{"id":236439,"date":"2013-09-03T13:45:27","date_gmt":"2013-09-03T16:45:27","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/?p=236439"},"modified":"2017-04-18T16:34:01","modified_gmt":"2017-04-18T19:34:01","slug":"sans-secrets","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/sans-secrets\/","title":{"rendered":"Sans secrets"},"content":{"rendered":"
\"Fruits

FUNDECITRUS<\/span><\/a> Fruits des tropiques: Il y a 200 millions d\u2019orangers dans les \u00e9tats de S\u00e3o Paulo et de Minas GeraisFUNDECITRUS<\/span><\/p><\/div>\n

Le premier article scientifique sign\u00e9 par l\u2019\u00e9quipe de chercheurs de l\u2019entreprise priv\u00e9e de biotechnologie Alellyx Applied Genomics, fond\u00e9e \u00e0 partir du Programme G\u00e9nome de la FAPESP, vient d\u2019\u00eatre publi\u00e9 dans l\u2019\u00e9dition du mois de mars de la revue Journal of Virology.<\/em> Cet article d\u00e9crit les caract\u00e9ristiques g\u00e9n\u00e9tiques et mol\u00e9culaires d\u2019un virus que l\u2019\u00e9quipe d\u2019Alellyx consid\u00e8re comme responsable probable (ou du moins l\u2019un des responsables) de la mort subite des agrumes, maladie qui atteint d\u00e9j\u00e0 pr\u00e8s de 2 millions d\u2019orangers dans les \u00e9tats de S\u00e3o Paulo et de Minas Gerais. Selon cette \u00e9tude, la corr\u00e9lation \u00e9tablie entre le Citrus sudden death-associated virus<\/em> (CSDaV ou virus li\u00e9 \u00e0 la mort subite des agrumes) et le mal capable de tuer un oranger ou un mandarinier en quelques mois s\u2019\u00e9l\u00e8ve \u00e0 99,7%.<\/p>\n

Toutefois on ne peut pas affirmer qu\u2019il soit r\u00e9ellement responsable de la mort de ces arbres. Il faut encore d\u00e9montrer qu\u2019il existe une relation claire de cause \u00e0 effet en utilisant le postulat de Koch, qui consiste \u00e0 inoculer le probable agent qui provoque la maladie dans des organismes sains, dans ce cas pr\u00e9cis des orangers, afin de v\u00e9rifier s\u2019ils d\u00e9veloppent la maladie. C\u2019est un travail lent, dans lequel il faut c\u00e9der aux caprices du virus dont la p\u00e9riode d\u2019incubation peut \u00eatre de trois ans. Ce n\u2019est qu\u2019\u00e0 ce moment l\u00e0 qu\u2019appara\u00eetront les premiers sympt\u00f4mes se traduisant par un ternissement des feuilles et l\u2019obturation des vaisseaux qui conduisent la s\u00e8ve de la cime vers les racines, conduisant \u00e0 la mort de ces derni\u00e8res et ensuite de l\u2019arbre.<\/p>\n

Les chercheurs d\u2019Alellyx ne poss\u00e8dent pas encore tous les \u00e9l\u00e9ments d\u00e9finitifs et escompt\u00e9s, mais ils se r\u00e9jouissent quand m\u00eame de la publication de cet article qui marque une \u00e9tape importante de l\u2019histoire de l\u2019entreprise. Cette \u00e9tude de dix pages, publi\u00e9e dans une revue internationale de virologie de premier plan Journal of Virology<\/em>, indique qu\u2019il est possible de concilier la mise au point de produits et la recherche de pointe, comme le pr\u00e9tendent les cinq fondateurs de l\u2019entreprise, tous sp\u00e9cialistes en biologie mol\u00e9culaire et en bioinformatique et qui ont adopt\u00e9 la m\u00eame rigueur scientifique utilis\u00e9e dans leurs universit\u00e9s respectives. \u201cAlellyx fait partie d\u2019un contexte d\u2019initiatives fructueuses en g\u00e9nomique\u201d, d\u00e9clare Jos\u00e9 Fernando Perez, directeur scientifique de la FAPESP. \u201cLe Programme G\u00e9nome FAPESP a toujours eu pour objectif la formation de ressources humaines hautement qualifi\u00e9es tant pour la propre recherche que pour la cr\u00e9ation d\u2019entreprises.\u201d<\/p>\n

