{"id":78553,"date":"2004-09-01T00:00:00","date_gmt":"2004-09-01T00:00:00","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/2004\/09\/01\/estructuras-sin-secretos\/"},"modified":"2015-03-18T17:26:34","modified_gmt":"2015-03-18T20:26:34","slug":"estructuras-sin-secretos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/estructuras-sin-secretos\/","title":{"rendered":"Estructuras sin secretos"},"content":{"rendered":"

La revelaci\u00f3n de la compleja estructura de las prote\u00ednas es una tarea esencial, tanto en el estudio de los procesos biol\u00f3gicos como en la industria farmac\u00e9utica y, de manera m\u00e1s espec\u00edfica, en el an\u00e1lisis de los resultados posteriores al secuenciamiento del ADN de cualquier genoma. Para conocer e interpretar mejor la complejidad de estas mol\u00e9culas, muchos de los investigadores del \u00e1rea emplean actualmente un conjunto de software<\/em> desarrollados por el N\u00facleo de Bioinform\u00e1tica Estructural (NBI) de Embrapa Inform\u00e1tica Agropecuaria, estatal con sede en Campinas, y una de las unidades de la Empresa Brasile\u00f1a de Investigaci\u00f3n Agropecuaria.<\/p>\n

Este nuevo conjunto de herramientas, llamado Gold Sting Suite<\/em> (sequence to and within graphics<\/em> o secuencia dentro de gr\u00e1ficos-GSS), efect\u00faa un an\u00e1lisis tridimensional de las prote\u00ednas que ayuda a los investigadores a comprender todo el ingenioso funcionamiento molecular, incluidos aspectos tales como la formaci\u00f3n de sustancias que podr\u00edan llegar a transformarse en los principales componentes de la preparaci\u00f3n de nuevos f\u00e1rmacos y defensivos agr\u00edcolas.<\/p>\n

“El producto est\u00e1 disponible en el Protein Data Bank<\/em> (PDB), el Banco de Datos de Prote\u00ednas del San Diego Supercomputer Center (SDSC), el mayor banco de datos de estructuras de prote\u00ednas del mundo, con sede en la Universidad de San Diego, y en la Universidad de Columbia, ambas en Estados Unidos. Est\u00e1 disponible tambi\u00e9n en laboratorios p\u00fablicos de Europa, Asia y Am\u00e9rica Latina, como as\u00ed tambi\u00e9n en los de Embrapa de Campinas y Brasilia”, dice el investigador Goran Neshich, l\u00edder del NBI. La reuni\u00f3n de todas las informaciones conocidas sobre las estructuras de las prote\u00ednas y el nivel de detalle en un mismo aplicativo favorecieron la aceptaci\u00f3n mundial del Gold Sting<\/em>.<\/p>\n

El conjunto de programas surgi\u00f3 a partir de la necesidad de integrar las herramientas de an\u00e1lisis de estas estructuras que, anteriormente, exig\u00edan la utilizaci\u00f3n de varios softwares<\/em> para los an\u00e1lisis moleculares. Totalmente basado en estudios biol\u00f3gicos disponibles en bancos de datos p\u00fablicos, el sistema de Embrapa es diferente de los dem\u00e1s existentes orientados a este tipo de investigaci\u00f3n, debido a que permite recabar detalladamente la informaci\u00f3n sobre la secuencia y la estructura de las prote\u00ednas y la naturaleza de los contactos at\u00f3micos entre los amino\u00e1cidos, al margen de otras informaciones sobre cavidades y superficies de la prote\u00edna y sus conexiones. De acuerdo con Goran, se realizan por d\u00eda, v\u00eda Internet, entre 2 mil y 5 mil accesos al aplicativo.<\/p>\n

Con el software<\/em> y el banco de datos, los investigadores pueden analizar el funcionamiento de actividades espec\u00edficas de cada amino\u00e1cido en las prote\u00ednas, por ejemplo. Este an\u00e1lisis, con todos los par\u00e1metros a ellos atribuidos, permite la aplicaci\u00f3n del conocimiento obtenido en sistemas que requieren datos experimentales. En la pr\u00e1ctica esto significa que es posible aumentar o disminuir la actividad de una prote\u00edna, incluso eliminando acciones perjudiciales para el organismo, como por ejemplo irritaciones en la piel o cualquier otro efecto colateral del c\u00f3ctel de proteasas (componentes de los medicamentos) contra el virus VIH.<\/p>\n

Datos y par\u00e1metros
\n<\/strong>Actualmente, gran parte de las investigaciones en biolog\u00eda molecular se vincula a la estructura de las prote\u00ednas, porque los investigadores procuran conocer sus funciones y de qu\u00e9 manera puede modific\u00e1rselas. La versi\u00f3n m\u00e1s reciente del conjunto de software<\/em> funciona, simult\u00e1neamente como interfaz para la visualizaci\u00f3n de todas las informaciones mostradas por el sistema y como banco de datos de las caracter\u00edsticas de las estructuras de las prote\u00ednas. “El NBI es el \u00fanico laboratorio existente en el mundo que oferta productos de este tipo. Son 125 diferentes par\u00e1metros, que describen cada amino\u00e1cido existente dentro de una estructura proteica”, dice el cient\u00edfico.<\/p>\n

