{"id":127768,"date":"2013-08-20T17:55:12","date_gmt":"2013-08-20T20:55:12","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/?p=127768"},"modified":"2013-08-23T15:23:07","modified_gmt":"2013-08-23T18:23:07","slug":"plus-doctets-au-service-de-ladn","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/plus-doctets-au-service-de-ladn\/","title":{"rendered":"Plus d\u2019octets au service de l\u2019ADN"},"content":{"rendered":"

Publi\u00e9 en F\u00e9vrier 2013<\/em><\/p>\n

\"\"FABIO OTUBO<\/span>Il y a encore 10 ans, il n\u2019y avait pratiquement pas de g\u00e9nomes complets \u00e0 analyser. On manque aujourd\u2019hui de programmes et de main d\u2019\u0153uvre sp\u00e9cialis\u00e9e pour faire face \u00e0 la quantit\u00e9 de s\u00e9quences d\u2019ADN d\u00e9j\u00e0 enregistr\u00e9es sur des bases publiques de donn\u00e9es et qui sortent quotidiennement de la nouvelle g\u00e9n\u00e9ration de s\u00e9quenceurs. Ces machines qui sont extr\u00eamement rapides d\u00e9terminent les paires de base du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique, appel\u00e9es lettres chimiques, \u00e0 un prix des milliers de fois inf\u00e9rieur \u00e0 celui pratiqu\u00e9 au d\u00e9but des ann\u00e9es 2000, quand l\u2019aventure qui a men\u00e9e au s\u00e9quen\u00e7age du premier g\u00e9nome humain a pris fin. Afin de relever les d\u00e9fis dans ce domaine, le math\u00e9maticien Jo\u00e3o Meidanis, fondateur associ\u00e9 de l\u2019entreprise Scylla Bioinformatique et professeur \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 Publique de Campinas (Unicamp), a investi dans une ligne de recherche visant \u00e0 cr\u00e9er des m\u00e9thodes plus simples et plus efficaces pour comparer deux ou plusieurs g\u00e9nomes.<\/p>\n

Aux c\u00f4t\u00e9s de Pedro Feij\u00e3o, son ancien \u00e9l\u00e8ve de doctorat, il a formul\u00e9 en 2009 la base th\u00e9orique d\u2019une m\u00e9thode appel\u00e9e single-cut-or-join (SCJ) pour comparer des g\u00e9nomes entiers. L\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re, il a test\u00e9 cette m\u00e9thode dans la pratique sur les g\u00e9nomes de certains organismes comme les plantes et les bact\u00e9ries. \u00abAvec notre m\u00e9thode, nous pouvons comparer facilement deux ou plusieurs g\u00e9nomes sans augmenter de mani\u00e8re exponentielle le nombre de calculs, comme c\u2019est le cas dans d\u2019autres m\u00e9thodes\u00bb, affirme Jo\u00e3o Meidanis. \u00abNous pouvons ainsi construire des arbres g\u00e9n\u00e9alogiques et voir quels sont les g\u00e9nomes les plus proches et les plus \u00e9loign\u00e9s du point de vue \u00e9volutif. Le math\u00e9maticien a \u00e9t\u00e9 l\u2019un des coordonnateurs en bioinformatique du projet qui a s\u00e9quenc\u00e9 en 2000, le g\u00e9nome de la bact\u00e9rie Xylella fastidiosa, responsable de la maladie amarelinho (petit jaune) dans les orangeraies. Ce travail a permis \u00e0 la recherche br\u00e9silienne de faire la une de la revue scientifique Nature.<\/p>\n

