{"id":73310,"date":"2000-11-01T00:00:00","date_gmt":"2000-11-01T00:00:00","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/2000\/11\/01\/socios-en-la-investigacion-de-la-xylella\/"},"modified":"2015-04-02T13:32:07","modified_gmt":"2015-04-02T16:32:07","slug":"socios-en-la-investigacion-de-la-xylella","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/socios-en-la-investigacion-de-la-xylella\/","title":{"rendered":"Socios en la investigaci\u00f3n de la Xylella"},"content":{"rendered":"<p>Los investigadores de la red Onsa (Organizaci\u00f3n para el Secuenciamiento y el An\u00e1lisis de Nucle\u00f3tidos), que participan del proyecto Genomas Ambientales y Agron\u00f3micos, apenas hab\u00edan empezado a abocarse a sus dos emprendimientos actuales -descifrar el c\u00f3digo gen\u00e9tico de dos bacterias: de la variante de la\u00a0<em>Xylella fastidiosa<\/em>\u00a0que destruye las vides y de la\u00a0<em>Leifsonia xyli subsp.xyli<\/em>, que ataca el tallo de la ca\u00f1a de az\u00facar- que ya recibieron solicitudes para otras dos misiones. Los miembros de la red virtual de laboratorios de investigaci\u00f3n gen\u00f3mica creada por la FAPESP fueron invitados por el Joint Genome Institute (JGI), un consorcio de laboratorios americanos con sede en Walnut Creek, California, a auxiliarlo en la tarea de develar el ADN de otras dos cepas de la\u00a0<em>Xylella<\/em>: la que acomete a los almendros y la que se instala en una planta ornamental popularmente conocida como oleandro (<em>Nerium oleander<\/em>).<\/p>\n<p>Seg\u00fan el acuerdo verbal, sellado al final de octubre, les cabr\u00e1 a los brasile\u00f1os el trabajo de realizar la anotaci\u00f3n del genoma de esas dos variantes de la\u00a0<em>Xylella<\/em>, cuyo secuenciamiento propiamente dicho est\u00e1 siendo llevado a cabo por los propios investigadores del JGI. Es decir que los cient\u00edficos de la Onsa van a identificar, entre los millones de &#8220;letras qu\u00edmicas&#8221; (pares de bases) que componen el genoma, las recetas que regulan la producci\u00f3n de prote\u00ednas, interpretando y analizando los datos brutos suministrados por sus pares californianos. Al comienzo de noviembre, el JGI anunci\u00f3 que hab\u00eda concluido &#8220;esbozos de alta calidad&#8221; conteniendo el 95% de las secuencias gen\u00e9ticas de esas dos variedades de la\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0y de otras 13 bacterias.<\/p>\n<p>A mediados de diciembre, los investigadores brasile\u00f1os van a aprovechar un viaje a Davis, California, en donde participar\u00e1n de un taller con especialistas en\u00a0<em>Xylella<\/em>, para discutir los pormenores finales de esta nueva asociaci\u00f3n. Falta definir fundamentalmente, m\u00e1s all\u00e1 de la anotaci\u00f3n, si los investigadores brasile\u00f1os tambi\u00e9n se encargar\u00e1n de la tarea de llenar las lagunas no cubiertas por el secuenciamiento realizado en el JGI, el 5% de material gen\u00e9tico no mapeado. El acuerdo de cooperaci\u00f3n no implica desembolsos monetarios, sino un intercambio de conocimientos y esfuerzos. &#8220;La invitaci\u00f3n a la cooperaci\u00f3n es un reconocimiento del nivel de nuestro trabajo. Podemos efectuar la anotaci\u00f3n sin problemas, pero rellenar esos agujeros es algo demorado. Tenemos plazos que cumplir en nuestros proyectos&#8221;, afirma Marie-Anne Van Sluys, del Departamento de Bot\u00e1nica del Instituto de Biocencias de la Universidad de S\u00e3o Paulo (USP), una de las coordinadoras del proyecto de la\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0de las vides.<\/p>\n<p>&#8220;La cooperaci\u00f3n es interesante porque tendremos la posibilidad de comparar diferentes linajes de esa bacteria&#8221;, dice Mariana Cabral de Oliveira, colega de departamento de Marie-Anne y tambi\u00e9n coordinadora del proyecto de la\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0de las parras. &#8220;Ser\u00e1 un nuevo desaf\u00edo. Con ese intercambio, podremos confeccionar mapas comparando los genes de todas las variedades de\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0secuenciadas por nosotros y por los americanos&#8221;, afirma Jo\u00e3o Paulo Kitajima, de la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp), coordinador de bioinform\u00e1tica de la\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0de la uva. Los investigadores paulistas fueron los primeros en el mundo en descifrar el genoma completo de una variedad de la\u00a0<em>Xylella<\/em>, la de los c\u00edtricos, causante de plaga amarilla que ataca a los naranjales, en un ya c\u00e9lebre trabajo que mereci\u00f3 la tapa de\u00a0<em>Nature<\/em>, una de las m\u00e1s renombradas revistas cient\u00edficas del mundo.<\/p>\n<p>La invitaci\u00f3n del JGI muestra que la relaci\u00f3n con la red Onsa, que se inici\u00f3 con un car\u00e1cter claramente competitivo, puede evolucionar hacia un plano m\u00e1s cooperativo. Vale la pena recordar la reciente disputa involucrando a los dos centros. En un duelo verbal que extrapol\u00f3 el \u00e1mbito de las laboratorios y gan\u00f3 las p\u00e1ginas de los diarios brasile\u00f1os, el JGI se coloc\u00f3, algunos meses atr\u00e1s, como principal competidor de la red Onsa en la disputa por el proyecto de secuenciamiento de la\u00a0<em>Xylella<\/em>\u00a0de las parras, una iniciativa de gran inter\u00e9s y en parte financiada por el Departamento de Agricultura de Estados Unidos (USDA), que intenta detener el avance de la enfermedad de Pierce, causada por esa bacteria, en California, la principal regi\u00f3n productora de vinos nobles en ese pa\u00eds.