La vigilancia gen\u00f3mica en los pa\u00edses miembros del BRICS Ella est\u00e1 al frente de otra red de vigilancia gen\u00f3mica que forma parte de una cooperaci\u00f3n internacional con los dem\u00e1s pa\u00edses integrantes del Brics (que adem\u00e1s de Brasil, incluye a Rusia, India, China y Sud\u00e1frica). La propuesta inicial de la colaboraci\u00f3n, que dio comienzo en 2021 y llegar\u00e1 a su fin a finales de este a\u00f1o, prev\u00e9 la secuenciaci\u00f3n de 3.000 muestras en cada una de las cinco naciones, con intercambio de informaci\u00f3n y an\u00e1lisis conjuntos. Otra iniciativa en el pa\u00eds es coordinada por el Instituto Todos pela Sa\u00fade, con el apoyo de la fundaci\u00f3n Ita\u00fa Unibanco, que en 2021 cont\u00f3 con 200 millones de reales para invertir en vigilancia gen\u00f3mica.<\/p>\n \u201cAhora estoy secuenciando muestras de enero a marzo que he recibido de los laboratorios asociados\u201d, informa la bioinform\u00e1tica. Los genomas producidos en Brasil en el marco de este programa se depositan en el Gisaid y en la base de datos de China, esta \u00faltima, una de las tres m\u00e1s importantes del mundo. El coordinador general del proyecto es el bioinform\u00e1tico brasile\u00f1o Tulio de Oliveira, quien se encuentra al frente de los laboratorios del Centro de Respuesta Epid\u00e9mica e Innovaci\u00f3n (Ceri), de la Universidad de Stellenbosch, y de la KwaZulu-Natal Research and Innovation Sequencing Platform (Krisp), ambos en Sud\u00e1frica.<\/p>\n \u201cEste virus muta muy r\u00e1pidamente y es de alta transmisibilidad\u201d, dice Vasconcelos. \u201cEs dif\u00edcil sincronizar las olas de contagio que se producen en distintos lugares del mundo. Pero venimos siguiendo lo que ocurre en cada pa\u00eds, y en las reuniones mensuales con los investigadores de otros pa\u00edses ya conocemos de antemano cu\u00e1les son las variantes en circulaci\u00f3n en uno u otro lugar. Este trabajo es importante y podr\u00eda aportarnos alguna ventaja en la lucha contra el virus\u201d.<\/p>\n Desde finales de 2021, cuando se la detect\u00f3 por primera vez en Sud\u00e1frica, la variante \u00f3micron ha ido ganando terreno entre los dem\u00e1s linajes del Sars-CoV-2 y se ha convertido en la variante dominante en todo el mundo (lea en <\/em>Pesquisa FAPESP, edici\u00f3n n\u00ba 311<\/em><\/a>). Para el mes de junio ya era la \u00fanica denominada como variante de preocupaci\u00f3n (VOC) por la Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud (OMS). Los linajes m\u00e1s antiguos (delta, alfa, beta y gamma) entraron en otra categor\u00eda, la de las \u201cVOC anteriormente en circulaci\u00f3n\u201d.<\/p>\n En junio, al menos cinco subvariantes, descendientes de los primeros linajes de \u00f3micron, concentraron la atenci\u00f3n de los cient\u00edficos. La Red gen\u00f3mica Fiocruz se\u00f1alaba en su sitio web que el 48 % de los genomas del Sars-CoV-2 secuenciados en Brasil en el mes de mayo correspond\u00eda a la subvariante BA.2, un poco m\u00e1s transmisible que la \u00f3micron original, un 16 % pertenec\u00eda a la BA.1, y otro 15 % a la BA.1.1.