El trabajo de investigaci\u00f3n en el NBI cont\u00f3 con un aporte de m\u00e1s de 2,8 millones de reales, con la participaci\u00f3n de la FAPESP, la Financiadora de Estudios y Proyectos (Finep) y el Consejo Nacional de Desarrollo Cient\u00edfico y Tecnol\u00f3gico (CNPq).\u00a0Las investigaciones en el laboratorio de Campinas se abocan a estructuras proteicas de animales y vegetales, y representan un potencial de mercado mundial estimado por una consultora estadounidense en 3 millones de d\u00f3lares. “No comercializamos el software<\/em>, pues \u00e9ste se inserta en el intercambio de informaci\u00f3n entre investigadores de entidades p\u00fablicas internacionales. El software<\/em> es p\u00fablico, pues los datos que se utilizan tambi\u00e9n son p\u00fablicos”, aclara.<\/p>\n

Desde 1998 se han concretado m\u00e1s de 12 millones de accesos mundiales a los aplicativos del Gold Sting<\/em> y de sus versiones anteriores. Las empresas del sector farmac\u00e9utico tambi\u00e9n utilizan el producto, pero \u00fanicamente para la capacitaci\u00f3n y evaluaci\u00f3n de potencialidades del propio software<\/em> y del banco de datos. “Aunque existe gran inter\u00e9s en las investigaciones, las empresas no las hacen por v\u00edas p\u00fablicas, para no correr el riesgo de que sus estudios privados se vuelvan de conocimiento p\u00fablico. Por eso, la mejor opci\u00f3n para \u00e9stas ser\u00eda la adquisici\u00f3n del software<\/em>, para trabajar en sus propias computadoras, fuera de la red p\u00fablica”, concluye.<\/p>\n

Nuevas versiones
\n<\/strong>Con equipos de \u00faltima generaci\u00f3n, los datos recabados por el NBI se procesan, se calculan y se almacenan antes de ponerse a disposici\u00f3n. Para ello, el n\u00facleo cuenta con seis investigadores permanentes en un grupo multidisciplinario integrado por un matem\u00e1tico, dos ingenieros electricistas con especializaci\u00f3n en software<\/em>, una f\u00edsica especializada en cristalograf\u00eda de prote\u00ednas, un bioinform\u00e1tica y un biof\u00edsico. Ellos tienen en la mira nuevas actualizaciones del software<\/em> en 2005, con el lanzamiento de la versi\u00f3n Diamond Sting<\/em>, y en 2006, con el Star Sting<\/em>. En este punto, el NBI finalizar\u00e1 la creaci\u00f3n de interfaces de software<\/em>, volc\u00e1ndose al gerenciamiento de informaciones, an\u00e1lisis y agrupamiento de datos.<\/p>\n

Aunque comparativamente las investigaciones brasile\u00f1as son menores con relaci\u00f3n a los dos grandes centros mundiales de bioinform\u00e1tica, en el \u00e1rea han crecido de manera considerable, tanto es as\u00ed que el pa\u00eds fue elegido para ser sede en 2006 de la 14\u00aa Conferencia Internacional de Sistemas Inteligentes en Biolog\u00eda Molecular, organizada por la International Society for Computational Biology<\/em>, que por la primera vez saldr\u00e1 del eje Europa-Estados Unidos.<\/p>\n

Goran apuesta al impacto que la discusi\u00f3n con cient\u00edficos internacionales generar\u00e1 sobre las investigaciones brasile\u00f1as (m\u00e1s informaci\u00f3n en el siguiente sitio: http:\/\/www.iscb.org\/ismb_2006). Para ello, est\u00e1 articul\u00e1ndose la creaci\u00f3n de la Sociedad Brasile\u00f1a de Bioinform\u00e1tica y Biolog\u00eda Computacional, para congregar a los investigadores en el \u00e1mbito nacional. La intenci\u00f3n tambi\u00e9n es fortalecer el Gold Sting<\/em> hasta 2006, permitiendo as\u00ed que el producto sea cada vez m\u00e1s utilizado.<\/p>\n

El Proyecto<\/strong>
\nCreaci\u00f3n de un centro para la investigaci\u00f3n y oferta de servicios de bioinform\u00e1tica (CB)
\nModalidad<\/strong>
\nL\u00ednea Regular de Auxilio a la Investigaci\u00f3n
\nCoordinador<\/strong>
\nGoran Neshich – Embrapa Inform\u00e1tica
\nInversiones<\/strong>
\nR$ 185.731,72 y US$ 285.741,10 (Proyecto FAPESP)
\nR$ 488.669,03 (CNPq)
\nR$ 762.884,16 (Finep)<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Un sistema desarrollado por Embrapa ayuda a entender las funciones de las prote\u00ednas","protected":false},"author":168,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[192],"tags":[],"coauthors":[483],"class_list":["post-78553","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-tecnologia-es"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/78553","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/168"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=78553"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/78553\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=78553"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=78553"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=78553"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/es\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=78553"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}