En febrero de 2001, cuando lo presentaron p\u00fablicamente, se lleg\u00f3 a comparar el genoma humano con un paisaje de extensos desiertos entremediados por ciudades dispersas. Los desiertos representaban as\u00ed a los largos tramos de ADN, t\u00e9cnicamente llamados intrones, que aparentemente no ten\u00edan funci\u00f3n alguna -no activaban la producci\u00f3n de las prote\u00ednas que forman los seres vivos. Las ciudades ser\u00edan los tramos funcionales del ADN, llamados exones. Con todo, hab\u00eda a\u00fan muchas zonas difusas y, en un primer momento, se hac\u00eda imposible saber qu\u00e9 era desierto y qu\u00e9 partes que correspond\u00edan a las ciudades, ni cu\u00e1ntas eran, ni donde estaban. Tama\u00f1a era la incertidumbre que las estimaciones del n\u00famero de genes variaban entre 35 mil y 120 mil.<\/p>\n
En medio a una carrera internacional en busca del n\u00famero exacto y de la localizaci\u00f3n precisa, del tama\u00f1o y de la estructura de los genes, grupos de investigaci\u00f3n de Estados Unidos, Jap\u00f3n y Alemania llenaron salas con decenas de secuenciadores de ADN, que funcionaban d\u00eda y noche. Aunque no contaban con ese arsenal de equipos, los investigadores de universidades e institutos paulistas no se dejaron amilanar. Adoptaron una estrategia propia y ambiciosa -con un an\u00e1lisis exhaustivo de los datos p\u00fablicos sobre el genoma, sumado a pruebas de laboratorios- y, cuatro a\u00f1os despu\u00e9s, lograron completar la secuencia de 211 genes de los cuales antes solamente hab\u00eda fragmentos, al margen de demostrar donde se encuentran en el genoma -las ciudades adquir\u00edan as\u00ed una localizaci\u00f3n exacta en medio al paisaje des\u00e9rtico.<\/p>\n
Los casi cien investigadores de 31 laboratorios de universidades paulistas y del Instituto Ludwig de Investigaciones sobre el C\u00e1ncer tambi\u00e9n descubrieron alrededor de 40 nuevos genes que no hab\u00edan sido descritos a\u00fan por ning\u00fan otro grupo. Los resultados de este trabajo, coordinado por Anamaria Camargo, del Ludwig, y por Mari Cleide Sogayar, del Instituto de Qu\u00edmica de la Universidad de S\u00e3o Paulo (USP), fueron publicados online al final del mes pasado y salieron el d\u00eda 1\u00ba de este mes en la versi\u00f3n impresa de la revista\u00a0Genome Research.<\/em><\/p>\n “Esta ciencia es el resultado de una sociedad entre la FAPESP y el Instituto Ludwig”, comenta Jos\u00e9 Fernando Perez, director cient\u00edfico de la FAPESP. La Fundaci\u00f3n y la filial paulista del Ludwig llevaron adelante durante dos a\u00f1os, entre 1999 y 2001, el Proyecto Genoma Humano del C\u00e1ncer, para el cual cada instituci\u00f3n destin\u00f3 el equivalente actualizado a 30 millones de reales.<\/p>\n Este trabajo conjunto culmin\u00f3 con un saldo de aproximadamente 1.200.000 secuencias de genes asociados a varios tipos de c\u00e1ncer -eran secuencias de tramos centrales de los genes, caracterizados mediante el empleo de una metodolog\u00eda creada en el pa\u00eds: Orestes, sigla de Open Reading Expressed Sequence Tags, que en castellano significa algo as\u00ed como etiquetas de la fase abierta de lectura de secuencias expresadas. Con un abordaje complementario, otros grupos de investigaci\u00f3n hab\u00edan secuenciado los extremos de tramos de genes con otra t\u00e9cnica: la llamada EST, de\u00a0Expressed Sequence Tags<\/em> o etiquetas de secuencias expresadas.<\/p>\n En el marco del Proyecto Transcriptoma del C\u00e1ncer, que se inici\u00f3 a finales de 2000, con inversiones equivalentes a alrededor de 4 millones de reales a cargo de la FAPESP y 1,5 millones de reales costeados por el Ludwig, los cient\u00edficos procuraron unir ambos conjuntos de secuencias, las del medio y las de los extremos de los genes. Ambos estaban formados \u00fanicamente por exones, las partes activas de los genes, pero no siempre eran suficientes como para completar los genes; quedaban a\u00fan muchos espacios vac\u00edos.<\/p>\n “En principio, cualquier grupo de investigaci\u00f3n podr\u00eda haber hecho ese trabajo, ya que todos los datos eran p\u00fablicos”, afirma Sandro Jos\u00e9 de Souza, coordinador del equipo de bioinform\u00e1tica del Ludwig. “Pero nuestra ventaja radic\u00f3 en el hecho de unir grupos con distintos intereses”. La aventura empez\u00f3 oficialmente en 2001 y moviliz\u00f3 a cinco equipos de bioinform\u00e1tica -del Ludwig, de la Universidad de Ribeir\u00e3o Preto (Unaerp), de la Universidad Federal de S\u00e3o Paulo (Unifesp), de la Facultad de Medicina de Ribeir\u00e3o Preto y del Instituto del Coraz\u00f3n, estos dos \u00faltimos de la Universidad de S\u00e3o Paulo (USP).