Guia Covid-19
Imprimir Republish

Ciencia abierta

Una notebook a mano, un proyecto en la cabeza

Un workshop promueve el intercambio de datos y el uso de herramientas tecnológicas para mejorar la calidad de las investigaciones científicas

Liyao Xie /Getty Images y Constantine Johnny/Getty Images

¿Hasta qué punto es posible llevar a cabo un proyecto de investigación científica de calidad sin ninguna financiación? Un grupo de 30 estudiantes e investigadores de diversos lugares del Brasil y de diferentes disciplinas mantuvieron en agosto reuniones virtuales durante dos semanas para experimentar distintas formas de producir nuevos conocimientos, incluso sin contar con un presupuesto o una promesa de recursos. El workshop denominado “No-Budget Science Hack Week” demostró que, en efecto, hay maneras de hacer ciencia de bajo costo logrando resultados relevantes. Uno de los requisitos consiste en utilizar los datos ya disponibles y compartidos de manera abierta: hay abundante material disponible en las bases de datos económicos y sociales y en los repositorios de información primaria obtenida en investigaciones científicas de todas las áreas del conocimiento. Otra premisa reside en el empleo de herramientas computacionales, a disposición en internet, para organizar y analizar el cúmulo de informaciones a fin de extraer hallazgos originales o tendencias aún no observadas. “La filosofía de la ciencia sin presupuesto es: ‘una laptop a mano y una idea en la cabeza’”, explica el creador del workshop, el médico Olavo Amaral, docente del Instituto de Bioquímica Médica de la Universidad Federal de Río de Janeiro (UFRJ).

Pese a su nombre, la ambición del Hack Week no es precisamente estimular modelos de investigación que prescindan de la financiación, aunque esto es útil en un momento de escasez de recursos. La inversión pública y privada en la ciencia, desde la óptica de los participantes, sigue siendo crucial para el avance del conocimiento y el desarrollo social. “Nuestro objetivo es estimular nuevas prácticas de investigación científica y desarrollar herramientas tecnológicas que ayuden a mejorar la ciencia”, explica Amaral, quien desde hace tiempo se preocupa por mejorar los procesos que atañen a la actividad científica. Hace dos años creó la Iniciativa Brasileña de Reproducibilidad, un proyecto financiado por el Instituto Serrapilheira, cuya meta consiste en repetir una centena de experimentos de artículos científicos brasileños del área biomédica para verificar hasta qué punto es posible reproducir los resultados que se publicaron (lea en Pesquisa FAPESP, edición nº 267). La capacidad de confirmar las conclusiones de un estudio en trabajos posteriores es importante para que la ciencia pueda avanzar sobre la base de los conocimientos acumulados y verificables, conservando así la confianza en el proceso científico y sus resultados.

Muchas de las prácticas promovidas en el workshop se encajan en el concepto de ciencia abierta, un movimiento que alienta el intercambio de datos y la investigación cooperativa y en red para resolver problemas ante los cuales el trabajo de laboratorio cerrado se topa con dificultades para poder hacerlo. Otro concepto que orienta la iniciativa es la metaciencia, que consiste en el uso de la metodología científica para incrementar la eficiencia del método científico y reducir el derroche de recursos.

Esta fue la segunda edición del workshop, y la primera que adoptó el formato virtual, debido a la pandemia. Como no hubo gastos de estadía, el dinero para organizar el evento le fue devuelto a los patrocinadores: la Universidad de São Paulo (USP) y el Instituto Serrapilheira. Se inscribieron alrededor de cincuenta participantes, que presentaron sus intereses de investigación, y treinta de ellos fueron seleccionados por el comité organizador, compuesto por seis miembros. Durante la primera semana, los participantes debatieron las distintas propuestas y eligieron las más prometedoras y con potencial para generar resultados en el corto período de duración del workshop. Con el asesoramiento de expertos, se analizaron las formas de hacerlas factibles. En la segunda semana, los participantes se dedicaron a la ejecución de los proyectos.