<\/p>\n A nivel mundial, la subvariante BA.2 todav\u00eda era la dominante, pero ya registraba cierto descenso. Con prevalencia en ascenso, figuraban las variantes BA.2.12.1 (responsable de la mayor\u00eda de los casos en Estados Unidos), BA.5 (la dominante en Portugal) y BA.4 (detectada en Sud\u00e1frica y en otros 41 pa\u00edses). Las tres presentan mutaciones en su material gen\u00e9tico que parecen conferirles una transmisibilidad mayor y, al mismo tiempo, las hacen inmunes a los anticuerpos generados por las vacunas o las infecciones previas.<\/p>\n \u201cAhora en Brasil est\u00e1 sucediendo algo similar a lo que ocurri\u00f3 en 2021 con la variante delta. Mientras en el resto del mundo iba perdiendo aliento, aqu\u00ed reci\u00e9n estaba llegando\u201d, dice el vir\u00f3logo Fernando Spilki, coordinador de la Red Corona-\u00f3mica BR. \u201cEn varios estados ya se advierte desde hace tiempo un predominio de la subvariante BA.2; en otros estamos empezando a notar un crecimiento de la BA.4 y de la BA.5. A nivel local, la epidemia sigue siendo algo diversificada en cuanto a la circulaci\u00f3n de diferentes linajes, en comparaci\u00f3n con la din\u00e1mica registrada en otros pa\u00edses\u201d.<\/div>\n Proyecto
\n<\/strong>La falta de muestras en para realizar secuenciaciones en Brasil constituye un reto para quienes trabajan en el \u00e1rea de la vigilancia gen\u00f3mica, explica la bioinform\u00e1tica Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, coordinadora del Laboratorio de Bioinform\u00e1tica (Labinfo) del Laboratorio Nacional de Computaci\u00f3n Cient\u00edfica (LNCC), unidad de investigaci\u00f3n del MCTI. \u201cHa sido dif\u00edcil obtener las muestras. Actualmente el testeo es escaso, porque se han dejado de realizar pruebas moleculares mediante la t\u00e9cnica RT-PCR, que genera muestras del virus, y se ha pasado a realizar el test de ant\u00edgenos en las farmacias o laboratorios, que no producen muestras\u201d, dice la investigadora.<\/p>\n
\n<\/strong>Diferentes subvariantes de este linaje se han vuelto dominantes<\/em><\/p>\n
\n<\/strong>Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para la Detecci\u00f3n, el Diagn\u00f3stico, la Gen\u00f3mica y la Epidemiolog\u00eda de Arbovirus (Cadde) (n\u00ba 18\/14389-0<\/a> ); Modalidad<\/strong> Proyecto Tem\u00e1tico; Convenio<\/strong> MRC, UKRI; Investigadora responsable<\/strong> Ester Cerdeira Sabino (USP); Inversi\u00f3n <\/strong>R$ 8.640.246,96.<\/p>\n
![](\"\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/058-061_covid_vigilancia-genomica_317-0-destop-1.png\")
\n <\/picture>Rodrigo Cunha<\/span>\nInvestigadores de la Red Gen\u00f3mica Fiocruz, que cuenta con el apoyo del Ministerio de Salud (MS) y cuya coordinaci\u00f3n est\u00e1 a cargo de cient\u00edficos de la Fundaci\u00f3n Oswaldo Cruz (Fiocruz), y de la Red Nacional de \u00d3micas del Covid-19 (Red Corona-\u00f3mica BR), financiada por el Ministerio de Ciencia, Tecnolog\u00eda e Innovaci\u00f3n (MCTI), han participado en reuniones de trabajo con miembros de la plataforma NVAP (New Variant Assessment Platform). El programa fue creado el a\u00f1o pasado por el gobierno brit\u00e1nico para reforzar la infraestructura de otros pa\u00edses y colaborar en la detecci\u00f3n de nuevas variantes. Adem\u00e1s de Brasil, tambi\u00e9n forman parte de la iniciativa Chile, Singapur, Etiop\u00eda, Kenia, Nigeria, Pakist\u00e1n y Trinidad y Tobago.<\/p>\n