Pour confronter tout le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique d\u2019une esp\u00e8ce \u00e0 celui d\u2019une autre, les chercheurs doivent recourir \u00e0 des simplifications. La principale est de consid\u00e9rer que les g\u00e8nes pr\u00e9sents dans les g\u00e9nomes compar\u00e9s sont exactement les m\u00eames, bien qu\u2019ils soient ordonn\u00e9s de mani\u00e8re diff\u00e9rente dans la s\u00e9quence sp\u00e9cifique de chaque organisme. En partant de ce raisonnement, les m\u00e9thodes pour comparer les g\u00e9nomes comptabilisent le nombre de r\u00e9arrangements n\u00e9cessaires pour qu\u2019un g\u00e9nome se transforme en un autre. Ces r\u00e9arrangements sont dus au d\u00e9placement de grands segments d\u2019ADN qui ont lieu au fil du temps dans la s\u00e9quence originale. Ainsi, plus le nombre de r\u00e9arrangements qui s\u00e9parent deux g\u00e9nomes sera faible, plus ils seront proches dans l\u2019arbre \u00e9volutif.<\/p>\n

Dans leur m\u00e9thode, Jo\u00e3o Meidanis et Pedro Feij\u00e3o ont formul\u00e9 une d\u00e9finition alternative du concept de point de rupture (breakpoint), param\u00e8tre important pour trouver des r\u00e9arrangements dans une s\u00e9quence et ainsi calculer la proximit\u00e9 de deux g\u00e9nomes. Le point de rupture est l\u2019endroit o\u00f9 il y a une interruption d\u2019un long segment conserv\u00e9 dans les g\u00e9nomes qui sont en train d\u2019\u00eatre compar\u00e9s.
\nL\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re, ils ont encore red\u00e9fini une autre m\u00e9thode de comparaison de g\u00e9nomes plus \u00e9labor\u00e9e que le SCJ. Tout d\u2019abord propos\u00e9e en 2000, cette deuxi\u00e8me m\u00e9thode permettait de confronter uniquement des g\u00e9nomes circulaires. Une fois perfectionn\u00e9e, cette m\u00e9thode est devenue \u00e9galement utile pour comparer le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique de chromosomes lin\u00e9aires. \u00abC\u2019\u00e9tait une des limitations de la m\u00e9thode originale\u00bb, commente Pedro Feij\u00e3o, aujourd\u2019hui employ\u00e9 chez Scylla. La nouvelle m\u00e9thode bas\u00e9e sur ce que les math\u00e9maticiens appellent formalisme alg\u00e9brique par adjacences n\u2019a pas encore \u00e9t\u00e9 test\u00e9e sur des g\u00e9nomes r\u00e9els. Pour l\u2019instant elle n\u2019existe que de mani\u00e8re th\u00e9orique.<\/p>\n

M\u00e9tag\u00e9nomique<\/strong>
\nJo\u00e3o Meidanis n\u2019est \u00e9videmment pas le seul \u00e0 sentir les effets de cette nouvelle r\u00e9alit\u00e9 dans son domaine d\u2019intervention. De retour au Br\u00e9sil depuis 2011, apr\u00e8s avoir pass\u00e9 huit ans au Virginia Bioinformatics Institute, aux \u00c9tats-Unis, Jo\u00e3o Carlos Setubal, actuellement professeur titulaire de l\u2019Institut de Chimie de l\u2019Universit\u00e9 de S\u00e3o Paulo (USP), a constat\u00e9 que les demandes pour monter des services et mener des recherches dans son domaine ont augment\u00e9 et se sont sophistiqu\u00e9es ces derniers temps. Depuis qu\u2019il est revenu \u00e0 S\u00e3o Paulo, il a par exemple d\u00e9j\u00e0 re\u00e7u 16 propositions pour collaborer \u00e0 des initiatives men\u00e9es par d\u2019autres chercheurs. \u00abLes s\u00e9quenceurs de derni\u00e8re g\u00e9n\u00e9ration produisent une quantit\u00e9 astronomique de donn\u00e9es g\u00e9nomiques, prot\u00e9omiques et sur le m\u00e9tabolisme des organismes\u00bb, d\u00e9clare Jo\u00e3o Carlos Setubal, qui a \u00e9galement \u00e9t\u00e9 l\u2019un des coordonnateurs de bioinformatique du projet sur Xylella. \u00abActuellement, gr\u00e2ce \u00e0 la r\u00e9duction des prix de la technologie, tout projet de recherche peut s\u00e9quencer le g\u00e9nome d\u2019un organisme avec un minimum de financement\u00bb.<\/p>\n

