El entendimiento de los mecanismos genéticos implicados en el síndrome de Down, en lo que se refiere a varios tipos de cáncer, pasa por la identificación de los genes del cromosoma humano 21 (HC21), cuya trisomía es la responsable del síndrome. Un equipo del Instituto Ludwig de Investigaciones sobre el Cáncer -junto a investigadores de cuatro institutos suizos- acaba de identificar 19 nuevos genes del HC21. Ya habían sido caracterizados 127 genes y se preveía la existencia de otros 98. El trabajo de este equipo, publicado en junio en la revista Genomics, resultó en un aumento de un 9,5% en la sumatoria de genes del HC21.
Ninguno de los 19 nuevos genes identificados había sido previsto por el Consorcio de Mapeamiento y Secuenciamiento del Cromosoma 21 ni por el consorcio Ensembl, que llevaron adelante este trabajo. Pero, mientras el grupo preparaba el artículo, Celera Genomics, de Estados Unidos, reportó la identificación de tres de los mismos 19 genes, elevando la confiabilidad del estudio, que incluye un gráfico descriptivo de los nuevos genes y de las proteínas de su ARN (ácido ribonucleico). Se notó que la mayoría de las sustancias de los nuevos genes no guardan una semejanza significativa con ninguna proteína ya caracterizada.
El objetivo del grupo consistió en perfeccionar la anotación genética del HC21, evaluando el grado de precisión de los métodos actuales de identificación génica mediante análisis computacionales. Para tal fin se montó una base de datos con todo el mapeamiento disponible del cromosoma, incluidas las previsiones, y se incorporaron instrumentos para facilitar el descubrimiento de genes. El análisis de dicho material, alimentado por una abundante documentación experimental, permitió identificar los 19 genes y otras cuatro unidades de transcripción del HC21.
Convencidos de que el análisis computacional no es lo suficientemente sensible y debe aunarse a los datos experimentales, los investigadores creen que, de ahora en adelante, la identificación genética dependerá del alineamiento de genomas finalizados con secuencias obtenidas por medio de ARNs validados experimentalmente. Los datos obtenidos por los brasileños sugieren, por ejemplo, que las actuales técnicas de identificación contienen numerosos datos falsos, surgidos de errores unidireccionales -falsos datos positivos y falsos negativos.
Los 19 genes identificados codifican proteínas previstas con un tamaño medio de 121 residuos -muy por debajo de las medias de 575 ó 469 anteriormente previstas. El problema, cree el grupo, es que las previsiones más usuales contienen un número excesivo de pseudogenes, como se comprobó en el caso del genoma humano: inicialmente estimado entre 45 mil y 140 mil genes, en el secuenciamiento recientemente concluido la previsión cayó a 35 mil. Extrapolando los datos de su trabajo, los investigadores van más allá: “Si el número de genes del HC21 se ubica entre 218 y 250, podemos prever que el número total de los genes humanos se encuentra entre 21.500 y 24.500”, informa el artículo, suscrito por 16 investigadores -del Ludwig participaron Anamaria Camargo, Fabiana Bettoni, Rapahel Parmigiani, Sandro de Souza y Andrew Simpson.
El descubrimiento de 19 genes de un cromosoma ya bien estudiado -el primero mapeado en 2000- muestra que la identificación del transcriptoma (el conjunto de las proteínas) humano completo no puede basarse únicamente en la previsión genética. El artículo advierte: “La anotación génica definitiva del genoma humano requerirá un abordaje gen por gen, unido a una verificación experimental”.
Con los avances en el mapeo del HC21, se espera detectar la contribución de cada gen en las diversas manifestaciones del síndrome de Down. Nuevos estudios también contribuirán para dilucidar la sospecha -sugerida por estudios epidemiológicos- de que los portadores del síndrome están protegidos contra ciertos tipos de cáncer, que inciden en un grado mucho mayor en la población en general.
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