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bioinformática

La diferencia genómica

El análisis de las alteraciones en los nucleótidos es el tema del primer software comercial de la empresa Scylla

Luego de recibir un impulso de desarrollo con los proyectos genomas, que se propagaron por el mundo y por Brasil, la bioinformática empieza ahora destacarse como una importante área para la generación de innovación tecnológica. Uno de estos frutos originados en la investigación genómica es un software producido por la empresa Scylla, de Campinas, para el Instituto de Psiquiatría de la Universidad de São Paulo (USP). Es un sistema de identificación de diferencias genéticas denominadas polimorfismos en la secuencias de bases químicas que forman los genes, las famosas adenina, citosina, timina y guanina, también conocidas como nucleótidos. Una secuencia o tan solo una letra diferenciada -indicativa de la existencia de una de estas sustancias en determinado gen- puede derivar en una predisposición para contraer enfermedades mentales, por ejemplo.

Este software, denominado Sistema de Identificación de Polimorfismos (SIP), servirá para que los investigadores de la USP puedan identificar con mayor facilidad tales diferencias, para luego compararlas con la condición física de la persona analizada, relacionando el polimorfismo con la enfermedad. “El SIP constituye una herramienta para verificar los polimorfismos de nucleótidos únicos, o SNPs, existentes en el ADN. La gran mayoría de las personas tiene siempre una secuencia, como por ejemplo ATTGCATG.

En caso de que encontrásemos en ese mismo gen (en otra persona) la secuencia ATTGCTTG, es decir, un intercambio de A por T, primeramente se verificaría si hay algún error en el proceso de obtención de los datos. De persistir la diferencia, se compararía con la condición médica de la persona”, explica el profesor João Meidanis, del Departamento de Teoría de la Computación del Instituto de Computación de la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp) y fundador de Scylla. Hay dos ex alumnos de Meidanis en calidad de socios en la empresa: Alexandre Corrêa Barbosa y Zanoni Dias. Todos ellos fundaron la empresa Scylla en 2002, tras un largo período como participantes del área de bioinformática de los proyectos genomas de las bacterias Xyllela fastidiosaXanthomonas citri y de la caña de azúcar, de los cuales Meidanis fue uno de los coordinadores.

Banco mundial
Si se tiene en cuenta tan solo el Genoma Humano, se conocen más de 4 millones de SNPs. Éstos son identificados como tal si están presentes en el 1% de la población. El conocimiento sobre los SNPs está registrado en bancos mundiales de polimorfismos, a los cuales, con la ayuda del software, el equipo coordinado por el profesor Emmanuel Dias Neto, del Laboratorio de Neurociencias del Instituto de Psiquiatría del Hospital de Clínicas de la USP ingresará para identificar y clasificar a los SNPs.

“Estas informaciones serán útiles para estudiar a un grupo de 500 personas, 250 de éstas con esquizofrenia y 250 en calidad de grupo de control sin la enfermedad. Así, verificamos las diferencias en las bases y las relacionamos con una enfermedad”, explica Dias Neto. “Buscamos también polimorfismos que puedan significar resistencia a medicamentos. Los SNPs pueden ser responsables de la ineficacia de determinadas drogas en algunas personas.”

La síntesis de una proteína alterada, causada por un determinado SNP, puede influir sobre las conexiones químicas que hacen que el medicamento sea eficiente. “Existen individuos que responden al litio (una sustancia utilizada contra la depresión) y otros no. Pretendemos entender y caracterizar a los genes ligados a estas respuestas clínicas”, dice Dias Neto. Así, el software desarrollado por Scylla podrá también ser de utilidad en otros centros de investigación y laboratorios, y en el área de la industria farmacéutica.

Clientes en red
En términos prácticos, el software posee un servidor que permite la participación de varios clientes. Éstos pueden de esta manera hace funcionar el programa en red local o no, en ambiente Linux o Windows. El SIP es el primero producto comercial de Scylla, una empresa que recibió inversiones financieras de Votorantim Ventures, brazo para capital de riesgo del Grupo Votorantim.

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