L\u2019article sur le virus a \u00e9t\u00e9 r\u00e9dig\u00e9 par des professionnels de grande valeur, dans une des rares entreprises br\u00e9siliennes travaillant sur la g\u00e9nomique des plantes. Parmi les 26 personnes qui ont sign\u00e9 cette \u00e9tude, se trouvent deux professeurs universitaires, Fernando Reinach, pr\u00e9sident d\u2019Alellyx et directeur ex\u00e9cutif de l\u2019entreprise Votorantim Novos Neg\u00f3cios, \u00e9loign\u00e9 temporairement de l\u2019universit\u00e9 de S\u00e3o Paulo (USP) et J\u00e9sus Aparecido Ferro qui s\u2019est \u00e9loign\u00e9 pour quelques temps des laboratoires de l\u2019universit\u00e9 d\u2019\u00c9tat Pauliste (Unesp) \u00e0 Jaboticabal pour se consacrer \u00e0 l\u2019entreprise dont il est associ\u00e9. Paulo Arruda travaille \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 d\u2019\u00c9tat de Campinas (Unicamp), mais il y est moins actif qu\u2019avant, alors qu\u2019Ana Cl\u00e1udia Rasera da Silva, qui devait \u00e9lever ses deux filles Amanda et Mariana \u00e2g\u00e9es de 5 et 2 ans, a d\u00fb choisir et a d\u00e9cid\u00e9 de quitter l\u2019USP. \u201cJe n\u2019avais plus le temps de tout faire correctement \u201d, d\u00e9clare-t-elle.<\/p>\n

L\u2019\u00e9quipe qui a travaill\u00e9 sur ce virus pendant deux ans et demi est \u00e9galement constitu\u00e9e de dix docteurs en biologie, de quatre chercheurs ayant leur ma\u00eetrise et de 12 \u00e9tudiants universitaires en biologie. \u201cCe travail a \u00e9t\u00e9 enti\u00e8rement financ\u00e9 par le secteur priv\u00e9, mais il n\u2019a \u00e9t\u00e9 rendu possible que gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019universit\u00e9 publique qui a form\u00e9 ce personnel \u201d, d\u00e9clare Reinach. L\u2019\u00e9quipe comprend \u00e9galement deux virologues qui poss\u00e8dent une large exp\u00e9rience et qui ont travaill\u00e9 en tant que consultants. Il s\u2019agit de l\u2019isra\u00e9lien Mosh\u00e9 Bar-Joseph, qui travaille actuellement au sein de l\u2019Organisation de la Recherche Agricole en Isra\u00ebl et d\u2019Elliot Kitajima de l\u2019\u00c9cole Sup\u00e9rieure d\u2019Agronomie Luiz de Queiroz (Esalq) de l\u2019USP, une des plus grandes autorit\u00e9s br\u00e9siliennes en mati\u00e8re de virologie des plantes.<\/p>\n

Production limit\u00e9e
\n<\/strong>Il est assez rare que des entreprises priv\u00e9es br\u00e9siliennes divulguent les r\u00e9sultats de leurs recherches dans des revues scientifiques. G\u00e9n\u00e9ralement, les techniciens, les biologistes, les ing\u00e9nieurs agricoles ou les v\u00e9t\u00e9rinaires qui travaillent au sein de ces entreprises ont le droit divulguer leurs d\u00e9couvertes dans des revues sp\u00e9cialis\u00e9es. Toutefois on ne les encourage pas \u00e0 le faire car s\u2019agissant principalement de recherches concernant un produit qui sera vendu ou brevet\u00e9, elles doivent dans un premier temps \u00eatre tenues secr\u00e8tes.<\/p>\n

