{"id":281979,"date":"2019-04-09T18:27:28","date_gmt":"2019-04-09T21:27:28","guid":{"rendered":"http:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/?p=281979"},"modified":"2019-04-15T16:53:53","modified_gmt":"2019-04-15T19:53:53","slug":"par-dela-les-frontieres","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/par-dela-les-frontieres\/","title":{"rendered":"Par-del\u00e0 les fronti\u00e8res"},"content":{"rendered":"

Le virus Zika est arriv\u00e9 dans le Nordeste br\u00e9silien un an et demi avant d\u2019\u00eatre d\u00e9clar\u00e9 ennemi public num\u00e9ro un selon deux articles publi\u00e9s par 2 groupes de recherche le 24 juin dans la revue Nature<\/em>. Le virus s\u2019est r\u00e9pandu rapidement, tirant parti des moustiques Aedes aegypti<\/em> et d\u2019une population humaine immunologiquement d\u00e9munie contre celui-ci, et dont les sympt\u00f4mes se confondaient avec ceux de la dengue et du chikungunya. Les chercheurs ont travaill\u00e9 en parall\u00e8le, avec des moyens diff\u00e9rents et l\u2019objectif commun d\u2019accompagner l\u2019\u00e9volution du g\u00e9nome viral, autant pour le comprendre que pour pr\u00e9dire les \u00e9pid\u00e9mies et actualiser constamment les m\u00e9thodes de diagnostic.<\/p>\n

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Une partie des r\u00e9sultats a \u00e9t\u00e9 obtenue dans le cadre du projet ZiBRA (Zika au Br\u00e9sil Analyse en Temps R\u00e9el). Un groupe international m\u00e8ne des recherches sur la trajectoire du virus Zika depuis qu\u2019il est apparu au Br\u00e9sil et a commenc\u00e9 \u00e0 se r\u00e9pandre dans les Am\u00e9riques \u00e0 bord d\u2019un laboratoire mobile \u00e9quip\u00e9 d\u2019une technologie de s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique qui tient dans la paume de la main. Le s\u00e9quen\u00e7age complet du g\u00e9nome a \u00e9t\u00e9 mis \u00e0 la disposition d\u2019autres groupes de recherche, \u00e9largissant ainsi la port\u00e9e de leur travail. \u00ab\u00a0La combinaison de donn\u00e9es \u00e9pid\u00e9miologiques et g\u00e9n\u00e9tiques nous a permis de d\u00e9couvrir que le virus Zika s\u2019est r\u00e9pandu de mani\u00e8re silencieuse pendant plus d\u2019un an dans les Am\u00e9riques avant d\u2019\u00eatre identifi\u00e9 pour la premi\u00e8re fois en mai 2015\u00a0\u00bb, d\u00e9clare le m\u00e9decin biologiste portugais Nuno Faria, de l\u2019Universit\u00e9 d\u2019Oxford, au Royaume-Uni, et premier auteur de l\u2019article qui d\u00e9crit les r\u00e9sultats du contr\u00f4le \u00e9pid\u00e9miologique r\u00e9alis\u00e9 en 2016.<\/p>\n

D\u2019apr\u00e8s Nuno Faria, le virus a \u00e9t\u00e9 introduit dans le Nordeste br\u00e9silien en f\u00e9vrier 2014. Il est probable qu\u2019il y ait eu cette ann\u00e9e-l\u00e0 une transmission \u00e0 partir de cette r\u00e9gion, mais de mani\u00e8re peu accentu\u00e9e. \u00ab\u00a0La grande \u00e9pid\u00e9mie s\u2019est d\u00e9clar\u00e9e probablement en 2015, simultan\u00e9ment \u00e0 celle de la dengue. Le Zika se serait en premier lieu r\u00e9pandu du Nordeste vers la r\u00e9gion Sudeste du Br\u00e9sil (tout d\u2019abord Rio de Janeiro) et \u00e9galement vers les Cara\u00efbes et d\u2019autres pays d\u2019Am\u00e9rique du Sud et d\u2019Am\u00e9rique Centrale, pour ensuite arriver en Floride\u00a0\u00bb, raconte-t-il.<\/p>\n

