Cuando llegó a Brasil, en el mes de febrero, la nueva cepa del coronavirus que surgió en China se topó con un equipo de investigadores preparados que ya venía trabajando con el agente causante del dengue, dominaba una técnica de mapeo genético rápido y se abocó, sin pérdida de tiempo, a la secuenciación de las muestras del virus extraídas de los primeros pacientes atendidos en la ciudad de São Paulo. Al frente de ese grupo se encuentra la médica Ester Sabino, una paulistana de 60 años, investigadora en el Instituto de Medicina Tropical de la Facultad de Medicina de la Universidad de São Paulo (IMT-FM-USP) y coordinadora del Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, el Diagnóstico, la Genómica y la Epidemiología de Arbovirus (Cadde), financiado por la FAPESP y por el Medical Research Council, del Reino Unido.
No es la primera vez que Sabino realiza este tipo de trabajos. Al comienzo de la década de 1990, cuando se desempeñaba en el Instituto Adolfo Lutz (IAL) y en la Fundação Pró-Sangue, Sabino participó en la secuenciación de las variedades de VIH circulantes en Brasil. En años posteriores, la científica articuló grupos de investigación en transfusión de sangre y enfermedades tropicales para monitorear a 2 mil pacientes con enfermedad de Chagas y otros 3 mil con anemia falciforme, una afección que ella estudia desde 2006.
La secuenciación genética del coronavirus en tan solo dos días les granjeó una fama repentina a los 27 científicos que integran ese grupo, entre los cuales 17 son mujeres y 14 son becarios patrocinados por la FAPESP. Pero no por eso mermó la preocupación de Sabino por el avance de la epidemia en Brasil, tal como queda claro en la entrevista que se transcribe a continuación, que ella concedió el día 6 de marzo.
Desde su óptica, ¿qué sucederá con la epidemia del nuevo coronavirus en Brasil?
Como la transmisión de este virus es muy rápida, y es difícil que pueda contenérsela, acá ocurrirá lo mismo que en Italia y en el Reino Unido. Resulta imposible estimar la cantidad de casos, pero aún tenemos un mes o dos antes de que la epidemia se complique. El pico sobrevendrá entre el final de abril y el comienzo de mayo, que coincide con el apogeo de las enfermedades respiratorias en Brasil. Espero que no se junte también con un aumento en el número de casos de dengue. Eso generaría una confusión total. Estamos atravesando una epidemia importante de dengue. Es difícil definir el momento para tomar actitudes más drásticas, y es más complejo aún al tratarse de un virus nuevo, al cual no se lo conoce bien. Una de las grandes preocupaciones la constituyen los hospitales.
¿Por qué?
Porque pueden ser focos de transmisión del virus. En Wuhan, en China, muchos pacientes infectados fueron atendidos en los hospitales y les transmitieron el virus a otras personas. Por eso es importante no acudir a un hospital sin necesidad. No hay sistema de salud en el mundo que pueda atender tanta gente al mismo tiempo. En China muchos pacientes murieron porque no había médicos o respiradores para atenderlos a todos simultáneamente. La mayoría de los pacientes sufren un estado gripal, que pasa en algunos días. Tenemos que reservar los hospitales solo para los casos más graves.
¿Cómo fue que ustedes lograron secuenciar el genoma de los dos primeros casos de coronavirus en Brasil en dos días?
Lo logramos fundamentalmente gracias a que organizamos el trabajo. La tecnología de secuenciación genética rápida está disponible desde la epidemia de ébola en África, en 2013. Aprendimos con la epidemia de zika, a partir de 2016, con la ayuda de Nick Loman, de la Universidad de Birmingham, en el Reino Unido. Como necesitábamos muestras en buen estado del virus, Ingra Morales Claro, una alumna de doctorado que dirijo actualmente y que entonces acababa de recibirse, viajó a Ribeirão Preto y tomó 100 muestras de pacientes con diagnóstico sospechoso de zika, de los cuales 16 dieron positivo. La epidemia ya estaba disipándose. Loman trajo los reactivos y el secuenciador portátil, denominado Minlon, para verificar si los primers [reactivos] que él había preparado podrían servir con las muestras locales. Después, él y Luiz Alcântara, de la Fiocruz de Bahía, junto con sus equipos de trabajo, viajaron por el nordeste del país para comprobar si esa técnica podría utilizarse en campo. Y funcionó. No solo podemos detectar virus que ya conocemos, sino también identificar agentes desconocidos, por medio de una técnica denominada metagenómica. Estamos capacitando gente en el empleo de esa técnica desde 2016. Morales Claro pasó seis meses en Birmingham y dictamos varios cursos. En el caso del coronavirus, trabajamos para adaptar los primers y reducir el costo, de 500 dólares [2.200 reales] a 20 dólares [89 reales].