Les centres de recherches travaillant pour diff\u00e9rentes entreprises enrichissent facilement les bases de donn\u00e9es des publications scientifiques. C\u2019est le cas du Fonds de D\u00e9fense de la Culture des Agrumes (Fundecitrus), une association de producteurs d\u2019agrumes et d\u2019entreprises de traitement d\u2019agrumes dont les sp\u00e9cialistes ont d\u00e9j\u00e0 publi\u00e9 51 articles scientifiques (33 nationaux et 18 internationaux) ces cinq derni\u00e8res ann\u00e9es, seuls ou en collaboration avec d\u2019autres centres de recherche. L\u2019\u00e9quipe du Centre de Technologie de la Canne \u00e0 Sucre (CTC) \u00e0 Piracicaba, contr\u00f4l\u00e9e par la Coop\u00e9rative des Producteurs de Canne \u00e0 Sucre et d\u2019Alcool de l\u2019\u00c9tat de S\u00e3o Paulo (Copersucar), a publi\u00e9 un article dans une revue internationale et a particip\u00e9 \u00e0 six \u00e9tudes publi\u00e9es dans des revues br\u00e9siliennes durant ces trois derni\u00e8res ann\u00e9es.<\/p>\n

\"Le

ELLIOT KITAJIMA\/USP<\/span><\/a> Le virus CSDaV (sph\u00e8res plus grandes<\/em>) grossi 22.700 fois: jusqu\u2019\u00e0 pr\u00e9sent, responsable probable de la mort subite ses agrumesELLIOT KITAJIMA\/USP<\/span><\/p><\/div>\n

Les articles scientifiques sign\u00e9s par des chercheurs d\u2019entreprises sont encore rares. Lors d\u2019une recherche non exhaustive sur le PubMed, banque d\u2019articles contr\u00f4l\u00e9e par les Instituts Nationaux de la Sant\u00e9 (NIH) nord-am\u00e9ricains, on ne trouve qu\u2019un seul article provenant d\u2019une entreprise br\u00e9silienne, sign\u00e9 par l\u2019\u00e9quipe de l\u2019entreprise Natura<\/em> Inova\u00e7\u00e3o e Tecnologia de Produtos<\/em> (Nature, Innovation et Technologie de Produits), outre celui d\u2019Alellyx. Cet article qui a \u00e9t\u00e9 publi\u00e9 l\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re dans la revue Journal of Cosmetic Science, pr\u00e9sente une m\u00e9thode alternative pour calculer les dommages caus\u00e9s aux cheveux par l\u2019utilisation continue de brosses \u00e0 cheveux. La situation est identique dans la banque de donn\u00e9es du Scielo qui regroupe les meilleurs articles scientifiques publi\u00e9s au Br\u00e9sil. L\u2019entreprise Vall\u00e9e de l\u2019\u00e9tat de Minas Gerais, qui fabrique des m\u00e9dicaments \u00e0 usage v\u00e9t\u00e9rinaire, a publi\u00e9 deux articles dont l\u2019un \u00e9crit en collaboration avec l\u2019USP et l\u2019Institut Pasteur de S\u00e3o Paulo. L\u2019entreprise Biobr\u00e1s, achet\u00e9e en 2002 par l\u2019entreprise danoise Novo Nordisk et qui est l\u2019unique producteur br\u00e9silien d\u2019insuline, a \u00e9galement publi\u00e9 deux travaux r\u00e9alis\u00e9s en collaboration avec d\u2019autres groupes de recherche.<\/p>\n

Brevets
\n<\/strong>La publication de cet article sur le virus est une \u00e9tape de plus dans la strat\u00e9gie \u00e9labor\u00e9e par Reinach. Ce dernier avait d\u00e9j\u00e0 particip\u00e9 \u00e0 la coordination du s\u00e9quencement et \u00e0 l\u2019analyse de g\u00e9nomes de bact\u00e9ries qui attaquent les plantes et parrain\u00e9s par la FAPESP, avant d\u2019obtenir pr\u00e8s de 30 millions de r\u00e9aux de l\u2019entreprise Votorantim afin de cr\u00e9er l\u2019entreprise Alellyx en mars 2002. D\u00e8s le d\u00e9but, Reinach a exig\u00e9 que les d\u00e9couvertes faites par son \u00e9quipe d\u00e9bouchent tout d\u2019abord sur des brevets, essentiels pour le d\u00e9veloppement de produits innovateurs et qu\u2019ensuite ces r\u00e9sultats soient publi\u00e9s afin de renforcer la cr\u00e9dibilit\u00e9 de l\u2019entreprise aupr\u00e8s d\u2019une communaut\u00e9 scientifique exigeante.<\/p>\n