Cada integrante se comprometió a dedicar al menos tres horas por día a las actividades del workshop. Mientras un equipo elaboraba una base de datos con los proyectos de divulgación científica desarrollados en el país, otro intentaba crear un programa capaz de rastrear entre las referencias bibliográficas de los artículos científicos, los llamados datos seudoabiertos, es decir, enlaces a direcciones de internet que parecen dar acceso a una fuente de información original, pero que al clicar en ellos no llevan a ninguna parte, por descuido o por falta de actualización. Un grupo cotejó los documentos de la Coordinación de Perfeccionamiento del Personal de Nivel Superior (Capes) relacionados con los programas de posgrado en fisiología del país para evaluar hasta qué punto estos incluyen los Principios de Hong Kong, un conjunto de recomendaciones para la evaluación de los investigadores que propone mayor transparencia, diversidad e intercambio de información. Y verificaron, por ejemplo, que el 91,3 % de los programas ofrecen a los alumnos de maestría y doctorado alguna disciplina relacionada con las buenas prácticas de investigación, tales como las de metodología científica, bioestadística y redacción científica, aunque en la mayoría de los casos no son obligatorias.

El avance de los repositorios de preprints, o de preimpresión, plataformas en las que es posible publicar artículos rápidamente, aunque con resultados no evaluados por los revisores de las revistas científicas, sirvió de inspiración para un proyecto que estudió la participación de autores brasileños en esa modalidad de publicación y otro que evaluó el contenido de los preprints sobre el covid-19 divulgados entre enero y agosto a través de nubes de palabras y redes semánticas. En la mayoría de los casos, los equipos obtuvieron solamente resultados parciales, que ahora serán desarrollados por los investigadores. La mayoría de ellos informaron que quieren llevar adelante los proyectos. De cualquier modo, se cumplió con la intención del workshop, que era estimular a los participantes a conocer las prácticas de la ciencia abierta a fin de multiplicarlas en su entorno de trabajo.

El paranaense Vanderson Martins do Rosario, con un doctorado en informática en curso en la Universidad de Campinas (Unicamp), se enteró de la Hack Week a través de una publicación en Twitter y se inscribió enseguida. “La metaciencia se basa en gran medida en el análisis de datos y requiere las habilidades del científico de la computación”, expresa. Él trabajó en dos de los equipos del workshop. Uno de ellos fue el que analizó el perfil de los brasileños que publican en los repositorios de preprints. Esta tarea resultó ser compleja como para llevarla a cabo en las dos semanas de trabajo, pero al menos se pudieron llegar a algunos resultados en el área de la salud, cotejando las bases de datos disponibles en los repositorios medRxiv y bioRxiv con los de la plataforma brasileña de currículos Lattes. “Notamos que el uso que hacen de esos repositorios nuestros investigadores ha crecido exponencialmente”, explica. Se comparó la etapa de la carrera de los autores del país que publicaron preprints con la de un grupo de control integrado por científicos que no utilizaron esas plataformas. “La generación más joven tiende a publicar preimpresiones mucho más a menudo que las más antiguas”, dijo.

Hay mucho material para analizar en las bases de datos económicos y sociales, registros médicos y repositorios de investigación

Otro proyecto al que se asoció Martins do Rosario consistió en la compilación de un catálogo de proyectos de divulgación científica en Brasil. “Vislumbré la falta de un servicio de este tipo cuando busqué pódcasts sobre ciencia en los servicios de streaming y estaban mezclados con los de astrología”, dice. Los retos consistían en obtener información sobre los blogs de ciencia, pódcasts y canales sobre ciencia en YouTube, y crear una plataforma para registrarlos y catalogarlos. “Tuvimos que seleccionar los datos que debían ser recolectados para que funcionara un sistema de búsqueda eficiente. Esa es información tal como el medio en el que se difunde el proyecto, el área de interés y el nombre del responsable”. La etapa siguiente implicó el trabajo manual de registrar cada proyecto. “El Instituto Serrapilheira nos facilitó los registros de los últimos pliegos de proyectos de divulgación científica que emitió y también utilizamos otras fuentes. Hay listas en Twitter y en YouTube, y también un catálogo de blogs elaborado por la Unicamp. Hemos creado robots para recolectar los datos”. El resultado fue una herramienta que puede hacer una búsqueda meticulosa de los proyectos y la idea es que esté disponible para su consulta a la brevedad. “Quedé contento, porque el proyecto fue idea mía y pude extraer información interesante”.

