{"id":73035,"date":"2001-06-01T10:00:00","date_gmt":"2001-06-01T13:00:00","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/2001\/06\/01\/avance-multiplicado-por-dos\/"},"modified":"2015-07-21T15:52:59","modified_gmt":"2015-07-21T18:52:59","slug":"avance-multiplicado-por-dos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/avance-multiplicado-por-dos\/","title":{"rendered":"Avance multiplicado por dos"},"content":{"rendered":"

A mediados de junio pasado, cuando se concluy\u00f3 el secuenciamiento del c\u00f3digo gen\u00e9tico de la bacteria\u00a0Xylella fastidiosa<\/em> que provoca la enfermedad de Pierce, un mal devastador para las vides de California, los investigadores del proyecto Genomas Agron\u00f3micos y Ambientales, uno de los brazos del Programa Genoma FAPESP, sab\u00edan que ten\u00edan en sus manos una buena noticia, y no solo para los productores de vino de la costa oeste estadounidense. Las novedades les interesaban tambi\u00e9n a los productores de naranjas del estado de S\u00e3o Paulo que, de manera indirecta, pueden beneficiarse con el final de ese trabajo. \u00bfPor qu\u00e9? Es que el mapa gen\u00e9tico de la\u00a0Xylella<\/em> de la uva suministr\u00f3 pistas importantes para un mejor entendimiento del genoma del primer fitopat\u00f3geno secuenciaciado en Brasil (y en el mundo): el del linaje de la\u00a0Xylella fastidiosa<\/em> que causa el Veteado Cloroso C\u00edtrico (CVC), la popular plaga amarilla o amarelinho, nociva para los naranjales.<\/p>\n

Comparando el material gen\u00e9tico de las dos cepas, los investigadores identificaron tramos que pueden estar asociados al proceso de infecci\u00f3n de la\u00a0Xylella<\/em> en los c\u00edtricos. “Esas regiones merecen ser objeto de estudio en el futuro para determinar si realmente est\u00e1n relacionadas con la enfermedad causada por la bacteria en los naranjos”, dice Marie-Anne Van Sluys, del Instituto de Biociencias de la Universidad de S\u00e3o Paulo (IB\/USP), una de las coordinadoras del proyecto que mape\u00f3 el ADN de la\u00a0Xylella<\/em> de la uva.<\/p>\n

Uno de esos tramos es una secuencia de 70 mil pares de bases (unidades qu\u00edmicas que componen el ADN de un organismo) solo encontrada en las bacterias especializadas en atacar naranjas. La secuencia est\u00e1 presente en el genoma de la Xylella<\/em> de la CVC y una parte de ella se encuentra en el de la Xanthomonas citri<\/em>, bacteria causante del chancro c\u00edtrico, cuyo c\u00f3digo gen\u00e9tico fue develado por el Programa Genoma FAPESP. Sin embargo, esa secuencia no fue identificada en la\u00a0Xylella<\/em> de la uva ni en otra variedad de la\u00a0Xanthomonas<\/em>, la\u00a0campestris<\/em>, que no infecta a los naranjos.<\/p>\n

Otra constataci\u00f3n de los investigadores paulistas: el genoma de la\u00a0Xylella<\/em> de la uva tiene varias copias de genes posiblemente asociados al proceso de adhesi\u00f3n de la bacteria al vector o al hospedador. Los cient\u00edficos sospechan que, sin esos genes, la bacteria no logra mantenerse sujeta al insecto que la transmite o a la planta contaminada.<\/p>\n

Parecidos, pero no iguales
\n<\/strong>Los genomas de las dos\u00a0Xylellas<\/em> son muy parecidos, pero no son id\u00e9nticos. El de la bacteria especializada en atacar a la uva es menor y no presenta algunos tramos identificados en el pat\u00f3geno de la naranja. Tiene cerca de 2,5 millones de pares de bases, 200 mil menos que el de la causante de la plaga amarilla. Los genes codificados por los dos genomas son los mismos en m\u00e1s del 90% de los casos. “No obstante, constatamos muchos rearrarreglos internos”, dice Mariana Cabral de Oliveira, tambi\u00e9n del IB\/USP, otra coordinadora del proyecto. “Cada\u00a0Xylella<\/em> presenta un orden propio de aparici\u00f3n de algunos genes o regiones gen\u00e9ticas.”<\/p>\n