La m\u00e9tag\u00e9nomique qui \u00e9tudie le microbiote d\u2019une niche \u00e9cologique est un nouveau domaine qui est apparu ces dix derni\u00e8res ann\u00e9es pour les biologistes et les bioinformaticiens. Le principal projet de Jo\u00e3o Carlos Setubal est un programme th\u00e9matique de la FAPESP en m\u00e9tag\u00e9nomique sur les microorganismes pr\u00e9sents au zoo de S\u00e3o Paulo. Dans cette approche, au lieu d\u2019isoler et de cultiver les microorganismes pour extraire de mani\u00e8re s\u00e9par\u00e9e l\u2019ADN de chaque esp\u00e8ce, le chercheur retire directement un \u00e9chantillon de l\u2019environnement \u00e0 \u00e9tudier. Dans cet \u00e9chantillon, l\u2019ADN de diff\u00e9rentes esp\u00e8ces est \u00abm\u00e9lang\u00e9\u00bb et il incombe au bioinformaticien de trouver des m\u00e9thodes pour s\u00e9parer et caract\u00e9riser le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique de chaque esp\u00e8ce. \u00abNous sommes en train d\u2019\u00e9tudier trois microbiomes au zoo qui sont, le compostage r\u00e9alis\u00e9 par les employ\u00e9s du parc, l\u2019eau des \u00e9tangs et les excr\u00e9ments des singes hurleurs\u00bb, d\u00e9clare Setubal.<\/p>\n

\"Les

EBENGTSO \/ WIKIMEDIA COMMONS<\/span>Les eaux hyper-salines\u00a0de la lagune
d\u2019Araruama,\u00a0\u00e0 Rio de Janeiro: des\u00a0\u00e9tudes\u00a0m\u00e9tag\u00e9nomiques\u00a0y trouvent des bact\u00e9ries\u00a0magn\u00e9tiquesEBENGTSO \/ WIKIMEDIA COMMONS<\/span><\/p><\/div>\n

La m\u00e9tag\u00e9nomique est \u00e9galement une mani\u00e8re simple de d\u00e9couvrir des organismes inconnus dans un habitat sp\u00e9cifique. L\u2019\u00e9quipe d\u2019Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, coordonnatrice du centre de bioinformatique du Laboratoire National d\u2019Informatique Scientifique (LNCC), \u00e0 Petr\u00f3polis, a particip\u00e9 \u00e0 la d\u00e9couverte de bact\u00e9ries magn\u00e9tiques trouv\u00e9es dans la lagune d\u2019Araruama, sur le littoral de Rio de Janeiro, l\u2019une des plus salines du monde. L\u2019une des bact\u00e9ries trouv\u00e9es est la Candidatus magnetoglobus multicellularis. La bact\u00e9rie identifi\u00e9e par Ulysses Lins, de l\u2019Universit\u00e9 F\u00e9d\u00e9rale de Rio de Janeiro (UFRJ), est difficile \u00e0 isoler de son environnement et \u00e0 conserver dans un milieu de culture. \u00abNous sommes aujourd\u2019hui engag\u00e9s sur une dizaine de projets en mati\u00e8re de m\u00e9tag\u00e9nomique\u00bb, d\u00e9clare Ana Tereza, qui poss\u00e8de trois s\u00e9quenceurs dans son laboratoire et qui compte sur une \u00e9quipe d\u2019environ 25 personnes.<\/p>\n

L\u2019\u00e9chelle de temps et les financements engag\u00e9s dans des projets consacr\u00e9s \u00e0 l\u2019analyse de l\u2019ADN ont radicalement chang\u00e9 au cours de la derni\u00e8re d\u00e9cennie. Durant les premi\u00e8res ann\u00e9es de l\u2019\u00e8re g\u00e9nomique, seuls les grands projets osaient s\u2019aventurer dans ce nouveau domaine. En avril 2003, quand le consortium public International qui avait s\u00e9quenc\u00e9 pour la premi\u00e8re fois un g\u00e9nome humain est arriv\u00e9 \u00e0 son terme, cette m\u00e9ga-initiative avait consomm\u00e9 13 ans de travail, fait appel \u00e0 des centaines de scientifique d\u2019au moins 18 pays (y compris le Br\u00e9sil) et avait co\u00fbt\u00e9 12 millions de dollars US. Dans une moindre proportion mais m\u00eame ainsi grandiose, le s\u00e9quen\u00e7age de la Xylella aura co\u00fbt\u00e9 12 millions US$ \u00e0 la FAPESP en impliquant 192 chercheurs durant trois ans.<\/p>\n