\u201cLa ayuda de la agencia gubernamental brit\u00e1nica no es la \u00fanica, pero representa un respaldo importante para proseguir con nuestros an\u00e1lisis y poder generar informaci\u00f3n gen\u00f3mica\u201d, pone de relieve la vir\u00f3loga Marilda Siqueira, jefa del Laboratorio de Virus Respiratorios y Sarampi\u00f3n del Instituto Oswaldo Cruz (IOC\/Fiocruz). Esta unidad, un centro de investigaci\u00f3n, desarrollo y capacitaci\u00f3n en el \u00e1rea de los virus que afectan el sistema respiratorio, es una referencia en materia de covid-19 para el MS, en Brasil, y para la Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud (OMS), en toda Am\u00e9rica.<\/p>\n
Responsable a cargo de la Red Gen\u00f3mica Fiocruz, Siqueira dice que el apoyo brit\u00e1nico har\u00e1 posible que otras unidades de la Fiocruz comiencen a realizar an\u00e1lisis gen\u00f3micos del Sars-CoV-2. Por ahora, tan solo ocho de los once centros de la instituci\u00f3n llevan a cabo este tipo de trabajo en los estados de Amazonas, Cear\u00e1, Pernambuco, Piau\u00ed, Bah\u00eda, R\u00edo de Janeiro, Minas Gerais y Paran\u00e1.<\/p>\n
\u201cLa realizaci\u00f3n del an\u00e1lisis gen\u00f3mico es una tarea costosa y compleja. No solo requiere personal calificado, sino equipamiento e insumos onerosos\u201d, explica la investigadora. Seg\u00fan ella, la ayuda brit\u00e1nica, cuya duraci\u00f3n est\u00e1 prevista en un a\u00f1o, contempla, en el caso de la red Fiocruz, la provisi\u00f3n de insumos y capacitaci\u00f3n del personal en las \u00e1reas de bioinform\u00e1tica, an\u00e1lisis de datos y vigilancia epidemiol\u00f3gica. \u201cEmpezamos a recibir los insumos en el mes de abril y ya hemos realizado algunas capacitaciones\u201d.<\/p>\n
En el otro frente de apoyo a Brasil, coordinado por la Red Corona-\u00f3mica BR, el acuerdo con los brit\u00e1nicos se sell\u00f3 poco despu\u00e9s y, hasta finales de junio, los insumos a\u00fan no hab\u00edan llegado, aunque los expertos del Reino Unido ya estaban llevando a cabo workshops<\/em> con el equipo de la red local. Dicha red, creada en 2020, agrupa a 19 n\u00facleos de investigaci\u00f3n, principalmente de universidades. \u201cLa idea de los brit\u00e1nicos es apoyar a las redes ya establecidas y ceder los insumos para que podamos profundizar en las tareas de secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica y vigilancia epidemiol\u00f3gica\u201d, dice el vir\u00f3logo Fernando Spilki, coordinador de la red y docente de la Universidad Feevale, en Nova Hamburgo (en Rio Grande do Sul).<\/p>\n \u201cPara nosotros, lo m\u00e1s importante con relaci\u00f3n a este proyecto tiene que ver con la formaci\u00f3n de personal. El Reino Unido posee una gran experiencia en materia de cruzamiento de los datos de la vigilancia gen\u00f3mica con la informaci\u00f3n epidemiol\u00f3gica\u201d, dice el investigador. \u201cLa determinaci\u00f3n de las correlaciones entre una determinada variante o sublinaje y un brote o un incremento de los casos puede parecer trivial, pero para este an\u00e1lisis deben tenerse en cuenta muchas variables, entre las cuales se cuentan los aspectos sociales, geogr\u00e1ficos, econ\u00f3micos y temporales\u201d.