Un laboratoire install\u00e9 dans un autobus s\u2019est rendu dans les \u00e9tats du Rio Grande do Norte, de Para\u00edba, du Pernambouc et d\u2019Alagoas en 2016<\/p><\/blockquote>\n

Les conclusions du Projet ZiBRA se basent sur l\u2019analyse de 254 g\u00e9nomes complets du pathog\u00e8ne (54 de ceux-ci s\u00e9quenc\u00e9s dans l\u2019\u00e9tude publi\u00e9e par la revue Nature<\/em>). La plupart de ces nouvelles donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques ont \u00e9t\u00e9 obtenues \u00e0 l\u2019aide d\u2019un s\u00e9quenceur portable qui p\u00e8se moins de 100 grammes, appel\u00e9 MinION et fabriqu\u00e9 par Oxford Nanopore Technologies. Les protocoles utilis\u00e9s pour le s\u00e9quen\u00e7age du virus Zika ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9s dans le cadre du projet ZiBRA et ont fait l\u2019objet d\u2019un second article publi\u00e9 le m\u00eame jour dans la revue Nature Protocols<\/em>. Cette m\u00e9thode a \u00e9t\u00e9 appliqu\u00e9e \u00e0 l\u2019Institut de M\u00e9decine Tropicale de S\u00e3o Paulo de l\u2019Universit\u00e9 de S\u00e3o Paulo (IMT-USP), sous la coordination de l\u2019\u00e9pid\u00e9miologiste Ester Sabino en partenariat avec des collaborateurs de l\u2019Universit\u00e9 de Birmingham, au Royaume-Uni. \u00ab Notre stagiaire Ingra Claro testait les \u00e9chantillons conform\u00e9ment aux instructions de Joshua Quick, premier auteur de l\u2019article sur cette m\u00e9thode, pour obtenir une quantit\u00e9 suffisante d\u2019ARN du virus\u00a0\u00bb, explique Ester Sabino.<\/p>\n

Plus le nombre de s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9r\u00e9es est grand, plus il est facile de comprendre \u00e0 quel moment le virus est entr\u00e9 dans le pays, sa distribution sur le continent, et principalement comment il a \u00e9volu\u00e9. Cette analyse a \u00e9t\u00e9 rendue possible gr\u00e2ce \u00e0 une technique appel\u00e9e horloge mol\u00e9culaire qui analyse le nombre de modifications dans certains g\u00e8nes. Le taux de ces modifications est relativement constant et les g\u00e8nes fonctionnent comme des chronom\u00e8tres en indiquant le temps de divergence entre des isolats viraux.<\/p>\n

Laboratoire itin\u00e9rant<\/strong>
\n\u00ab\u00a0L\u2019id\u00e9e du projet est apparue en 2016, quand une partie du groupe a publi\u00e9 dans la revue Science<\/em> les premi\u00e8res d\u00e9couvertes \u00e9pid\u00e9miologiques et g\u00e9n\u00e9tiques du virus Zika dans les Am\u00e9riques. Nous avions s\u00e9quenc\u00e9 sept isolats viraux, mais le nombre d\u2019\u00e9chantillons \u00e9tait insuffisant pour avoir une meilleure notion de la diversit\u00e9 du virus sur le continent\u00a0\u00bb, d\u00e9clare le g\u00e9n\u00e9ticien Luiz Carlos Alc\u00e2ntara, de la Fondation Oswaldo Cruz (Fiocruz) \u00e0 Bahia.<\/p>\n

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Ricardo Funari<\/span><\/a> Jaqueline Goes de Jesus, de la Fiocruz, et Nuno Faria utilisent le MinION au cours d\u2019un contr\u00f4le \u00e0 Jo\u00e3o Pessoa, Para\u00edbaRicardo Funari<\/span><\/p><\/div>\n

