{"id":554309,"date":"2025-06-11T11:58:42","date_gmt":"2025-06-11T14:58:42","guid":{"rendered":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/?p=554309"},"modified":"2025-06-11T13:41:07","modified_gmt":"2025-06-11T16:41:07","slug":"pari-sur-les-cafes-sauvages","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/pari-sur-les-cafes-sauvages\/","title":{"rendered":"Pari sur les caf\u00e9s sauvages"},"content":{"rendered":"

Des groupes de recherche de S\u00e3o Paulo et de France ont travaill\u00e9 ensemble pour s\u00e9quencer le g\u00e9nome de Coffea arabica<\/em>, l\u2019esp\u00e8ce de caf\u00e9 la plus consomm\u00e9e au monde\u00a0; l\u2019\u00e9tude a \u00e9t\u00e9 d\u00e9crite en avril\u00a02024 dans Nature Genetics<\/em>. D\u00e9sormais, ils se consacrent ensemble \u00e0 une \u00e9tude compl\u00e9mentaire\u00a0: le s\u00e9quen\u00e7age et la comparaison des g\u00e9nomes de 33 esp\u00e8ces sauvages dans un premier temps, \u00e0 la recherche de g\u00e8nes pouvant \u00eatre utilis\u00e9s, par croisement avec des vari\u00e9t\u00e9s commerciales, pour augmenter la r\u00e9sistance \u00e0 un climat de plus en plus chaud et sec.<\/p>\n

Romain Guyot, g\u00e9n\u00e9ticien de l\u2019Institut fran\u00e7ais de recherche pour le d\u00e9veloppement (IRD) a d\u00e9clar\u00e9 \u00e0 la revue Pesquisa FAPESP<\/em>\u00a0: \u00ab\u00a0Les deux esp\u00e8ces cultiv\u00e9es de caf\u00e9, C. arabica <\/em>et C. canephora<\/em>, sont de plus en plus affect\u00e9es par le changement climatique\u00a0\u00bb. Le chercheur est responsable de la partie fran\u00e7aise du projet Bridges Coffea<\/em>, un projet qui a pu voir le jour gr\u00e2ce \u00e0 un accord de coop\u00e9ration entre la FAPESP et l\u2019Agence nationale de la recherche (ANR). \u00ab\u00a0On estime qu\u2019au cours des 30 prochaines ann\u00e9es, jusqu\u2019\u00e0 50\u00a0% des zones actuelles de culture du caf\u00e9 pourront devenir impropres \u00e0 la plantation\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Gr\u00e2ce \u00e0 ce travail conjoint, le coordinateur du projet au Br\u00e9sil, le g\u00e9n\u00e9ticien Douglas Silva Domingues de l\u2019\u00c9cole sup\u00e9rieure d\u2019agriculture Luiz de Queiroz de l\u2019Universit\u00e9 de S\u00e3o Paulo (Esalq-USP), a re\u00e7u en octobre\u00a02024 les donn\u00e9es des partenaires fran\u00e7ais et a commenc\u00e9 \u00e0 analyser les g\u00e9nomes de trois esp\u00e8ces sauvages. Les \u00e9chantillons proviennent d\u2019Afrique parce que la l\u00e9gislation permet un pr\u00e9l\u00e8vement plus facile qu\u2019au Br\u00e9sil. L\u2019Institut agronomique de Campinas (IAC), qui participe \u00e0 la recherche, conserve des sp\u00e9cimens de ces esp\u00e8ces qui n\u2019ont pas encore \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9es et les utilise depuis les ann\u00e9es 1950 dans des programmes classiques d\u2019am\u00e9lioration g\u00e9n\u00e9tique, en croisant diff\u00e9rentes esp\u00e8ces \u2013 un travail qui, pour chaque nouvelle vari\u00e9t\u00e9, peut prendre des d\u00e9cennies. \u00ab\u00a0Ce que nous voulons savoir, c\u2019est quels g\u00e8nes ont \u00e9t\u00e9 ou pourraient \u00eatre utilis\u00e9s pour am\u00e9liorer la qualit\u00e9 et la r\u00e9sistance aux maladies\u00a0\u00bb, explique Domingues.<\/p>\n

\"\"

Wild Coffea<\/em> Species Database<\/span>C. liberica<\/em> (\u00e0 gauche<\/em>) et C. humblotiana<\/em> (\u00e0 droite<\/em>): des vari\u00e9t\u00e9s sauvages \u00e0 s\u00e9quencerWild Coffea<\/em> Species Database<\/span><\/p><\/div>\n