Actuellement, le s\u00e9quen\u00e7age de g\u00e9nomes est devenu une activit\u00e9 de 10 \u00e0 20 mille fois plus avantageuse sur le plan financier qu\u2019il y a une d\u00e9cennie, selon les donn\u00e9es du National Human Genome Research Institute (NHGRI), aux \u00c9tats-Unis. L\u2019arriv\u00e9e en masse sur le march\u00e9 d\u00e9but 2008 des s\u00e9quenceurs de deuxi\u00e8me g\u00e9n\u00e9ration qui utilisent une technologie diff\u00e9rente de celle des premi\u00e8res machines de type Sanger, ont fait chuter les prix du s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 un rythme acc\u00e9l\u00e9r\u00e9 qui d\u00e9passe de loin les gains de performance pr\u00e9vus par la Loi de Moore dans l\u2019informatique. Aujourd\u2019hui, en deux ou trois jours, pour quelques milliers de dollars, il est possible de d\u00e9terminer les 3 milliards de lettres chimiques de l\u2019ADN d\u2019une personne. \u00abLa bioinformatique est un nouvel outil, une loupe qui nous permet de mieux comprendre le ph\u00e9nom\u00e8ne biologique, qui n\u2019a pas chang\u00e9, mais qui peut \u00eatre vu sous un autre angle\u00bb, d\u00e9clare Gon\u00e7alo Pereira, de l\u2019Institut de Biologie (IB) de l\u2019Unicamp.<\/p>\n

Cependant, s\u00e9quencer est une chose, et extraire de l\u2019information utile sur les milliards de donn\u00e9es fournies quotidiennement par les ordinateurs dans les mains des scientifiques en est une autre bien plus complexe. \u00abLe s\u00e9quen\u00e7age en soi est actuellement bon march\u00e9, c\u2019est devenu une commodity, mais l\u2019analyse des donn\u00e9es est ch\u00e8re\u00bb, d\u00e9clare le scientifique informaticien Jo\u00e3o Paulo Kitajima, de Mendelics, entreprise r\u00e9cemment cr\u00e9\u00e9e qui travaille sur des diagnostics g\u00e9nomiques personnalis\u00e9s. \u00abLa demande en bioinformatique a augment\u00e9 de mani\u00e8re exponentielle et il y a un gap entre l\u2019offre et la demande de sp\u00e9cialiste au Br\u00e9sil et \u00e0 l\u2019\u00e9tranger\u00bb.<\/p>\n

Il est difficile d\u2019estimer avec pr\u00e9cision la taille de la communaut\u00e9 de bioinformaticiens dans le pays. Selon Guillherme Oliveira, pr\u00e9sident de l\u2019Association Br\u00e9silienne de Bioinformatique et de Biologie Informatique (AB3C), environ 300 personnes, comme des professeurs, des \u00e9l\u00e8ves et des chercheurs, conservent un lien avec l\u2019entit\u00e9. \u00abAuparavant le bioinformaticien \u00e9tait autodidacte\u00bb, d\u00e9clare Oliveira, coordonnateur du centre de bioinformatique de la Fiocruz de Minas Gerais. \u00abAujourd\u2019hui une bonne partie de ces personnes sortent d\u2019un troisi\u00e8me cycle et il y a un sp\u00e9cialiste du secteur dans chaque \u00e9tat. Ce qui est nouveau, c\u2019est que des entreprises travaillent maintenant dans ce domaine\u00bb. De grandes universit\u00e9s br\u00e9siliennes comme l\u2019USP, l\u2019UFRJ, l\u2019Universit\u00e9 f\u00e9d\u00e9rale de Minas Gerais (UFMG), et la Fiocruz ont des programmes de troisi\u00e8me cycle sp\u00e9cifiques en bioinformatique. D\u2019autres universit\u00e9s travaillent le th\u00e8me comme une ligne de recherche dans le cadre du troisi\u00e8me cycle et dans un domaine plus large comme la biologie ou l\u2019informatique.<\/p>\n