“La mayoría de los pacientes cursan una gripe, que superan en unos días. Debemos reservar los hospitales solamente para los casos más graves”
¿Cómo lo consiguieron?
Lo hicimos procesando varias muestras por vez. Anteriormente hacíamos solo una muestra, ahora son 20 por vez. Así pudimos reducir el tiempo de cada análisis y podemos darle un mayor uso al flow cell, un chip descartable. Con esta técnica, hacia el final de 2019 comenzamos a trabajar con el IAL en la secuenciación del virus del dengue. Cuando surgió el coronavirus en China, Loman hizo los primers, los envió a China y también nos los mandó a nosotros. La universidad también cumple un rol en el desarrollo de tecnología para los organismos de la salud, que hace que las cosas funcionen, principalmente en instancias de crisis.
¿Cuál fue la participación del IAL?
El IAL hizo todo. Nosotros solamente colaboramos y seguiremos haciéndolo si lo necesitan. El equipo de Claudio Sacchi en el IAL fue el que secuenció los dos coronavirus y también lo hará con los próximos. Solamente llevamos una computadora portátil, porque en ella el programa estaba funcionando mejor. El miércoles posterior al Carnaval, Sacchi recibió la muestra del virus del primer paciente y convocó a Jaqueline Goes de Jesus, quien realiza un posdoctorado en mi laboratorio, y comenzaron a trabajar. Cada secuencia en el Minlon demanda 24 horas. La primera no salió bien, tal vez por algún problema en la dilución de los primers, e hicieron otra. La segunda fue un éxito. El mismo día, enviamos los datos de la secuenciación a un repositorio público, el Gisaid [Global Initiative on Sharing All Influenza Data], siguiendo las recomendaciones de la Organización Mundial de la Salud de dar a conocer los resultados científicos. Nuno Farias, de Oxford, hizo los análisis comparativos con otros genomas de coronavirus.
¿Qué hizo usted?
Yo me encargué de monitorear el trabajo. Cuando lo terminamos, en lugar de pensar en redactar un artículo científico de inmediato, Farías y yo elaboramos un resumen que enviamos al sitio web Virology.org. Dos días después, con el segundo virus, Sacchi y Goes de Jesus se propusieron hacerlo en 24 horas y así lo hicieron. Eso fue el sábado 29 de febrero y salieron de allí recién a las 3 de la madrugada. De mi laboratorio, quienes más trabajaron fueron Goes y Morales Claro, quien también está becada por la FAPESP. Goes utilizó el Minlon, que Morales había perfeccionado y lo emplea para hacer metagenómica, pero todos los becarios de posdoctorado, doctorado, maestría y capacitación técnica están colaborando. Yo les repito siempre que no se circunscriban solamente a su proyecto y que aprovechen para aprender otras cosas.
¿Para qué podrían servir los datos de la secuenciación genética del virus?
A partir de las secuencias genéticas pudimos determinar las similitudes entre los distintos virus identificados en cada uno de los más de 100 países en donde ya fue detectado. Esta información puede servir, en primera instancia principalmente para encauzar disposiciones sanitarias, identificando los focos a partir de los cuales ocurrió la transmisión y tomando las medidas de prevención, tales como el aislamiento de los sitios públicos. Pero solo podremos hacerlo si somos capaces de detectar los casos rápidamente.
¿Qué más ha hecho el Cadde?
Los mapas de los casos de dengue en el estado de São Paulo, ya están casi listos. Estamos terminando un análisis de mil genomas del virus de la fiebre amarilla y capturamos mosquitos en la zona de Serra da Mantiqueira con el IAL, y en los bosques de Vale do Ribeira, con la Facultad de Salud Pública, para verificar si el virus sigue presente, tal como ocurre en la Amazonia, o si ya ha desaparecido. Tal vez aún sobreviva, si ha encontrado otro huésped que no muera a causa del virus.
