refiere el equipo liderado por el genetista Renato Santana. La prueba tiene un costo promedio de 70 reales y est\u00e1 lista en cuatro horas, mientras que el precio de la secuenciaci\u00f3n arranca en 500 reales y lleva semanas completarlo.<\/p>\n Otro cuello de botella importante para la expansi\u00f3n del monitoreo gen\u00f3mico en el pa\u00eds, seg\u00fan Wallau, es la escasez de expertos en bioinform\u00e1tica. \u201cUna cosa es secuenciar y otra analizar la secuencia. Los an\u00e1lisis m\u00e1s precisos demandan tiempo\u201d, dice el investigador. \u201cTenemos m\u00e1quinas muy poderosas que generan un enorme volumen de datos, pero no hay c\u00f3mo analizar todos esos datos con precisi\u00f3n\u201d.<\/p>\n Paulo Chapchap, presidente del Consejo Administrativo del Instituto Todos por la Salud (ITpS), coincide con esa afirmaci\u00f3n: \u201cTenemos en el pa\u00eds algunos centros importantes de bioinform\u00e1tica abocados al estudio de las enfermedades infecciosas, pero necesitamos capacitar a m\u00e1s profesionales\u201d, dice. Con el patrocinio de la fundaci\u00f3n Ita\u00fa Unibanco, el ITpS dispone de 200 millones de reales para invertir en iniciativas centradas en la vigilancia gen\u00f3mica.<\/p>\n Los recortes en las inversiones nacionales de los \u00faltimos a\u00f1os en ciencia, tanto en la investigaci\u00f3n b\u00e1sica como aplicada, tambi\u00e9n afectan a estos estudios. \u201cHubo una fuerte desinversi\u00f3n, y no solo del gobierno federal, que se tradujo en un perjuicio a las universidades e institutos de investigaci\u00f3n\u201d, dice el biom\u00e9dico William Marciel de Souza, quien realiza una pasant\u00eda posdoctoral en la Universidad de Oxford, en el Reino Unido, y ha colaborado con grupos de investigaci\u00f3n brasile\u00f1os en la tarea de analizar los genomas secuenciados en el pa\u00eds. \u201cLo que est\u00e1n haciendo ahora en t\u00e9rminos de secuenciaci\u00f3n la Fiocruz, la Red Virus y algunos investigadores del pa\u00eds es un verdadero milagro. Representa un esfuerzo clave para tratar de entender la pandemia en el pa\u00eds y ayudar a controlarla\u201d.<\/p>\n Proyectos Art\u00edculos cient\u00edficos<\/strong>
\nLa variante P1 integra el grupo de las que m\u00e1s preocupan a los gobiernos y a los cient\u00edficos de todo el mundo en estos primeros meses de 2021. Las otras son la B.1.1.7, detectada por primera vez en Gran Breta\u00f1a, la B.1.351, identificada en Sud\u00e1frica, y la B.1.617, que contribuy\u00f3 a que los casos de la enfermedad explotaran en la India (lea en <\/em>Pesquisa FAPESP, edici\u00f3n n\u00ba 302<\/em><\/a>) y tambi\u00e9n fue clasificada como VOC. En su disertaci\u00f3n en la C\u00e1mara de Diputados, Sabino hizo hincapi\u00e9 en que, sin una expansi\u00f3n de la vigilancia gen\u00f3mica en Brasil, no ser\u00e1 posible hacer frente a las nuevas variantes que seguramente a\u00fan surgir\u00e1n. Los principales escollos para esto, argumenta la investigadora, son la ausencia de una coordinaci\u00f3n nacional de respuesta a la epidemia y la ausencia de recursos para la secuenciaci\u00f3n.<\/p>\n![](\"\/wp-content\/uploads\/2021\/08\/018-021_covid_vigilancia-genomica_304-2-desktop-true.png\")
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\n1. <\/strong>Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, Diagn\u00f3stico, Gen\u00f3mica y Epidemiolog\u00eda de los Arbovirus (Cadde) (n\u00ba 18\/14389-0<\/a>); Modalidad<\/strong> Proyecto Tem\u00e1tico; Investigadora responsable<\/strong> Ester Cerdeira Sabino (USP); Inversi\u00f3n<\/strong> R$ 5.271.740,75
\n2.<\/strong> Evaluaci\u00f3n del impacto de los virus emergentes y reemergentes en hemoterapia y trasplante de c\u00e9lulas madre mediante t\u00e9cnicas moleculares avanzadas (n\u00ba 17\/23205-8<\/a>); Modalidad<\/strong> Joven Investigador; Investigador responsable<\/strong> Svetoslav Nanev Slavov (USP); Inversi\u00f3n<\/strong> R$ 1.534.184,25<\/p>\n
\nFARIA, N. et al.<\/em> Genomics and epidemiology of the P.1 Sars-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil<\/a>. Science<\/strong>. 14 abr. 2021.
\nSLAVOV, S. N. et al.<\/em> Genomic monitoring unveil the early detection of the Sars-CoV-2 B.1.351 lineage (20H\/501Y.V2) in Brazil<\/a>. medRxiv<\/strong>. 4 abr. 2021.
\nVAVREK, D. et al.<\/em> Genomic surveillance at scale is required to detect newly emerging strains at an early timepoint<\/a>. medRxiv<\/strong>. 15 jan. 2021.
\nGRUBAUGH, N. D. et al.<\/em> PCR assay to enhance global surveillance for Sars-CoV-2 variants of concern<\/a>. medRxiv<\/strong>. 12 mar. 2021.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Brasil a\u00fan hace agua en el monitoreo gen\u00e9tico del Sars-CoV-2, pero una inyecci\u00f3n de recursos en las redes de investigaci\u00f3n y para adquirir insumos puede modificar este panorama","protected":false},"author":468,"featured_media":405029,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[181,3677],"tags":[298,306,329],"coauthors":[778],"class_list":["post-404864","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia-es","category-covid-19-es","tag-epidemiologia-es","tag-genetica-es","tag-salud-publica","position_at_home-sumario","keywords-coronavirus-es","keywords-covid-19-es","keywords-sars-cov-2-es"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/404864","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/468"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=404864"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/404864\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":405169,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/404864\/revisions\/405169"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/405029"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=404864"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=404864"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=404864"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=404864"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}