Le travail de s\u00e9quen\u00e7age et d\u2019analyse du g\u00e9nome du Schistosoma mansoni, parasite responsable de l\u2019esquistossomose, est le projet de plus grande visibilit\u00e9 sur lequel ait travaill\u00e9 le centre de bioinformatique de l\u2019unit\u00e9 de Minas Gerais de la Fiocruz, ces derni\u00e8res ann\u00e9es. Toutefois, les six s\u00e9quenceurs et les 15 sp\u00e9cialistes en bioinformatique du secteur dirig\u00e9 par Oliveira ont particip\u00e9 \u00e0 environ 60 autres projets distincts qui incluent des \u00e9tudes sur le g\u00e9nome du cancer, sur les agents infectieux, sur les races de bovins et des travaux en m\u00e9tag\u00e9nomique. Aujourd\u2019hui, le centre analyse et g\u00e8re encore des donn\u00e9es pour le R\u00e9seau de Recherche d\u2019Identification Mol\u00e9culaire de la Biodiversit\u00e9 Br\u00e9silienne (BR-BoL), coordonn\u00e9 par Cl\u00e1udio Oliveira, de l\u2019Institut de Biosciences de l\u2019Universit\u00e9 Publique Pauliste (Unesp) de Botucatu, qui cataloguera 120 mille exemplaires de 24 mille esp\u00e8ces en quatre ans. Le BR-BoL est le bras br\u00e9silien du projet international Barcode of Life (Code-barres de la Vie), destin\u00e9 \u00e0 identifier des esp\u00e8ces \u00e0 travers la caract\u00e9risation de leur ADN.<\/p>\n

La bioinformatique s\u2019est r\u00e9pandue dans le pays et a atteint des centres tr\u00e8s \u00e9loign\u00e9s des grandes capitales du Sud-Est. Artur Silva m\u00e8ne des recherches dans ce domaine et collabore avec des groupes de S\u00e3o Paulo \u00e0 l\u2019universit\u00e9 F\u00e9d\u00e9rale de l\u2019\u00e9tat du Par\u00e1 (UFPA). Depuis le mois de mai dernier, Sandro de Souza, qui durant des ann\u00e9es a dirig\u00e9 ce secteur \u00e0 l\u2019Institut Ludwig de Recherche sur le Cancer de S\u00e3o Paulo, se trouve \u00e0 l\u2019Institut du Cerveau de l\u2019Universit\u00e9 F\u00e9d\u00e9rale de l\u2019\u00e9tat du Rio Grande do Norte (UFRN). Il n\u2019a pas de s\u00e9quenceur \u00e0 ses c\u00f4t\u00e9s pour l\u2019aider dans la capitale Potiguar [N.T. : la ville de Natal], mais cela ne l\u2019inqui\u00e8te pas du tout. \u00abIl est m\u00eame possible de faire du s\u00e9quen\u00e7age dans le nuage internet si on veut\u00bb, affirme Sandro de Souza. \u00abJe commence mes travaux en neurosciences sans aucun probl\u00e8me\u00bb.<\/p>\n