Le projet ZiBRA a \u00e9t\u00e9 approuv\u00e9 dans un appel \u00e0 propositions lanc\u00e9 conjointement par les agences de d\u00e9veloppement britanniques Medical Research Council, Newton Fund et Wellcome Trust. Les chercheurs qui y ont particip\u00e9 \u00e9manaient d\u2019institutions comme la Fiocruz, l\u2019Institut Evandro Chagas, le minist\u00e8re de la Sant\u00e9, l\u2019USP et les universit\u00e9s de Birmingham et d\u2019Oxford.<\/p>\n

Un laboratoire install\u00e9 dans un autobus s\u2019est rendu dans les Laboratoires Centraux de Sant\u00e9 Publique (Lacen) des \u00e9tats du Rio Grande do Norte, de Para\u00edba, de Pernambouc et d\u2019Alagoas au cours de l\u2019ann\u00e9e 2016. Carlos Alc\u00e2ntara, Nuno Faria et Ester Cerdeira Sabino ont \u00e9galement coordonn\u00e9 les travaux des chercheurs Nicholas Loman, de l\u2019Universit\u00e9 de Birmingham, Oliver Pybus, de l\u2019Universit\u00e9 d\u2019Oxford, et Marcio Nunes, de l\u2019Institut Evandro Chagas dans l\u2019\u00e9tat du Par\u00e1. \u00ab\u00a0Dans chaque Lacen, nous avons analys\u00e9 entre 300 et 400 \u00e9chantillons de sang de patients soup\u00e7onn\u00e9s d\u2019avoir contract\u00e9 le virus Zika, effectuant un total de 1 330 examens. Nous avons r\u00e9alis\u00e9 le diagnostic en temps r\u00e9el et quand les analyses \u00e9taient positives, nous avons s\u00e9quenc\u00e9 le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique du vi-rus \u00bb, d\u00e9clare Carlos Alc\u00e2ntara.<\/p>\n

Le groupe a \u00e9galement analys\u00e9 des \u00e9chantillons des r\u00e9gions Sudeste et du Tocantins avec le soutien des laboratoires fixes de la Fiocruz de Bahia, \u00e0 Salvador, et de l\u2019IMT, de S\u00e3o Paulo. Des Chercheurs ont s\u00e9quenc\u00e9 aux \u00c9tats-Unis les g\u00e9nomes de quatre isolats viraux mexicains et cinq colombiens. \u00ab\u00a0Les analyses ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 que le virus d\u00e9couvert dans les diff\u00e9rentes r\u00e9gions br\u00e9siliennes et les voisins latino-am\u00e9ricains ne pr\u00e9sentait pas encore une grande diversit\u00e9 jusqu\u2019en 2016\u00a0\u00bb, explique Carlos Alc\u00e2ntara.<\/p>\n

Les risques de surprise diminuent pour les chercheurs gr\u00e2ce \u00e0 la veille g\u00e9n\u00e9tique et aux r\u00e9seaux collaboratifs<\/p><\/blockquote>\n

D\u2019apr\u00e8s le chercheur, le virus originaire d\u2019Afrique est arriv\u00e9 en Asie peu avant 2017 quand il a caus\u00e9 la premi\u00e8re \u00e9pid\u00e9mie en Micron\u00e9sie. D\u2019autres \u00e9pid\u00e9mies ont ensuite \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9es aux Philippines en 2012 et en Polyn\u00e9sie Fran\u00e7aise en 2013 et 2014. Il est ensuite arriv\u00e9 au Br\u00e9sil o\u00f9, jusqu\u2019\u00e0 pr\u00e9sent, le plus grand nombre de cas a \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9 (plus de 200 mille en d\u00e9cembre 2016). \u00ab, Le virus s\u2019est \u00e9norm\u00e9ment modifi\u00e9 apr\u00e8s \u00eatre sorti du continent africain. La diversit\u00e9 du virus sera probablement beaucoup plus grande dans les Am\u00e9riques d\u2019ici 7 \u00e0 10 ans. Il nous faut effectuer une veille g\u00e9nomique afin d\u2019\u00eatre pr\u00eat si une nouvelle \u00e9pid\u00e9mie se manifestait\u00a0\u00bb, recommande Carlos Alc\u00e2ntara.<\/p>\n