Les s\u00e9quences du g\u00e9nome du virus ont fait l\u2019objet de trois brevets conc\u00e9d\u00e9s en septembre 2003 par le gouvernement nord-am\u00e9ricain \u00e0 Walter Maccheroni et Ana Claudia Rasera da Silva qui sont les deux principaux auteurs de l\u2019article publi\u00e9 dans la revue Journal of Virology. Ces s\u00e9quences de g\u00e8nes ont permis d\u2019identifier le virus CSDaV gr\u00e2ce \u00e0 deux types de tests, un mol\u00e9culaire et l\u2019autre avec des anticorps, en utilisant \u00e9galement les mol\u00e9cules de rev\u00eatement du virus sur des plantes r\u00e9sistantes \u00e0 la mort subite. \u201cComme ces d\u00e9couvertes sont prot\u00e9g\u00e9es par des brevets, plus personne ne peut r\u00e9aliser de tests diagnostics bas\u00e9s sur ces s\u00e9quences d\u2019ici vingt ans\u201d, d\u00e9clare Reinach.<\/p>\n

L\u2019entreprise Alellyx r\u00e9alise d\u00e9j\u00e0 des centaines de tests par jour, principalement pour contr\u00f4ler la sant\u00e9 des arbres fruitiers des nouveaux vergers. \u201cNous offrons d\u00e9j\u00e0 nos services aux grands producteurs d\u2019agrumes qui cultivent un quart du total des orangers de l\u2019\u00e9tat de S\u00e3o Paulo \u201d, d\u00e9clare Reinach. Ces tests de diagnostic, d\u00e9velopp\u00e9s tout d\u2019abord pour r\u00e9pondre aux besoins des chercheurs de l\u2019entreprise, peuvent m\u00eame indiquer l\u2019endroit o\u00f9 la maladie pourrait appara\u00eetre car ils d\u00e9tectent \u00e9galement des signaux du virus CSDaV dans les insectes vecteurs, comme les vari\u00e9t\u00e9s de pucerons Aphis spiraecola<\/em> et Aphis gossypii<\/em>. C\u2019est ainsi que ce type de test, d\u00e9velopp\u00e9 actuellement par d\u2019autres centres de recherche, peut compl\u00e9ter des mesures pr\u00e9ventives comme l\u2019\u00e9limination des plantes infect\u00e9es avant que les autres ne soient contamin\u00e9es.<\/p>\n

Pour l\u2019entreprise Alellyx, conqu\u00e9rir le march\u00e9 de ce type de test afin de couvrir les investissements r\u00e9alis\u00e9s et qui s\u2019\u00e9l\u00e8vent actuellement \u00e0 pr\u00e8s de 3 millions de r\u00e9aux est une t\u00e2che aussi ardue que la propre identification du virus. Il ne s\u2019agit \u00e9videmment pas d\u2019un produit qui sera utilis\u00e9 \u00e0 grande \u00e9chelle dans les cultures. Pour les producteurs d\u2019oranges qui luttent pour r\u00e9duire leurs co\u00fbts de production et augmenter leurs prix de vente, il est parfois plus \u00e9conomique d\u2019arracher les arbres que l\u2019on suppose infect\u00e9s que d\u2019essayer de savoir s\u2019ils sont r\u00e9ellement atteints par une maladie contre laquelle il n\u2019y a pour l\u2019instant aucun rem\u00e8de. Les diagnostics pr\u00e9coces de la mort subite sont toutefois cruciaux pour le secteur des agrumes qui cultive 200 millions d\u2019orangers, emploie pr\u00e8s de 400 mille personnes et dont les affaires s\u2019\u00e9l\u00e8vent \u00e0 4 milliards de dollars US, conform\u00e9ment \u00e0 une \u00e9tude r\u00e9alis\u00e9e l\u2019ann\u00e9e derni\u00e8re par le programme d\u2019\u00c9tude des Affaires du Syst\u00e8me Agroindustriel (Pensa).<\/p>\n