En effet, Sandro de Souza a \u00e9galement acc\u00e8s \u00e0 toutes les machines de l\u2019Institut Ludwig qui, apr\u00e8s la fermeture de l\u2019Institut dans la capitale pauliste, ont \u00e9t\u00e9 transf\u00e9r\u00e9es \u00e0 la Facult\u00e9 de M\u00e9decine de Ribeir\u00e3o Preto (FMRP) de l\u2019USP. C\u2019est l\u00e0, l\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re, qu\u2019a commenc\u00e9 \u00e0 fonctionner le Centre de M\u00e9decine G\u00e9nomique. \u00abLes techniques g\u00e9nomiques et bioinformatiques r\u00e9volutionneront la pratique m\u00e9dicale comme c\u2019est d\u00e9j\u00e0 le cas pour l\u2019imagerie m\u00e9dicale\u00bb, d\u00e9clare Wilson Ara\u00fajo da Silva J\u00fanior, l\u2019un des responsables du nouveau centre de la FMRP.<\/p>\n

Pour que les services de s\u00e9quen\u00e7age et d\u2019analyse d\u2019ADN et d\u2019ARN deviennent plus accessibles, l\u2019Unicamp inaugurera, le premier mars, le Laboratoire Central de technologies de Haute Performance (LacTAD), qui travaillera dans les domaines de la g\u00e9nomique, la prot\u00e9omique, la biologie cellulaire et la bioinformatique proprement dite. Parmi les \u00e9quipements du laboratoire, il y a deux s\u00e9quenceurs de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration de l\u2019entreprise Illumina qui en quelques jours sont capables de s\u00e9quencer compl\u00e8tement un ADN humain, et un troisi\u00e8me \u00e9quipement pour s\u00e9quencer des r\u00e9gions sp\u00e9cifiques des g\u00e9nomes. Normalement, les machines du centre fonctionnent depuis leur arriv\u00e9e l\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re \u00e0 l\u2019universit\u00e9 et leur installation dans diff\u00e9rentes unit\u00e9s. \u00c0 partir du mois prochain, elles commenceront \u00e0 fonctionner dans le b\u00e2timent de 2 000 m\u00e8tres carr\u00e9s construit pour le LacTAD.<\/p>\n

\u00abNous pensons qu\u2019il y a une demande r\u00e9prim\u00e9e pour ce type de service et la bioinformatique est devenue un goulot d\u2019\u00e9tranglement pour de nombreuses recherches dans les domaines biologiques, d\u00e9clare le chimiste Ronaldo Pilli, Directeur de la Recherche de l\u2019Unicamp, responsable du projet du nouveau laboratoire. \u00abNous suivons la tendance mondiale en offrant ce type de service de mani\u00e8re centralis\u00e9e. Ainsi, il est plus facile d\u2019acheter, d\u2019exploiter et de maintenir les \u00e9quipements \u00e0 jour\u00bb. Les \u00e9quipements du LacTAD ont co\u00fbt\u00e9 environ 5,5 millions de reais et ont \u00e9t\u00e9 acquis \u00e0 travers le programme Multiutilisateurs de la FAPESP. Le b\u00e2timent a \u00e9t\u00e9 financ\u00e9 par l\u2019universit\u00e9 pour un montant de 4 millions de reais.<\/p>\n

Le LacTAD fournira ses services aux chercheurs de l\u2019Unicamp ainsi qu\u2019\u00e0 d\u2019autres universit\u00e9s et aux entreprises. Sur le site du laboratoire il y a un formulaire destin\u00e9 aux chercheurs qui veulent coter le montant de leurs services. \u00abNous ferons des travaux qui pourront co\u00fbter de 100 reais \u00e0 100 mille reais\u00bb d\u00e9clare Ronaldo Pilli. C\u2019est la d\u00e9mocratisation de la bioinformatique.<\/p>\n

\"Panda

PUBLIC DOMAIN IMAGE<\/span>Panda g\u00e9ant:\u00a0l\u2019un des\u00a0g\u00e9nomes que\u00a0les chinois\u00a0du Beijing\u00a0Genomics\u00a0Institute (BGI)\u00a0ont s\u00e9quenc\u00e9\u00a0enti\u00e8rementPUBLIC DOMAIN IMAGE<\/span><\/p><\/div>\n