Les chercheurs du ZiBRA, outre l\u2019assistance apport\u00e9e aux Lacen dans le diagnostic de centaines de cas suspects, ont form\u00e9 des \u00e9quipes pour effectuer une veille g\u00e9nomique avec le MinION. La deuxi\u00e8me \u00e9tape du projet qui vient de commencer consistera \u00e0 surveiller le virus de la dengue, du chikungunya et de la fi\u00e8vre jaune, outre le virus Zika. \u00ab\u00a0Nous avons mont\u00e9 un laboratoire fixe \u00e0 Manaus pour analyser les \u00e9chantillons des Lacen des \u00e9tats de l\u2019Amap\u00e1, de l\u2019Acre, d\u2019Amazonie, de Roraima et de Rond\u00f4nia. Un laboratoire mobile se rendra au mois d\u2019octobre dans la r\u00e9gion Centre-Ouest et en mars 2018 dans la r\u00e9gion Sudeste\u00a0\u00bb, d\u00e9clare Carlos Alc\u00e2ntara.<\/p>\n

Suivi en Laboratoire<\/strong>
\nLe suivi en temps r\u00e9el est \u00e9galement le principal objectif d\u2019un autre groupe international bien que les analyses g\u00e9n\u00e9tiques soient faites dans des laboratoires fixes. Certaines proc\u00e9dures d\u2019analyse sont identiques aux protocoles d\u00e9velopp\u00e9s pour le MinION en utilisant des \u00e9quipements plus puissants. \u00ab\u00a0Il s\u2019agissait d\u2019une approche compl\u00e9mentaire\u00a0\u00bb, explique la g\u00e9n\u00e9ticienne Bronwyn MacInnis, de l\u2019Institut Broad, aux \u00c9tats-Unis. Le travail qu\u2019elle coordonne en partenariat avec son coll\u00e8gue Pardis Sabeti, porte sur le s\u00e9quen\u00e7age de 110 g\u00e9nomes du virus Zika pr\u00e9lev\u00e9s dans 10 pays. Les conclusions similaires obtenues par des voies diff\u00e9rentes ont renforc\u00e9 les interpr\u00e9tations des deux \u00e9quipes et permis de valider les nouvelles techniques de s\u00e9quen\u00e7age, ouvrant de nouvelles possibilit\u00e9s en mati\u00e8re de contr\u00f4le \u00e9pid\u00e9miologique.<\/p>\n

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Ricardo Funari<\/span><\/a> Marta Giovanetti, de la Fiocruz, pr\u00e9pare le s\u00e9quen\u00e7age et les moustiques captur\u00e9s en ville sont examin\u00e9sRicardo Funari<\/span><\/p><\/div>\n

La faible charge virale (vir\u00e9mie), typique de l\u2019infection par le virus Zika a \u00e9t\u00e9 l\u2019une des principales difficult\u00e9s rencontr\u00e9es par les 2 groupes. \u00ab\u00a0Quand le patient vient chercher de l\u2019aide l\u2019infection a d\u00e9j\u00e0 diminu\u00e9 \u00bb, explique Bronwyn MacInnis. Lors d\u2019une pr\u00e9c\u00e9dente exp\u00e9rience durant l\u2019\u00e9pid\u00e9mie du virus \u00c9bola en Afrique en 2015, il a d\u00e9couvert entre mille et 10 mille copies virales suppl\u00e9mentaires dans les \u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s chez les malades. Bien que cette \u00e9pid\u00e9mie soit diff\u00e9rente, ce fut une premi\u00e8re \u00e9tape pour approfondir davantage l\u2019\u00e9tude de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie sans qu\u2019ils n\u2019aient le temps de reprendre leur souffle\u00a0\u00bb. \u00ab\u00a0C\u2019\u00e9tait la premi\u00e8re fois qu\u2019un contr\u00f4le g\u00e9n\u00e9tique en temps r\u00e9el d\u2019une \u00e9pid\u00e9mie \u00e9tait r\u00e9alis\u00e9\u00a0\u00bb, raconte-t-il. Avant il fallait pr\u00e9lever les \u00e9chantillons du patient et les cultiver en laboratoire pour obtenir une quantit\u00e9 suffisante de virus. Le probl\u00e8me est que certains \u00e9l\u00e9ments ne prolif\u00e8rent pas dans ces cultures et on perd beaucoup de diversit\u00e9 durant ce processus. La nouveaut\u00e9 r\u00e9side dans des analyses g\u00e9n\u00e9tiques faites directement \u00e0 partir du sang pr\u00e9lev\u00e9 chez les malades en utilisant des techniques pour extraire le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique de l\u2019\u00e9chantillon (ARN, dans le cas du virus Zika).<\/p>\n