<\/p>\n Postulantes a genes Los primeros resultados que daban cuenta de la viabilidad de la t\u00e9cnica salieron en octubre de 2001 en\u00a0Proceedings of the National Academy of Sciences<\/em> (PNAS) y, en un comentario de dos p\u00e1ginas, se hicieron merecedores del reconocimiento de parte de dos autoridades mundiales en el \u00e1rea de genoma humano: Robert Strausberg y Gregory Riggins, ambos del Instituto Nacional del C\u00e1ncer (NCI en ingl\u00e9s) de Estados Unidos.<\/p>\n El hecho de haber hallado el camino hizo que las cosas se tornasen al menos un poco m\u00e1s f\u00e1ciles. Luciana Oliveira Cruz, investigadora del equipo de Mari Cleide, trabaj\u00f3 mucho durante meses, cultivando 20 linajes de tejidos humanos -de \u00fatero, test\u00edculos e h\u00edgado, entre otros-, preparando muestras de ADN complementario (cADN), que corresponde a los genes activos de cada tejido, y distribuy\u00e9ndolas entre los laboratorios que llevaban adelante las pruebas con los 488 postulantes genes previamente seleccionados para ver si eran realmente tales. Cada gen era sometido a la reacci\u00f3n en cadena de polimerasa, una t\u00e9cnica conocida por sus iniciales PCR, con dos\u00a0primers<\/em> espec\u00edficos. Los\u00a0primers<\/em> son secuencias de nucle\u00f3tidos sint\u00e9ticos, armadas en este caso con base en dos tramos conocidos de ADN (Orestes o ESTs) -\u00e9stos\u00a0primers<\/em> delimitan los extremos de un fragmento de ADN que ser\u00e1 copiado miles de veces.<\/p>\n “Sabemos que ambos tramos antes descritos como secuencias individuales pertenecen a un solo gen, cuando con base en los\u00a0primers<\/em> se obtiene la copia del cADN, una demostraci\u00f3n de que se trataba de pedazos de una sola mol\u00e9cula”, dice Luciana. A esta estrategia -de alineamiento de los tramos de ADN y prueba con\u00a0primers-<\/em>\u00a0se la denomin\u00f3 Iniciativa de Finalizaci\u00f3n de Transcritos (TFI, de Transcript Finishing Initiative) y determin\u00f3 qu\u00e9 parte correspond\u00eda a intrones y qu\u00e9 parte a exones en los genes incompletos. Con una eficiencia del 43%, revel\u00f3 la existencia de 211 nuevos genes, muchos de \u00e9stos descritos por otros grupos de investigaci\u00f3n mediante el empleo de otras t\u00e9cnicas en el transcurso del proyecto. Restaron alrededor de 40 in\u00e9ditos, presentados en el art\u00edculo de\u00a0Genome Research<\/em>.<\/p>\n El Proyecto Transcriptoma termin\u00f3 al final del a\u00f1o pasado, pese a que a\u00fan restan completar millares de lagunas en el genoma humano. Todav\u00eda no existe un consenso acerca de cu\u00e1l es el n\u00famero total de genes; sin embargo, ya se han descrito alrededor de 25 mil genes completos -o casi completos.<\/p>\n El Proyecto<\/strong>
\n<\/strong>Los bioinform\u00e1ticos, tal como se hacen llamar, superpon\u00edan las secuencias del centro y de los extremos de los genes con las informaciones que llegaban desde los proyectos internacionales de secuenciamiento del genoma humano -eran largas listas de nucle\u00f3tidos (las unidades de ADN), sin que nadie tuviera la menor idea acerca de d\u00f3nde estaban los intrones y los exones. “Centramos nuestra atenci\u00f3n en los genes incompletos, reuniendo las secuencias de Orestes y de otras ESTs”, comenta Souza. De all\u00ed sal\u00edan listas de candidatos a genes, seleccionados con la ayuda de programas de computadora, que eran testeados experimentalmente por los equipos de 31 laboratorios del Instituto Ludwig, la USP, la Unifesp, la Universidad Estadual Paulista (Unesp), la Universidad de Campinas (Unicamp) y la Universidad Vale do Para\u00edba (Univap).<\/p>\n
\nCaracterizaci\u00f3n de Genes Humanos Completos – Una Extensi\u00f3n del Genoma Humano del C\u00e1ncer<\/em>
\nModalidad<\/strong>
\nProyecto Especial
\nCoordinadoras<\/strong>
\nAnamaria Aranha Camargo – Instituto Ludwig de Investigaciones sobre el C\u00e1ncer, y Mari Cleide Sogayar – Instituto de Qu\u00edmica de la USP
\nInversi\u00f3n<\/strong>
\nR$ 540.000,00 y R$ 550.000,00<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Brasile\u00f1os delinean una estrategia de investigaci\u00f3n gen\u00f3mica y culminan la secuencia de 211 genes humanos","protected":false},"author":127,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[181],"tags":[],"coauthors":[437],"class_list":["post-78070","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-ciencia-es"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/78070","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/127"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=78070"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/78070\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=78070"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=78070"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=78070"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=78070"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}