La Chine poss\u00e8de le plus grand centre de s\u00e9quen\u00e7age du monde<\/em>
\n<\/b>En moins de 15 ans, un centre chinois de bioinformatique est pass\u00e9 de la condition de petit associ\u00e9, du consortium international qui a cartographi\u00e9 le premier g\u00e9nome humain, \u00e0 celle de la plus grande puissance mondiale en termes de s\u00e9quen\u00e7age d\u2019ADN. Fond\u00e9 en 1999, Beijing Genomics Institute (BGI, signe en anglais) est aujourd\u2019hui propri\u00e9taire de 180 s\u00e9quenceurs, la plupart de derni\u00e8re g\u00e9n\u00e9ration et qui peuvent produire quotidiennement 6 t\u00e9raoctets de donn\u00e9es, ce qui \u00e9quivaut aux g\u00e9nomes complets de 2 mille individus. Ils ont 4 mille employ\u00e9s et des filiales aux \u00c9tats-Unis, en Europe et au Japon. Les performances des chinois, qui travaillent sur une \u00e9chelle gigantesque, cr\u00e9ent les conditions n\u00e9cessaires pour que le prix du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome humain passe d\u2019ici peu \u00e0 1 000 dollars US et leur offrent la possibilit\u00e9 de participer \u00e0 des projets de pointe, qui vont bien au del\u00e0 du s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique d\u2019un symbole national, le panda g\u00e9ant, prouesse atteinte il y a trois ans.<\/p>\n

En 2010, par exemple, l\u2019Institut BGI a s\u00e9quenc\u00e9 le premier g\u00e9nome complet d\u2019un anc\u00eatre de l\u2019homme en s\u00e9quen\u00e7ant l\u2019ADN d\u2019un esquimau vieux de 4 mille ans. En 2012 il a fourni l\u2019ADN de 100 chinois dans un projet international qui \u00e9tudie le g\u00e9nome d\u2019environ mille individus provenant de diff\u00e9rentes r\u00e9gions de la plan\u00e8te. L\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re le centre s\u2019est \u00e9galement propos\u00e9 de s\u00e9quencer durant les prochaines ann\u00e9es 3 millions de g\u00e9nomes d\u2019\u00eatres humains, de plantes, d\u2019animaux et de microorganismes.<\/p>\n

La politique chinoise est agressive \u00e0 tous les niveaux, non seulement dans le domaine scientifique, mais \u00e9galement sur le plan commercial. Outre le fait de vendre ses services en bioinformatique, l\u2019Institut BGI essaie de se garantir un acc\u00e8s aux avanc\u00e9es les plus r\u00e9centes du secteur. En d\u00e9but d\u2019ann\u00e9e, le centre asiatique a re\u00e7u le feu vert des am\u00e9ricains pour acheter pour une somme de 177 millions \u2028de dollars US une compagnie californienne, Complete Genomics, qui a d\u00e9velopp\u00e9 \u2028une nouvelle technologie de s\u00e9quen\u00e7age et dont les r\u00e9sultats seraient plus pr\u00e9cis que ceux obtenus avec les m\u00e9thodes actuelles utilis\u00e9es dans le monde entier.<\/p>\n

Projets<\/strong>
\n1<\/strong>. \u00c9tudes de la diversit\u00e9 microbienne dans le Parc Zoologique de S\u00e3o Paulo \u2013 n\u00b0 11\/50870-6; Modalit\u00e9s<\/strong> Programme Biota \u2013 Projet Th\u00e9matique; Coordonnateurs<\/strong> Jo\u00e3o Setubal \u2013 USP; Investissement<\/strong> 1 711 698,25 reais (FAPESP);
\n2<\/strong>. EMU: Laboratoire Central de Technologie de haute Performance \u2013 n\u00b0 09\/54129-9; Modalit\u00e9s<\/strong> Programme d\u2019\u00c9quipements Multiutilisateurs; Coordonnateurs<\/strong> Fernando Ferreira Costa \u2013 Unicamp; Investissement<\/strong> 6 034 431,00 reais (FAPESP).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Plus d\u2019octets au service de l\u2019ADN ","protected":false},"author":13,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[1180],"tags":[],"coauthors":[101],"class_list":["post-127768","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-sciences"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/127768","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/13"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=127768"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/127768\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=127768"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=127768"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=127768"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=127768"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}