O CNPq iniciou um levantamento para avaliar a eficácia do investimento que faz em bolsas de pós-graduação no exterior, em forma de retorno dado às universidades brasileiras. Quer saber, por exemplo, quanto tempo os pesquisadores ficam no país depois de concluir suas bolsas no exterior com financiamento público.Há bolsistas que alegam voltar ao país onde estudaram por não encontrar emprego aqui mas, nesses casos, o CNPq pode exigir a devolução do dinheiro gasto com as bolsas. A fiscalização mais efetiva das bolsas é pedida desde 1997 pelo Tribunal de Contas da União.
Na FAPESP, o programa de bolsas de doutoramento no exterior foi praticamente desativado há já alguns anos. A FAPESP entende que, até passado recente, a ida de brasileiros para programas de doutorado em centros de excelência no exterior foi fundamental para a formação de recursos humanos e a implantação de um sistema de ciência e tecnologia no país. Hoje, entretanto, o sistema de pesquisa do estado já oferece programas de pós-graduação de excelente nível, na maioria das áreas do conhecimento. Assim, bolsas para doutoramento no exterior são concedidasapenas em caráter extraordinário, quando não há programa de pós-graduação de bom nível no país, na área do projeto ou em área afim. Nos últimos dois anos, nenhuma nova bolsa foi concedida.
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