Al final del siglo XIX, el estado de São Paulo tenía una enorme área que no difería de ninguna otra región desconocida del Brasil. Un mapa de 1868 muestra una mancha cubriendo más del 25% del territorio paulista con las siguientes frases: Terrenos ocupados por los indígenas feroces. Casi 30 años después, en 1905, el ingeniero Gentil Moura reforzaba esa información en el Informe de exploración de los ríos Feio y Aguapeí: El indio coronado ha sido el obstáculo para la población de esa zona. Enamorado de su libertad, celoso de sus tierras, de su familia, de los suyos, los defiende con ardor, con toda la sinceridad, contra los blancos, cuya entrada en el territorio agreste no ve con otro objetivo que no sea el de matarlos y quitarles las tierras. Moura había asumido el lugar de Olavo Hummel, herido por una flecha.
Las expediciones a las tierras salvajes comenzaron a organizarse en 1885, cuando el presidente de la entonces provincia de São Paulo, João Alfredo Correa de Oliveira, invitó al geólogo estadounidense que trabajaba en el Museo Nacional, Orville Derby, para crear un plan de exploración. El objetivo era obtener informaciones geográficas, topográficas, de itinerarios, geológicas y agrícolas de esa región desconocida.
Una vez aprobada la creación de la Comisión Geográfica y Geológica (CGG), en marzo de 1886, Derby fue nombrado jefe. Al inicio, el equipo fue compuesto por el ingeniero civil Theodoro Sampaio y por los ingenieros de minas Francisco de Paula Oliveira y Luiz Felipe Gonzaga de Campos. Inmediatamente después el botánico Alberto Löfgren y el ayudante de primera clase João Frederico Washington de Aguiar fueron incorporados a la comisión. En abril, Sampaio, Oliveira y Aguiar, además de 11 prácticos, fueron al campo en dirección a Itapetininga, centro de las primeras operaciones exploratorias.
A partir de 1889 comenzaron publicarse boletines, mapas e informes con informaciones geológicas, meteorológicas, botánicas, arqueológicas, etnográficas e históricas, entre otras. Pero en 1905 Derby renunció de la CGG al discordar con la orientación del nuevo presidente del estado, Jorge Tibirizá (1904-1908), que ordenó prioridad para la conquista de los territorios dominados por los indios con el objetivo de colonizar la región y obtener tierras para la agricultura.
Derby era fantástico, considerado el padre de la geología en Brasil, pero publicaba los resultados lentamente y resistía a los deseos de ocupación del gobierno y de los agricultores, explica Fernando Cilento Fittipaldi, investigador del Instituto Geológico y coordinador del libro Los 120 años de creación de la Comisión Geográfica y Geológica 1886-2006 (Instituto Geológico).
Las expediciones de esos nuevos bandeirantes se dirigían entonces al extremo agreste por los cuatro principales ríos de la región: Feio, Peixe, Tietê y Paraná. En esas ocasiones, los investigadores muchas veces tenían la compañía de soldados para protegerlos contra los indios. Posteriormente se exploraron el Riviera de Iguape, el río Juqueriqueré y el río Grande, el litoral norte y sur y el Vale do Paraíba.
Como institución, la CGG duró hasta 1931 y fue extinguida después de haber cumplido su misión. Uno de sus mayores méritos fue haber dado origen a varios centros de investigación científica en São Paulo, como los institutos Geológico, Forestal, de Botánica, Geográfico y Cartográfico, Astronómico y Geofísico, los museos Paulista, de Zoología, de Arqueología y Etnología.
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