<\/p>\n Uno de los proyectos en el marco de la Red Corona-\u00f3mica BR que obtuvieron el respaldo de la plataforma NVAP est\u00e1 a cargo de la m\u00e9dica Ester Sabino, docente del Instituto de Medicina Tropical (IMT) de la Facultad de Medicina de la Universidad de S\u00e3o Paulo (FM-USP), y coordinadora del Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, el Diagn\u00f3stico, la Gen\u00f3mica y la Epidemiolog\u00eda de los Arbovirus (Cadde), financiado por la FAPESP y por la agencia brit\u00e1nica de financiaci\u00f3n de la investigaci\u00f3n en salud Medical Research Council (lea en <\/em>Pesquisa FAPESP, edici\u00f3n n\u00ba 304<\/em><\/a>).<\/p>\n En 2021, Sabino inici\u00f3 un proyecto de vigilancia gen\u00f3mica con el apoyo de la empresa minorista Magalu, en el marco de una iniciativa del Grupo de Mujeres de Brasil. La propuesta inicial consist\u00eda en la creaci\u00f3n de un grupo en cada capital brasile\u00f1a que trabajara en red y secuenciara 100 muestras del virus del covid-19 por mes.<\/p>\n Adenir Britto\u2009\/\u2009PMSJC<\/span>Test de detecci\u00f3n de covid: la ca\u00edda en la realizaci\u00f3n de ex\u00e1menes moleculares RT-PCR dificulta las tareas de vigilancia gen\u00f3micaAdenir Britto\u2009\/\u2009PMSJC<\/span><\/p><\/div>\n \u201cLos recursos llegaron en noviembre, contratamos a las coordinadoras, recibimos los primeros reactivos y comenzamos a capacitar al personal\u201d, relata Sabino. La iniciativa ya se ha concretado en 19 capitales, incluso en estados alejados del centro y sur del pa\u00eds, como Amap\u00e1, Acre y Rond\u00f4nia, que rara vez son incluidos en proyectos de gran porte porque carecen de infraestructura, informa la investigadora. Algunos laboratorios ya est\u00e1n realizando los an\u00e1lisis gen\u00f3micos. El convenio inicial con el grupo empresario prev\u00e9 provisi\u00f3n de recursos para seis meses de trabajo.<\/p>\n \u201cEsta iniciativa del Grupo de Mujeres de Brasil es importante porque est\u00e1 capacitando a grupos que no ten\u00edan experiencia con la secuenciaci\u00f3n\u201d, comenta el vir\u00f3logo Renato Santana, del Departamento de Gen\u00e9tica, Ecolog\u00eda y Evoluci\u00f3n del Instituto de Ciencias Biol\u00f3gicas de la Universidad Federal de Minas Gerais (ICB-UFMG), cuyo laboratorio forma parte del paraguas de la Red Corona-\u00f3mica. \u201cEst\u00e1n recibiendo equipamiento e insumos para llevar a cabo la secuenciaci\u00f3n y el seguimiento del Sars-CoV-2 en sus propios centros\u201d.<\/p>\n El laboratorio que dirige Santana tambi\u00e9n recibir\u00e1 reactivos en el contexto de la plataforma NVAP, al igual que los laboratorios contemplados en el proyecto de Mujeres de Brasil y otros de la Red Corona-\u00f3mica. \u201cTenemos previsto secuenciar al menos 5.000 muestras por mes en las cinco regiones de Brasil\u201d, informa el investigador.<\/p>\n Un colaborador de peso para la ejecuci\u00f3n del proyecto, comenta Santana, es el grupo Hermes Pardini, con sede en la ciudad de Belo Horizonte, cuya red cuenta con m\u00e1s de 6.000 laboratorios de an\u00e1lisis cl\u00ednicos asociados en todo el pa\u00eds. \u201cLa totalidad de las 16.000 muestras positivas de covid-19 diagnosticadas por el grupo desde el mes de enero de este a\u00f1o ya se encuentran en mi laboratorio. Solo estamos aguardando la llegada de los reactivos para reenviarlos a los laboratorios que llevar\u00e1n a cabo la secuenciaci\u00f3n\u201d, afirma.<\/p>\n<\/div>![\"\"](\"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/058-061_covid_vigilancia-genomica_317-1-1140-1.jpg\")
![](\"\/wp-content\/uploads\/2022\/09\/058-061_covid_vigilancia-genomica_317-1-desktop-true-1.png\")
\n <\/picture>