L\u2019une de ces esp\u00e8ces, C. racemosa<\/em>, r\u00e9siste \u00e0 l\u2019un des principaux fl\u00e9aux des caf\u00e9iers, l\u2019insecte connu sous le nom de mineuse des feuilles de caf\u00e9ier (Leucoptera coffeella<\/em>)\u00a0; elle a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e \u00e0 l\u2019IAC pour produire un hybride capable de survivre \u00e0 la maladie. La C. ramosa<\/em> est \u00e9galement int\u00e9ressante pour une autre raison\u00a0: elle contient moins de la moiti\u00e9 des teneurs en caf\u00e9ine de la C. arabica<\/em> et un quart de celle de la C. canephora<\/em>. Une autre esp\u00e8ce, C. liberica<\/em>, est r\u00e9sistante \u00e0 la rouille, une maladie d\u00e9vastatrice caus\u00e9e par le champignon Hemileia vastatrix<\/em>. Elle produit de gros grains, de la taille d\u2019une cerise, et a fait l\u2019objet d\u2019une attention particuli\u00e8re dans les programmes d\u2019am\u00e9lioration en Asie parce qu\u2019elle n\u00e9cessite peu de soins une fois plant\u00e9e.<\/p>\n

\u00c0 l\u2019inverse, la troisi\u00e8me esp\u00e8ce, C. stenophylla<\/em>, produit des grains petits et en faible quantit\u00e9, mais elle r\u00e9siste bien aux temp\u00e9ratures \u00e9lev\u00e9es et \u00e0 la s\u00e9cheresse. Domingues pense que la C. stenophylla<\/em> pourrait aussi \u00eatre utilis\u00e9e parce que son go\u00fbt est plus proche de celui de la C. arabica<\/em> de haute qualit\u00e9\u00a0: \u00ab\u00a0Le groupe fran\u00e7ais analyse \u00e9galement d\u2019autres esp\u00e8ces qui ne sont pas pr\u00e9sentes au Br\u00e9sil, comme celles de Madagascar, qui poussent dans des sols sablonneux \u00e0 des temp\u00e9ratures sup\u00e9rieures \u00e0 35 degr\u00e9s Celsius\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Dans son laboratoire, Domingues et la pharmacienne Daisy Sotero Chacon, parcourent 18 fichiers sur l\u2019\u00e9cran de l\u2019ordinateur. Ils s\u00e9lectionnent et regroupent les g\u00e8nes pour savoir d\u2019abord, en fonction de la proportion dans laquelle ils apparaissent, si les g\u00e9nomes sont complets ou s\u2019ils doivent demander plus de lectures.<\/p>\n

Ensuite, la comparaison des g\u00e9nomes ne sera pas simple en raison des diff\u00e9rences de taille entre eux, qui vont de 470\u00a0millions de paires de bases (mpb) \u00e0 900 mpb. Utilis\u00e9e comme support pour les comparaisons parce qu\u2019elle cumule des g\u00e8nes de deux esp\u00e8ces, la C. arabica<\/em> a 1 276 mpb. Le genre Coffea<\/em> comprend environ 140 esp\u00e8ces, dont 66 sont originaires des \u00eeles du sud de l\u2019Afrique. Les esp\u00e8ces sauvages peuvent aussi \u00eatre consomm\u00e9es ou utilis\u00e9es dans des programmes d\u2019am\u00e9lioration g\u00e9n\u00e9tique.<\/p>\n

\"\"

Wild Coffea<\/em> Species Database<\/span>Les fruits de l\u2019esp. Coffea racemosa<\/em>, avec une faible teneur en caf\u00e9ineWild Coffea<\/em> Species Database<\/span><\/p><\/div>\n

