Más allá de los conocidos estudios sobre la fauna, la flora y los minerales, todos aquellos naturalistas extranjeros que recorrieron Brasil durante el siglo XIX brindaron una importante contribución a la ciencia nacional: la motivación suficiente como para crear un museo de historia natural en la región amazónica que sirviera de apoyo a las expediciones e incluso para formar investigadores. Así empezó la trayectoria pionera y errática de la primera institución científica de la región, que ocupa el segundo lugar en el país si de antigüedad se trata (en el primer puesto en ese apartado se encuentra el Museo Nacional de Río de Janeiro).
En 1861 surgió una propuesta de añadir un artículo a la Ley de Presupuesto Provincial para la creación de una institución de esa naturaleza en Belém, algo que se concretó recién en 1866, bajo el nombre de Museo Paraense. Y el momento era propicio: el caucho estaba en alza y había una clase emergente interesada en ciencias y publicaciones, y en las visitas de naturalistas y artistas extranjeros a la Amazonia. Pero esta atención y el apoyo de parte del gobierno y de la sociedad para con el museo duraron poco. La institución, sumamente dependiente de su primer director, Domingos Soares Ferreira Penna, fue cerrada inmediatamente después de su muerte en 1888.
Tres años más tarde, el museo renacía -y ése fue el primero de varios renacimientos. En 1894 asumió la dirección el zoólogo suizo Emílio Goeldi (1859-1917), quien posteriormente le daría su nombre y transformaría al centro en una institución científica con existencia efectiva, con una estructura con científicos y técnicos muy productivos. Se crearon el Parque Zoobotánico y el Servicio Meteorológico.
Goeldi inició la publicación de boletines científicos, impulsó excursiones por toda la región amazónica y la recolección para formar las primeras colecciones zoológicas, botánicas, geológicas y etnográficas. El suizo se sumó a la lucha contra la fiebre amarilla al publicar a partir de 1902 diversos artículos sobre la clasificación y la biología de los mosquitos transmisores de la enfermedad -por consiguiente, en simultáneo con los trabajos de Oswaldo Cruz en Río de Janeiro. El museo se convirtió en pionero, al contratar por primera vez a una mujer en una institución pública de Pará en 1905: la zoóloga alemana Emília Snethlage, la última investigadora en irse antes de la crisis económica de la década de 1920.
El museo permaneció en el más absoluto ostracismo hasta 1930. A partir de entonces empezó reerguirse, ya con su nombre definitivo: Museo Paraense Emílio Goeldi. Luego sobrevinieron otras graves crisis, pero la institución se mantuvo activa, creando nuevos programas, intensificando los estudios sobre etnología y apostando a las investigaciones arqueológicas sistemáticas. Durante las últimas dos décadas del siglo XX, el museo recibió inversiones públicas, pero también procuró expandirse mediante la ayuda internacional. En 2003, por segundo año consecutivo, los recursos extrapresupuestarios (6,7 millones de reales) superaron a los giros del Tesoro (4,4 millones de reales).
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