Un estudio que examinó 494 muestras de granos de cacao obtenidas en Brasil reveló una noticia preocupante y otra buena: se encontraron al menos 20 géneros distintos de hongos y levaduras potencialmente tóxicos en alguna de las etapas del procesamiento de las semillas, aunque el producto final, el chocolate en venta al público, se mostró exento de esos microorganismos (Food Microbiology, edición del 12 de agosto de 2011). El mayor porcentaje de contaminación fue detectado en ejemplares del fruto provenientes de las fases de secado y almacenaje de los granos, ejecutadas en las fincas de producción de cacao de la región de Ilhéus, al sur de Bahía. Al disminuir el porcentaje de agua en las semillas y con el procesamiento industrial del cacao, la presencia de hongos se redujo ostensiblemente y el chocolate analizado se mostró seguro para el consumo. El trabajo fue realizado por investigadores del Instituto de Tecnología de los Alimentos (Ital), de la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp), de la Universidad Federal de Santa María (UFSM) y de la Universidad Técnica de Dinamarca.
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