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Xylella

Genoma-Xylella na reta final

Quase um ano antes do previsto, o projeto de seqüenciamento da Xylella fastidiosa vive a fase de finalização e de análise do material obtido. Entre os 99 cosmídeos (os fragmentos de DNA que representam o material genético da bactéria) distribuídos entre os 33 laboratórios, 56 haviam sido considerados “fechados” ou “próximos de fechar” e 32 estavam ordenados em um só trecho contínuo, no dia 24 de fevereiro. A quantidade de informações já disponíveis fez o projeto entrar na última etapa.

Enquanto a maior parte dos laboratórios dedica-se à finalização, Andrew Simpson, o coordenador de DNA, age em duas novas frentes: na tentativa de ligar todos os cosmídeos aos que lhe são contíguos, o que permitirá ordenar as seqüências e descrever completamente o genoma; e na comparação do que já foi obtido e finalizado com o já disponível nas bases de dados internacionais.

Ambos são trabalhos minuciosos, e típicos da fase final dos projetos genoma. O primeiro deles inclui detectar e determinar os eventuais trechos que escaparam ao seqüenciamento. No caso de um organismo simples como a Xylella, o desejável é que não reste nenhum trecho, mesmo muito pequeno, cuja seqüência de bases não esteja completa e precisamente determinada. Para fechar os “gaps”, e confirmar a ordem dos cosmídeos, Simpson desenvolve abordagens experimentais alternativas nos laboratórios do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer.

A outra frente já em curso desta etapa final inclui o uso ainda mais intensivo das ferramentas da bioinformática. Para agilizar a “anotação” – este é o nome do trabalho de analisar as seqüências do genoma, comparar o que foi levantado nos laboratórios com genes anteriormente descritos, e identificar os descobertos pelo Genoma-FAPESP -, a direção do projeto decidiu criar um grupo especial de pesquisadores que, sob a coordenação dos especialistas João Meidanes e João Carlos Setúbal, já se organizou para cumprir a tarefa.

No meio de fevereiro, o coordenador de DNA estabeleceu o final de março como o prazo para o encerramento de todo o seqüenciamento. Andrew Simpson, cauteloso, e otimista como sempre, observa que essa fase talvez seja a mais imprevisível de todas.

Por isso, não arrisca a data última para o fechamento dos “gaps” e o término da anotação. A possibilidade de alguma demora não diminui, no entanto, a comemoração antecipada de resultados que parecem promissores: já existem indicações da descoberta de outros genes ligados à patogenicidade da Xylella fastidiosa, além daqueles já identificados como semelhantes aos que produzem goma xantana (ver Notícias Fapesp N° 38).

A goma xantana é produzida pela bactéria depois de esta ter sido introduzida nos vasos condutores da laranjeira, pela cigarrinha. A goma entope o feixe vascular da planta, impedindo a circulação da seiva e provocando a doença.

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