Bronwyn MacInnis s\u2019est lanc\u00e9 \u00e0 la recherche de partenaires pour unir leurs connaissances, face \u00e0 la situation d\u2019urgence caus\u00e9e par l\u2019\u00e9pid\u00e9mie au Br\u00e9sil et dans d\u2019autres pays d\u2019Am\u00e9rique du Sud et des Cara\u00efbes. Une collaboration fructueuse a ainsi vu le jour avec Fernando Bozza, Thiago Souza et Patricia Bozza, de la Fiocruz de Rio. \u00ab\u00a0Ils ont r\u00e9ussi \u00e0 comprendre la progression de la maladie et son interaction avec les virus de la dengue et du chikungunya\u00a0\u00bb, raconte-t-il.<\/p>\n

Le groupe carioca avait d\u00e9j\u00e0 acquis une bonne connaissance \u00e9pid\u00e9miologique de la dengue en travaillant dans des h\u00f4pitaux et en effectuant une surveillance syst\u00e9matique de la maladie. Au d\u00e9but, le virus Zika nous a donn\u00e9 beaucoup de travail \u00e0 cause de sa faible vir\u00e9mie\u00a0\u00bb, se souvient Fernando Bozza. Apr\u00e8s avoir d\u00e9couvert un test rapide pour r\u00e9aliser le diagnostic, son groupe a commenc\u00e9 \u00e0 pr\u00e9lever des \u00e9chantillons, cherchant \u00e0 am\u00e9liorer l\u2019extraction de l\u2019ARN par davantage de rigueur lors du pr\u00e9l\u00e8vement et du stockage du mat\u00e9riel.<\/p>\n

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Ricardo Funari<\/span><\/a> Les moustiques captur\u00e9s en ville sont examin\u00e9sRicardo Funari<\/span><\/p><\/div>\n

\u00ab\u00a0La d\u00e9tection tardive du virus apr\u00e8s son entr\u00e9e au Br\u00e9sil renforce l\u2019importance d\u2019un suivi g\u00e9n\u00e9tique de maladies graves d\u00e9j\u00e0 connues sur d\u2019autres continents. Quand nous identifiions le probl\u00e8me, l\u2019\u00e9pid\u00e9mie \u00e9tait d\u00e9j\u00e0 l\u00e0 \u00bb, d\u00e9clare Fernando Bozza. Conna\u00eetre l\u2019\u00e9volution du virus et b\u00e9n\u00e9ficier de techniques de surveillance peuvent permettre aux chercheurs de d\u00e9velopper des strat\u00e9gies pour d\u00e9tecter les maladies plus rapidement.<\/p>\n