D\u2019apr\u00e8s Domingues, \u00ab\u00a0la comparaison des g\u00e9nomes devrait prendre au moins six mois\u00a0\u00bb. Le g\u00e9n\u00e9ticien est all\u00e9 \u00e9tudier en France pour la premi\u00e8re fois en 2006, dans le cadre de son doctorat en g\u00e9n\u00e9tique de la canne \u00e0 sucre au Centre de coop\u00e9ration internationale en recherche agronomique pour le d\u00e9veloppement (Cirad) de Montpellier. En 2011, il a re\u00e7u un courriel de Guyot l\u2019invitant \u00e0 participer \u00e0 des projets de recherche sur la g\u00e9n\u00e9tique du caf\u00e9. L\u2019ann\u00e9e suivante, ils ont obtenu leur premier financement de recherche commune gr\u00e2ce \u00e0 un appel d\u2019offres du gouvernement f\u00e9d\u00e9ral.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Notre point de d\u00e9part est toujours bas\u00e9 sur des d\u00e9fis r\u00e9els au Br\u00e9sil, tels que le changement climatique et son impact sur la production de caf\u00e9\u00a0\u00bb, explique Guyot. \u00ab\u00a0\u00c0 partir de l\u00e0, nous formulons des hypoth\u00e8ses et produisons les donn\u00e9es n\u00e9cessaires pour les tester en collaboration avec des instituts agronomiques. La cl\u00e9 de la r\u00e9ussite d\u2019un projet quel qu\u2019il soit consiste \u00e0 comprendre les d\u00e9fis sp\u00e9cifiques au Br\u00e9sil et \u00e0 les aligner avec les besoins scientifiques de nos partenaires\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Guyot est venu au Br\u00e9sil en mars dernier. \u00c0 l\u2019Esalq, il a particip\u00e9 \u00e0 des analyses de donn\u00e9es sur les g\u00e9nomes avec Domingues et son \u00e9quipe, et il a visit\u00e9 des zones exp\u00e9rimentales telles que l\u2019IAC. Il s\u2019est \u00e9galement rendu \u00e0 Botucatu et a rencontr\u00e9 le g\u00e9n\u00e9ticien Celso Lu\u00eds Marino, de l\u2019Universit\u00e9 de l\u2019\u00c9tat de S\u00e3o Paulo (Unesp), avec lequel il collabore \u00e0 un projet de recherche sur la diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique de l\u2019arbre aroeira<\/em> (Myracrodruon urundeuva<\/em>) et ses m\u00e9canismes d\u2019adaptation \u00e0 diff\u00e9rents environnements naturels au Br\u00e9sil. Le g\u00e9n\u00e9ticien fran\u00e7ais s\u2019est f\u00e9licit\u00e9 des \u00ab\u00a0\u00e9changes [\u2026] tr\u00e8s enrichissants pour les deux parties. [\u2026] Ce transfert de connaissances et de formation est extr\u00eamement important pour moi\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Projets
\n1.<\/strong> Combler les lacunes entre les ressources biologiques du genre Coffea<\/em> et les nouveaux d\u00e9fis de l\u2019am\u00e9lioration face aux changements climatiques mondiaux: Bridges-coffea<\/em> (no<\/sup> 23\/03353-3<\/a>); Modalit\u00e9<\/strong> Soutien \u00e0 la recherche \u2013 r\u00e9gulier; Accord de coop\u00e9ration<\/strong> ANR\u00a0; Chercheur responsable<\/strong> Douglas Silva Domingues (USP)\u00a0; Investissement<\/strong> 424 748,94 reais BRL.
\n2.<\/strong> Ressources g\u00e9nomiques pour le Myracrodruon urundeuva<\/em> et applications pour la conservation ex-situ <\/em>et la structure g\u00e9n\u00e9tique dans les biomes d\u2019occurrence (n\u00ba<\/sup> 22\/03320-5<\/a>); Modalit\u00e9 <\/strong>Soutien \u00e0 la recherche \u2013 r\u00e9gulier; Chercheur responsable<\/strong> Celso Luis Marino (Unesp); Investissement<\/strong> 248 525,99 reais BRL.<\/p>\n

Article scientifique<\/strong>
\nSALOJ\u00c4RVI, J. et al<\/em>. The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica<\/em> reveal the diversification history of modern coffee cultivars<\/a>. Nature Genetics<\/em><\/strong>. v. 56, pp. 721-31. 15 avril 2024.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"Des biologues s\u00e9quencent le g\u00e9nome de 33 esp\u00e8ces de ce genre en qu\u00eate de g\u00e8nes pouvant aider \u00e0 faire face au r\u00e9chauffement climatique pr\u00e9vu pour les ann\u00e9es \u00e0 venir","protected":false},"author":17,"featured_media":554318,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_exactmetrics_skip_tracking":false,"_exactmetrics_sitenote_active":false,"_exactmetrics_sitenote_note":"","_exactmetrics_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[1180],"tags":[],"coauthors":[5968],"class_list":["post-554309","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-sciences"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/554309","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/17"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=554309"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/554309\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":554742,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/554309\/revisions\/554742"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/554318"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=554309"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=554309"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=554309"},{"taxonomy":"author","embeddable":true,"href":"https:\/\/revistapesquisa.fapesp.br\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/coauthors?post=554309"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}