La Hack Week promovió contactos entre investigadores de generaciones diferentes. Con casi tres décadas de trayectoria, la fisioterapeuta Ligia de Loiola Cisneros, docente de la Escuela de Educación Física, Fisioterapia y Terapia Ocupacional de la Universidad Federal de Minas Gerais (UFMG), se enteró del workshop a través de un alumno y se animó a asistir a una presentación online. “Olavo Amaral elaboró una experiencia muy inspiradora que me dio nuevas ideas de las metodologías por adoptarse”, explica. Su interés en la ciencia abierta proviene de una experiencia reciente. De Loiola Cisneros está haciendo una pasantía posdoctoral en el programa de instrumentación biomédica y rehabilitación de la Universidade Estadual Paulista (Unesp), en su campus de Ilha Solteira, y ha utilizado recursos de inteligencia artificial para construir una red neural con los datos de pacientes que sufren de pie diabético, una complicación que puede conducir a amputaciones. Las redes neurales son modelos informáticos basados en el aprendizaje de máquinas que se inspiran en la organización del sistema nervioso. Esta herramienta permite predecir la evolución y el desenlace de los casos cuando los pacientes buscan atención. “Hay una enorme cantidad de información en los registros de los pacientes de los hospitales de referencia que puede utilizarse en otros servicios en beneficio de los futuros pacientes”, dice.

En los workshops que tuvieron lugar en el evento paralelo a la ejecución de los proyectos, el economista y epidemiólogo Alexandre Chiavegatto Filho, de la Facultad de Salud Pública de la USP, dictó una conferencia para los participantes del workshop sobre aprendizaje de máquinas y Loiola de Cisneros le propuso asociarse en una nueva investigación. “Hablé de un proyecto que quería presentar ante la Fapemig [la Fundación de Apoyo a la Investigación Científica del Estado de Minas Gerais] y él se unió a nosotros en la propuesta”, dice. En la Hack Week, ella se sumó al grupo que hizo el análisis semántico de los trabajos sobre el covid-19 publicados como preprints. “Pudimos mostrar cómo evolucionó con el tiempo el perfil de las publicaciones. Comenzaron hablando de un lugar en China –Wuhan–, luego se extendieron por toda Europa y Estados Unidos y evolucionaron hacia la preocupación por identificar el virus y desarrollar pruebas de diagnóstico”.

El investigador Oldimar Cardoso, investigador en las áreas de historia y educación, propuso un proyecto para hacer un análisis semántico del contenido de 40 mil manuales de estudio adquiridos por el Ministerio de Educación de Brasil desde 1998. Doctor por la Facultad de Educación de la USP y experto en plataformas de aprendizaje digital, Cardoso tiene previsto hacer un posdoctorado sobre el tema. “Hay pocas iniciativas de metaciencia en el campo de las humanidades y en la Hack Week vislumbré una buena oportunidad para atraer a otros investigadores hacia mi área de interés”, dice. La estrategia no funcionó, su proyecto terminó no siendo seleccionado entre los que se abordaron en el workshop, pero Cardoso no se rindió. Participó en las discusiones sobre el análisis de los documentos de los comités de posgrado y, finalmente, se unió al equipo que analizó los preprints del covid-19. Al final, quedó satisfecho con la experiencia. “Mis conocimientos fueron útiles para los grupos y los conceptos que aprendí se aplicarán en mi proyecto sobre el análisis semántico de los manuales”.

El farmacéutico Gabriel Lovate nunca había trabajado con la ciencia abierta. Él está realizando un máster en bioquímica en la Facultad de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP) de la USP, con una beca que le concedió la FAPESP, y estudia los genes que confieren resistencia a los antibióticos. Pero se conmovió con la movilización de los investigadores del FMRP-USP para trabajar de manera virtual y cooperativa durante la pandemia en los estudios sobre el nuevo coronavirus, y se interesó en las prácticas propuestas en el marco del workshop. Sugirió un proyecto para ampliar y facilitar el acceso a las plataformas de biología computacional de las universidades brasileñas, que no fue seleccionado. Terminó participando en el proyecto sobre los datos seudoabiertos. “Este es un obstáculo para la ciencia abierta. No es raro que los artículos científicos tengan referencias con direcciones de internet que no funcionan. Parecen estar disponibles, pero no lo están”, explica. Su grupo analizó un conjunto de revistas científicas del área de las ciencias biológicas disponibles en la biblioteca de acceso abierto SciELO. Se realizó un raspado de datos, técnica mediante la cual un programa de computadora extrae información de las páginas web, que seleccionó los enlaces disponibles. El paso siguiente consistió en evaluar en forma automática si funcionaban o no. “Algunas revistas tenían muchos enlaces rotos, pero todavía tenemos que validar la técnica”, explica. La intención es seguir desarrollando la herramienta y transformarla en una extensión para los navegadores que, al activarse, informará qué enlaces de las referencias de un trabajo científico son válidos.

Una nueva edición del No-Budget Science Hack Week está programada para llevarse a cabo a mediados de 2021, en formato presencial, si la evolución de la pandemia así lo permite.

Republish