Les donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques indiquent que plusieurs mois se sont pass\u00e9s entre l\u2019arriv\u00e9e du virus et la d\u00e9tection des premiers cas \u00e0 Porto Rico, au Honduras, en Colombie et dans la zone qui inclut les Cara\u00efbes et les \u00c9tats-Unis. La propagation discr\u00e8te a permis au virus Zika d\u2019arriver aux \u00c9tats-Unis \u00e0 partir des Cara\u00efbes, comme le montre un quatri\u00e8me article publi\u00e9 le m\u00eame jour dans la revue Nature<\/em>. Dans ce pays, seule la Floride poss\u00e9dait les conditions climatiques favorables \u00e0 l\u2019Aedes aegypti<\/em> durant toute l\u2019ann\u00e9e, permettant ainsi sa diss\u00e9mination. C\u2019est pour cela que la maladie s\u2019est limit\u00e9e \u00e0 cet \u00e9tat, surtout dans la r\u00e9gion de Miami qui est la destination d\u2019un grand nombre de visiteurs \u00e9trangers. \u00ab\u00a0Le virus a \u00e9t\u00e9 introduit plusieurs fois, cela n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 un \u00e9v\u00e8nement isol\u00e9\u00a0\u00bb, affirme Bronwyn MacInnis, coauteure du travail. \u00ab\u00a0Savoir comment cela s\u2019est produit est important pour que nous puissions coordonner nos efforts pour contr\u00f4ler le vecteur et prot\u00e9ger les points d\u2019entr\u00e9e\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Elle sait bien que d\u2019autres \u00e9pid\u00e9mies surgiront malgr\u00e9 la tr\u00eave avant le d\u00e9but de l\u2019\u00e9t\u00e9 en Floride. Pour le moment le virus Zika garde une part de myst\u00e8re et sa propagation a \u00e9t\u00e9 plus faible que pr\u00e9vue l\u2019\u00e9t\u00e9 dernier au Br\u00e9sil. \u00ab\u00a0Nous allons continuer notre surveillance pour comprendre comment le virus progresse\u00a0\u00bb, affirme Ester Sabino, dont le groupe a r\u00e9alis\u00e9 un suivi d\u2019\u00e9chantillons de sang fournis par quatre grands centres de transfusion sanguine de S\u00e3o Paulo. \u00ab\u00a0Nous sommes en train d\u2019apprendre \u00e0 cr\u00e9er des groupes de recherche capables de r\u00e9pondre rapidement \u00e0 une situation d\u2019urgence\u00a0\u00bb. \u00ab\u00a0Pour les chercheurs, les risques d\u2019\u00eatre pris de surprise diminuent gr\u00e2ce aux connaissances acquises en mati\u00e8re de veille g\u00e9n\u00e9tique et aux r\u00e9seaux collaboratifs. Les publications concomitantes soulignent que ce partenariat entre sp\u00e9cialistes dans des domaines divers est essentiel pour faire face aux \u00e9pid\u00e9mies. C\u2019est pour cette raison que les deux groupes qui travaillent en parall\u00e8le sont toujours \u00e0 pieds d\u2019\u0153uvre. \u00ab\u00a0Nous restons en contact et nous comparons nos r\u00e9sultats durant le processus de recherche\u00a0\u00bb, d\u00e9clare Bronwyn MacInnis.<\/p>\n

Projet<\/strong>
\nCaract\u00e9risation du virus de la dengue par l\u2019analyse du g\u00e9nome viral complet dans des \u00e9chantillons de donneurs et de r\u00e9cepteurs de sang dans les \u00e9tats du Pernambouc et Rio de Janeiro (n\u00ba 12\/03417-7<\/a>) ; Modalit\u00e9<\/strong> Bourse de Doctorat ; Chercheur Responsable<\/strong> Ester Cerdeira Sabino (USP) ; Boursier<\/strong> Antonio Charlys da Costa ; Investissement<\/strong> 145 246,14 R$<\/p>\n

Articles Scientifiques<\/strong>
\nFARIA, N. R. et al<\/em>. Establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas<\/a>. Nature<\/strong>. 24 mai 2017.
\nGRUBAUGH, N. D. et al<\/em>. Genomic epidemiology reveals multiple introductions of Zika virus into the United States<\/a>. Nature<\/strong>. 24 mai 2017.
\nMETSKY, H. C. et al<\/em>. Zika virus evolution and spread in the Americas<\/a>. Nature<\/strong>. 24 mai 2017.
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