Por ahora, la\u00a0Xylella<\/em> de la uva presenta 3.400 regiones candidatas a ganar reconocimiento como genes (la\u00a0Xylella<\/em> del CVC tiene cerca de 2.800 genes). Los investigadores evitan denominar genes a esas regiones porque saben que el n\u00famero a\u00fan no es definitivo. “La cantidad de genes disminuir\u00eda a 2.600 a medida que refinemos el proceso de anotaci\u00f3n del genoma”, dice Jo\u00e3o Paulo Kitajima, de la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp), coordinador de bioinform\u00e1tica de la\u00a0Xylella<\/em> de la uva.<\/p>\n

Anotar un genoma es identificar las regiones que son genes y decir, siempre y cuando sea posible, cu\u00e1les prote\u00ednas son generadas por esos genes. Los datos iniciales del secuenciamiento de la bacteria de la uva son producto de un proceso de anotaci\u00f3n automatizado, efectuado con la ayuda de programas de computadora. El paso siguiente consistir\u00e1 en hacer la anotaci\u00f3n a mano, que es m\u00e1s minuciosa.<\/p>\n

Acuerdos
\n<\/strong>El secuenciamiento de la\u00a0Xylella<\/em> de la uva forma parte de un acuerdo de cooperaci\u00f3n suscrito en agosto del a\u00f1o pasado entre la FAPESP y el\u00a0United States Department of Agriculture<\/em> (USDA), el Ministerio de Agricultura americano. La FAPESP y el USDA dividieron en partes iguales el costo total de la empresa, correspondiente a 500 mil d\u00f3lares. De los 250 d\u00f3lares mil invertidos por el USDA en el proyecto, una parte surgi\u00f3 del propio departamento y otra de aportes realizados por la\u00a0American Vineyard Foundation<\/em> (AVF), la asociaci\u00f3n de los productores de vino de California, y por el\u00a0California Department of Food and Agriculture<\/em> (CDFA). Preocupado con el avance de la enfermedad de Pierce sobre las parras de Calif\u00f3rnia, principal regi\u00f3n vin\u00edcola del pa\u00eds, el Servicio de Investigaci\u00f3n Agr\u00edcola del USDA resolvi\u00f3 invitar a los cient\u00edficos paulistas para la realizaci\u00f3n del secuenciamiento de la bacteria que causa dicha plaga. A fin y al cabo, \u00e9stos ya hab\u00edan realizado el mismo trabajo en la\u00a0Xylella<\/em> que provoca el CVC.<\/p>\n

Como un desdoblamiento de la asociaci\u00f3n, la FAPESP acaba de firmar un nuevo acuerdo con los estadounidenses. Los investigadores paulistas efectuar\u00e1n el montaje y la anotaci\u00f3n de los genomas de dos variedades de la\u00a0Xylella fastidiosa<\/em> que fueron casi totalmente secuenciadas en Estados Unidos: la que ataca los almendros y la que infecta los oleandros. La invitaci\u00f3n para ejecutar el trabajo fue realizada el a\u00f1o pasado, pero solo ahora fue formalizada. En dicho proyecto se invertir\u00e1n 100 mil d\u00f3lares. La FAPESP entrar\u00e1 con el 50% del valor, y el USDA, con 25 mil d\u00f3lares. Otro tanto ser\u00e1 aportado por la AVF. Para los investigadores paulistas, el montaje de otros dos genomas de\u00a0Xylella<\/em> enriquecer\u00e1 a\u00fan m\u00e1s sus conocimientos sobre la bacteria.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"El secuenciamiento de la Xylella de la uva ayuda a entender la plaga amarilla","protected":false},"author":6,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[181],"tags":[],"coauthors":[93],"class_list":["post-73035","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-ciencia-es"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/73035","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=73035"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/73035\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=73035"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=73035"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=73035"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=73035"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}