<\/p>\n<p>En la ocasi\u00f3n, los directores del instituto llegaron a afirmar que estaban en condiciones de realizar la lectura del ADN de la bacteria en un tiempo mucho menor que el utilizado por la red de la FAPESP. Primero dijeron que necesitar\u00edan apenas dos semanas para tal tarea. Despu\u00e9s, redujeron el plazo a 24 horas. Como el JGI no se compromet\u00eda a suministrar la anotaci\u00f3n del material gen\u00e9tico de la bacteria de la uva, justamente la parte m\u00e1s anal\u00edtica y refinada de cualquier esfuerzo por develar el ADN de un ser vivo, el USDA prefiri\u00f3 apostar sus fichas en la Onsa.<\/p>\n<p><strong>Los primeros resultados<br \/>\n<\/strong>El proyecto de secuenciamiento de la <em>Xylella<\/em> de las vides, una inversi\u00f3n de 500 mil d\u00f3lares solventada en partes iguales por la FAPESP y por el USDA, ya muestra sus primeros resultados. Hasta el d\u00eda 16 de noviembre, los cinco centros que coordinan el trabajo de los 20 laboratorios involucrados en la iniciativa contabilizaban 20.375 secuencias ya depositadas en el banco de datos, casi el 40% del n\u00famero total de secuencias previstas para ser mapeadas durante el proyecto. En este tipo de iniciativa, los investigadores generan una cantidad de secuencias mucho mayor que la necesaria para simplemente mapear de forma superficial un genoma. Ellos proceden de esa manera para reducir al m\u00e1ximo, o incluso eliminar, los tramos de ADN no le\u00eddos por las m\u00e1quinas de secuenciamiento y obtener datos m\u00e1s confiables.<\/p>\n<p>Por eso, a pesar de que el genoma de la <em>Xylella<\/em> tiene cerca de 2,7 millones de bases, los investigadores van a secuenciar 24 millones de bases. En la pr\u00e1ctica, esto equivale a decir que cada base del ADN de la bacteria va a ser le\u00edda ocho veces, no solamente una. Al final de diciembre, el 95% del genoma de la <em>Xylella<\/em> estar\u00e1 mapeado. Al final de enero, todo el trabajo estar\u00eda concluido, abriendo espacio en los secuenciadores para el ADN de la <em>Leifsonia<\/em>, la pr\u00f3xima misi\u00f3n de la Onsa.<\/p>\n<p><em><strong>JGI, un gigante de la gen\u00f3mica<br \/>\n<\/strong><\/em>El Joint Genome Institute (JGI), pese a ser operado por la Universidad de California, es un instituto del Departamento de Energ\u00eda estadounidense (DOE). Junto a los Institutos Nacionales de Salud (NIHs), el DOE es el segundo gran organismo americano participante en el consorcio p\u00fablico internacional que lleva adelante el Proyecto Genoma Humano. Y el JGI es el brazo del DOE que act\u00faa en el Proyecto Genoma y en otras iniciativas gen\u00f3micas.<\/p>\n<p>Concebido en 1996 y formalmente creado al a\u00f1o siguiente, el JGI naci\u00f3 con la misi\u00f3n de conjugar los esfuerzos de tres exitosos centros de investigaci\u00f3n implicados desde hace m\u00e1s de una d\u00e9cada en el Proyecto Genoma Humano: los laboratorios nacionales Lawrence Berkeley, Lawrence Livermore (ambos de California) y el de Los \u00c1lamos (en Nuevo M\u00e9xico). Cuando se dice que \u00e9stos son exitosos, la expresi\u00f3n no reviste ninguna exageraci\u00f3n. Las contribuciones generadas por esa tr\u00edada de laboratorios en las \u00e1reas de mapeamiento f\u00edsico y secuenciamiento de genomas, sus puntos fuertes, hacen del JGI un consorcio de alt\u00edsimo\u00a0<em>pedigree<\/em>\u00a0cient\u00edfico. Basta un ejemplo para darse una idea de la dimensi\u00f3n de este gigante: en abril de este a\u00f1o, el JGI divulg\u00f3 el borrador de tres cromosomas humanos, los de n\u00famero 5, 16 y 19. Genes de esos cromosomas estar\u00edan relacionados con la aparici\u00f3n de enfermedades renales, c\u00e1ncer de colon, recto y pr\u00f3stata, leucemia, hipertensi\u00f3n, diabetes y arteriosclerosis.<\/p>\n<p>El JGI emplea a 240 personas. La mitad de sus empleados trabaja en la sede en Walnut Creek y la otra mitad en los tres laboratorios del instituto. Para cubrir todas las etapas del proceso de mapeamiento de un ADN, adem\u00e1s de contar con los servicios de sus tres laboratorios miembros, el instituto mantiene asociaciones con otros laboratorios nacionales: Oak Ridge (para la anotaci\u00f3n de genoma), Brookhaven (biolog\u00eda molecular) y Pacific Northwest (estudios del proteoma, conjunto de genes responsables por la formaci\u00f3n de prote\u00ednas). El Centro de Genoma de Stanford es otro socio del JGI.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Investigadores descifrar\u00e1n el c\u00f3digo gen\u00e9tico de otras dos bacterias","protected":false},"author":6,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[189],"tags":[],"coauthors":[93],"class_list":["post-73310","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-politica-ct"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/73310","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=73310"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/73310\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=73310"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=73310"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=73310"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=73310"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}