Mort lente
\n<\/strong>Certains concepts li\u00e9s \u00e0 la mort subite des agrumes ont chang\u00e9 depuis novembre 2002, quand l\u2019\u00e9quipe d\u2019Alellyx a re\u00e7u les premiers \u00e9chantillons de plantes contamin\u00e9es et s\u2019est mise \u00e0 rechercher l\u2019agent contaminateur. On a tout d\u2019abord pens\u00e9 qu\u2019il s\u2019agissait d\u2019une mutation du virus de la Tristeza qui attaque les agrumes, maladie qui a d\u00e9truit 90% des orangers paulistes entre 1939 et 1949. Par la suite des diff\u00e9rences sont apparues et l\u2019\u00e9quipe d\u2019Alellyx a d\u00e9montr\u00e9 que le virus CSDaV est un nouveau membre de la vari\u00e9t\u00e9 Marafivirus <\/em>appartenant \u00e0 la famille des Tymoviridae, alors que le virus de la Tristeza appartient \u00e0 la famille des Closteroviridae. Le fait que les deux puissent agir ensemble n\u2019est cependant pas \u00e9cart\u00e9. On pensait \u00e9galement que cette maladie avancerait dans les vergers \u00e0 raison de 60 kilom\u00e8tres par an, comme cela s\u2019\u00e9tait d\u00e9j\u00e0 produit en 2002 et 2003. En janvier 2004, la maladie avait atteint 1,5 millions d\u2019arbres fruitiers dans 12 communes du sud du Tri\u00e2ngulo Mineiro (\u00e9tat de Minas Gerais) et 436 mille dans 18 communes du nord, nord-ouest et centre de l\u2019\u00e9tat de S\u00e3o Paulo. Mais cette maladie ne s\u2019est pas propag\u00e9e \u00e0 la vitesse que l\u2019on avait imagin\u00e9. \u201cLa mort subite est contenue dans la r\u00e9gion nord de l\u2019\u00e9tat de S\u00e3o Paulo\u201d, d\u00e9clare Marcos Machado du Centre des Agrumes Sylvio Moreira \u00e0 Cordeir\u00f3polis dans le centre de l\u2019\u00e9tat, o\u00f9 sont \u00e9galement men\u00e9es des recherches sur le vecteur et les mani\u00e8res de contr\u00f4ler la maladie. \u201cIl doit y avoir un \u00e9l\u00e9ment environnemental tr\u00e8s fort qui confine la maladie dans ces limites comme le sol, l\u2019eau ou le climat.\u201d Dans une \u00e9tude publi\u00e9e dans la revue Vis\u00e3o<\/em> Agr\u00edcola,<\/em> Waldir Cintra de J\u00e9sus Junior et Renato Beozzo Bossanezi de Fundecitrus, et Armando Bergamin Filho de l\u2019USP, indiquent que la vitesse de propagation peut \u00e9galement \u00eatre r\u00e9duite ou acc\u00e9l\u00e9r\u00e9e en fonction de la concentration des vergers, l\u2019\u00e9radication des plantes infect\u00e9es, le contr\u00f4le des insectes vecteurs ou le transport de pousses contamin\u00e9es.<\/p>\n

On sait d\u00e8s \u00e0 pr\u00e9sent comment contenir la maladie en greffant la vari\u00e9t\u00e9 d\u2019orange que l\u2019on souhaite cultiver sur une plante r\u00e9sistante, bien que les alternatives les plus efficaces exigent l\u2019adoption de mesures compl\u00e9mentaires et plus on\u00e9reuses comme l\u2019irrigation. Les attentions se tournent actuellement vers une autre maladie, la greening<\/em> ou huanglongbing<\/em> (HBL). Cette maladie, d\u00e9tect\u00e9e en mars 2004, a d\u00e9j\u00e0 infect\u00e9 pr\u00e8s de 400 mille orangers dans 46 communes de la r\u00e9gion centrale de l\u2019\u00e9tat de S\u00e3o Paulo. Comme elle attaque la cime des arbres, le seul moyen de la contenir est d\u2019\u00e9liminer les arbres affect\u00e9s, comme cela se fait d\u00e9j\u00e0 pour le chancre citrique. Une nouvelle loi qui sera probablement approuv\u00e9e dans quelques semaines permettra aux inspecteurs sanitaires du gouvernement d\u2019arracher les arbres contamin\u00e9s.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Une \u00e9quipe de l\u2019entreprise Alellyx d\u00e9crit avec pr\u00e9cision un virus li\u00e9 \u00e0 la mort subite des agrumes","protected":false},"author":17,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[78],"tags":[],"coauthors":[5968],"class_list":["post-236439","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-politica"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/236439","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/17"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=236439"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/236439\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=236439"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=236439"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=236439"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=236439"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}